Классические гимназии были широко распространены в России начиная с царствования Александра II. Их выпускники, воспитанные на классической культуре, составили ту блестящую университетскую молодежь, которая к началу XX века обеспечила русской науке одно из первых мест в мире, а русской культуре - ее блистательный взлет, который получил потом название Серебряного века. После октябрьского переворота 1917 года классические гимназии были упразднены. Эпохе духовного диктата оказалась крайне несозвучной школа, воспитывающая своих учеников служению высшим идеалам. Некоторое время после Великой Отечественной войны латынь тем не менее изучали в немногих школах крупных городов России. Возрождение русской классической школы стало задачей нынешнего поколения.
Школа создана преимущественно для детей из православных семей, внутренняя жизнь ее подчинена церковному уставу и календарю, и средоточие ее - храм во имя св. Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова, который посещают не только ученики и преподаватели, но и жители окрестных территорий. Храм был создан в 1992-93 годах для воцерковления детей и для закрепления теоретических знаний, получаемых гимназистами на уроках литургики. Настоятелем гимназического храма стал директор гимназии, Алексей Николаевич Сысоев, который в марте 1993 года был рукоположен в священный сан. Прислуживают и поют в храме гимназисты и выпускники гимназии.
Служба в гимназическом храме совершается по монастырскому уставу практически без сокращений. Певчие хора стараются возобновить и различные старинные русские традиции: так, на каждое Рождество группа певчих отправляется с большим мешком поздравлять прихожан и петь колядки. После завершения сложного маршрута, который обязательно включает в себя квартиры пожилых и одиноких людей, полученные подарки передают в детский приют в Ясенево. На Пасху в храме собирают пожертвования и подарки для этого же приюта. На воскресные дни и на праздники часть хора выезжает в деревню Ключи (Рязанской области) на свое подворье - в храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы - для помощи в совершении богослужения.
Образование здесь носит гуманитарный характер. Помимо расширенной программы по английскому языку в гимназии преподаются древнегреческий и латинский языки, история античной культуры. История России изучается в объеме значительно большем, чем он определен в средней школе. В течение всех одиннадцати лет обучения преподается Закон Божий.
Преподавание остальных гуманитарных предметов отличается от обычной школьной программы. Родной язык изучается в неразрывной связи с особенностями русской культуры и духовными устоями России. Знания, полученные на уроках церковнославянского языка помогают углубленному изучению русской грамматики на исторической основе. Уникальный характер имеет преподавание основ изобразительного искусства: оно основано на знакомстве с символического мышления раннехристианского, византийского, западноевропейского средневекового искусства. В храме проводятся и дополнительные занятия, прививающие детям трудовые навыки: например, золотошвейный кружок, мастерицы которого создали множество прекрасных облачений для богослужений в школьном храме. Лето многие воспитанники проводят в гимназическом лагере при Оптиной пустыни. Во время школьных каникул ученики вместе с кураторами и преподавателями ездят в паломнические поездки к святыням России.
Выпускники гимназии, как правило, продолжают образование на гуманитарных факультетах высших учебных заведений, как духовных, так и светских. На базе самой гимназии действует отделение классической филологии Православного Свято-Тихоновского Богословского Института (ПСТБИ).