Распространение инфекционных заболеваний, особенно ВИЧ/СПИДа и туберкулеза, является ключевой проблемой. Согласно одной из оценок, число инфицированных ВИЧ/СПИДом в регионе составляет 90 тыс. человек, хотя, согласно официальным данным, эта цифра намного ниже. Учитывая сходную обстановку, сложившуюся в других местах распространения эпидемий по маршрутам наркоторговли, вспышка заболеваемости ВИЧ/СПИДом по центрально-азиатскому маршруту транспортировки наркотиков может быть неизбежна. По официальным данным с 2000 г. по 2004 гг. число выявленных случаев заболевания в регионе возросло в шестнадцать раз, при этом наиболее пострадали от этого Узбекистан и Казахстан. Всемирный банк сделал предупреждение о неизбежности "катастрофического распространения ВИЧ, если в настоящее время не предпринять совместных профилактических мер". На местах в различных формах в рамках региональной стратегии Агентством ООН по проблемам СПИДа реализуются программы, начатые правительствами на национальном уровне и поддержанные на международном уровне, но сохранение главных причин, вызывающих эпидемию, в особенности проблемы наркотиков, снижает эффективность усилий по борьбе с эпидемией. Джеймс Каллахэн, представитель Офиса ООН по борьбе с наркотиками и преступностью заявил: "От 70 до 80% вновь выявленных случаев заболевания ВИЧ приходится на наркоманов. Это - самая большая угроза для большинства правительств с точки зрения тех последствий, которые это может иметь для Центральной Азии". Возросший уровень заболеваний, передающихся половым путем, особенно сифилиса, является дополнительным тревожным признаком потенциальной эпидемии ВИЧ/СПИДа.
Заболеваемость туберкулезом достигла критического уровня во всем регионе, причем существенно возросла заболеваемость туберкулезом с множественной лекарственной устойчивостью. Причина этого заключается в развале системы здравоохранения и недостаточном внимании к амбулаторному лечению на завершающей стадии. С 1990 г. уровень заболеваемости туберкулезом более чем удвоился в Казахстане и Кыргызстане, утроился в Узбекистане и пятикратно возрос в Таджикистане. США и Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) взаимодействуют в рамках инициативы по продвижению рекомендованной на международном уровне стратегии по борьбе с туберкулезом (ДОТС - " краткий курс лечения под непосредственным наблюдением") в целях ограничения распространения форм вируса с множественной лекарственной устойчивостью. "Проблемы наркомании, ВИЧ/СПИД и туберкулеза неразрывно связаны", - заявил представитель ООН. - "В Кыргызстане, где 90% наркоманов применяют внутривенные инъекции наркотиков, отмечается самый высокий уровень заболеваемости ВИЧ. И большинство людей инфицированных СПИДом, умирает от туберкулеза. Таким образом, налицо треугольник взаимосвязанных вещей: наркотики, СПИД, туберкулез".
В 2005 г. птичий грипп распространился от Китая до Центральной Азии, при этом вспышка этого заболевания среди домашней птицы в Казахстане потребовала уничтожения более 9 тыс. голов птицы. Относительно высокая доля сельского населения обусловила опасения по поводу того, что регион является уязвимым к вспышкам заболевания, сходного с тем, которое недавно имело место в Турции. Международное сообщество сконцентрировало усилия на создании в регионе потенциала по борьбе с этим заболеванием, однако правительства центрально-азиатских стран в сильной степени зависят от иностранной помощи. Позитивным шагом является выделение на эти цели ЕС €5 млн., обещанных недавно на конференции доноров в январе 2006 г. в Пекине. Но такой помощи будет недостаточно, чтобы преодолеть серьезные инфраструктурные сбои, разрушающие систему здравоохранения и систему борьбы с чрезвычайными ситуациями, что оставляет центрально-азиатские правительства безоружными перед угрозой серьезных эпидемий.
Четвертая проблема - радикализм и терроризм. Недовольство, вызванное репрессиями, коррупцией и ненадлежащим государственным управлением, привело к тому, что радикальные исламистские группировки стали пользоваться в Центральной Азии определенной поддержкой населения. Наиболее влиятельной из них является Хизб ут-Тахрир, тайное движение, проявляющее активность во всем исламском мире и которое стремится объединить мусульман в составе исламского халифата. Ячейки его сторонников имеются в большинстве центрально-азиатских государств. Они занимаются в основном распространением листовок, аудио - и видео материалов, в которых подвергают критике деятельность правительств стран региона и утверждают, что достижение справедливости будет возможно только при халифате. Представители Хизб ут-Тахрира утверждают, что их движение стремится к достижению своих целей совершенно ненасильственным путем. Правительства стран региона по-разному отреагировали на появление Хизб ут-Тахрира, который начал проявлять активность, по крайней мере, начиная с середины 1990-х гг. Наибольшим репрессиям движение подвергается в Узбекистане, где лица, обвиненные в принадлежности к этому движению, приговариваются к длительным срокам тюремного заключения. Таджикистан, равным образом, занял непримиримую позицию по отношению к этой организации, которая является особенно активной в Согдийской области на севере страны. В 2005 г. были сообщено об аресте 99 лиц, обвиняемых в принадлежности к организации. Кыргызские власти проявляли в целом меньшую жесткость, произведя лишь отдельные аресты. Казахстан также проявил большую терпимость, хотя с недавних пор на членов этой организации оказывается растущее давление.
Хотя в официальных заявлениях Хизб ут-Тахрир часто изображается как организация, представляющая собой угрозу, не было представлено никаких убедительных доказательств того, что члены этого движения имеют отношение к террористическим актам. Однако другие радикальные группировки продемонстрировали свою готовность применять насилие. Главной из них является Исламское движение Узбекистана (ИДУ), которое возникло после подавления исламистской оппозиции Узбекистана в начале 1990-х гг. Возглавляемое в период гражданской войны в Таджикистане Тахиром Юлдашевым и Джумабоем Намангани (являвшимися, соответственно, политическим и военным лидерами) ИДУ входило в Объединенную таджикскую оппозицию (ОТО), находившуюся под лидерством исламистов, и в 1999-2000 гг. организовало серию вооруженных вторжений на территорию Кыргызстана и Узбекистана со своих баз, расположенных в Таджикистане и Афганистане. Эти нападения были отражены, и сторонники движения были высланы из Таджикистана. ИДУ тогда, по-видимому, присоединилось в Афганистане к Талибану и Аль-Каиде; Намангани был, по всей вероятности, убит во время боевых действий в Афганистане в 2001 г., когда США приступили к ликвидации движения Талибан; уцелевшие участники ИДУ, как полагают, скрываются в районах, прилегающих к афгано-пакистанской границе вместе с остатками движения Талибан и Аль-Каиды.
Распад ИДУ, возможно, привел к появлению небольших групп "внештатных" боевиков, действующих на территории всего региона. Их действия в значительной степени носят криминальный характер, хотя и имеют определенный религиозный подтекст. В Таджикистане многие такие группы и отдельные лица подверглись преследованиям. В 2004 г. власти предприняли действия по ликвидации группы, действовавшей в Исфаринском районе Согдийской области, региона с глубокими консервативными традициями, являющегося центром поддержки оппозиционной партии Исламского возрождения Таджикистана (ПИВТ). Известная как "Байят" (Присяга), это группа подозревалась в причастности к совершению преступлений, включая вооруженные ограбления, поджог мечетей и магазинов, торгующих алкогольными напитками, и убийство миссионера - баптиста. Несколько предполагаемых лидеров организации было арестовано, и в мае 2005 г. они были приговорены к срокам заключения от 6 до 25 лет. Многое в деятельности Байята остается неясным, хотя должностные лица органов безопасности утверждают, что она проявляла активность с 1992 г. и имела тесные связи с ИДУ, собирая преступным путем средства для этого движения. В июле 2005 г. власти объявили об аресте шести предполагаемых сторонников ИДУ в Душанбе в связи с убийством 1 апреля оперуполномоченного милиции Асада Мазориева и таможенного инспектора Шерала Саидова. Источники в органах внутренних дел утверждают, что Мазориев был убит, потому что он расследовал деятельность ИДУ в Таджикистане и ранее арестовал шесть членов этой организации.
Отколовшиеся ячейки ИДУ могут действовать также в других местах. В конце марта - начале апреля 2004 г. в результате серии взрывов и перестрелок между милицией и предполагаемыми террористами десятки человек погибли в Ташкенте и Бухаре. В июле того же года одновременные взрывы были совершены террористами-самоубийцами перед посольствами США, Израиля и зданием генеральной прокуратуры в Ташкенте, в результате чего погибли террористы и два охранника у израильского посольства. В ноябре органы безопасности Казахстана объявили о ликвидации в городе Чимкенте на юге страны неподалеку от границы с Узбекистаном террористической группировки, которая имела отношение к этим взрывам; предполагается, что лидеры группировки являлись бывшими боевиками ИДУ, прошедшими обучение в лагерях в Таджикистане и Афганистане. В начале июня 2005 г. в американском посольстве в Ташкенте после получения "информации о том, что террористические группы, возможно, собираются напасть на представителей США в Узбекистане в самом ближайшем будущем", было принято решение об отъезде из Узбекистана работников посольства, чья деятельность не имела жизненно важного значения для его функционирования, и членов их семей. Гражданам США была дана рекомендация "рассмотреть вопрос об отъезде из Узбекистана". В частных беседах американские должностные лица отметили, что в число группировок, деятельность которых вызывает у них наибольшие опасения, входит ИДУ "и его ответвления". Вскоре после этого предупреждение об опасности было отменено. В конце марта 2006 г. службы безопасности Кыргызстана объявили об аресте одиннадцати предполагаемых членов ИДУ в городах Ош и Узген, расположенных на юге страны.