«Медный бунт» начался в Москве, а проходил и был подавлен на глазах у Алексея Михайловича в селе Коломенском, загородной царской резиденции. Это восстание москвичей было следствием денежной реформы середины XVII века, когда правительство решило наряду с серебряной вводить в обращение и медную монету с одинаковым достоинством. В итоге предполагалось серебряную копейку заменить медной. Казна брала с населения налоги серебром, а выплачивала жалование и покупала товары медными деньгами. Стремясь покрыть расходы (а тогда страна испытывала экономические и военные трудности), правительство увеличивало выпуск медных денег, что привело к их обесцениванию и дороговизне. Ко всему еще, в обращение стали поступать европейские талеры с «надчеканкой» (вес 27—28 г), которые стали насильственно приравниваться к реальному русскому рублю (100 копеек по весу были почти в полтора раза тяжелее). Количество серебряных копеек у населения быстро сокращалось, а медных при возрастающей дороговизне и изобилии уже не хватало даже на минимум.
Волнения в Москве начались рано утром. На Сретенских воротах Белого города были приклеены «воровские» листы, в которых во всех винах (измена царю и неудача медной реформы) обвинялись наиболее видные и близкие царю люди: бояре Илья Данилович и Иван Андреевич Милославские, окольничьи Богдан Матвеевич Хитрово, Федор Михайлович Ртищев, дьяк Дементий Башмаков, гость Василий Шорин и другие. С Лубянки возбужденная толпа двинулась к Кремлю, и вскоре на Красной площади гудела уже вся Москва. Узнав, что царь находится в Коломенском, народ устремился туда.
Как раз 25 июля в Коломенском собралось все семейство Алексея Михайловича, приехала родня, были приглашены и ближние бояре. В этот день собирались праздновать именины сестры царя – Анны Михайловны.
Однако, рано утром, когда царь был в церкви, сообщили о приближении к дворцу многочисленной толпы москвичей. Охрана не смогла сдержать народ, и тот, войдя в главные ворота, заполонил двор перед крыльцом, на которое вышел растерянный царь. Произошедшее противоречило всем нормам поведения того времени. Перед царствующей особой все должны были падать ниц, а тут «мужичье» подавало царю лично в руки «подметные письма» с указанием всех вин и измен бояр, кричало и требовало их выдачи. С царем народ беседовал запросто, с ним «били по рукам», разгоряченные спорщики хватали за одежду. Царь обещал все уладить и начать следствие. Москвичи поверили и повернули назад в Москву. В столице, между тем, восстание только разворачивалось. Правительство растерялось и полностью утратило контроль над населением. В городе громили дворы ненавистных бояр-изменников, торговые лавки купечества. Первые толпы еще только шли из Коломенского, а из Москвы им навстречу двигались уже новые с еще более вескими доказательствами боярской измены. Соединившись, мятежники повернули назад, в Коломенское. Такого поворота событий царь не ожидал. Вновь перед ним шумело море людей. Однако царское окружение уже вполне разобралось в обстановке. Из Москвы к этому времени были вызваны верные правительству стрелецкие полки (часть стрельцов полка Шепелева принимала участие в восстании). Пока народ требовал у царя выдачи изменников, два стрелецких полка уже входили в задние ворота дворца. Узнав о прибытии военной силы, Алексей Михайлович без всякого колебания приказал стрельцам гнать и рубить бунтовщиков. Вооруженные стрельцы напали на безоружных людей. Главная расправа произошла у парадных ворот дворца, около церкви Вознесения. Избивая народ, стрельцы теснили всех к Москве-реке, в которой многие утонули. Подходившие из Москвы стрельцы продолжали рубить и ловить восставших по дорогам. Более сотни человек были сразу повешены в Коломенском. Современник сообщал, что убитых, утонувших, казненных было более тысячи человек.
Подавление Медного бунта подняло на невиданною до того времени высоту московских стрельцов. Им значительно увеличили жалование, утвердили всевозможные льготы в области ремесла и торговли. В столице начался расцвет стрелецких слобод. Стрельцы были освобождены от принудительных работ, получили право подавать жалобы чуть ли не самому царю. Московские стрельцы стали реже использоваться в военных походах, а если и выступали на театр военных действий, то только с царем. Утверждения за ними названия «надворной пехоты» в 1682 г. лишь только подтвердило устоявшееся до этого правило. Весь гарнизон московских стрельцов, а он достиг в середине XVII века численности почти в 22 тысяч человек, при Алексее Михайловиче фактически превратился в царскую гвардию.
Последний период правления царя Алексея Михайловича в Москве протекал в относительном благополучии. Брожение в умах, правда немалые, вызвали нововведения патриарха Никона. В основном они касались церковной службы, ритуалов и издания служебных книг. Кружок «ревнителей благочиния», наполненный некогда сторонниками и единомышленниками патриарха, уже в скором времени был разгромлен. Сам же Никон, державшийся ранее традиционного направления в области церковной реформы, переориентировался на греческие образцы, что в итоге и привело к расколу.
Поддержав первоначально Никона в его начинаниях, царь уже вскорости столкнулся с его теократическими устремлениями. Столкновение царя с патриархом привело к падению последнего. Церковные соборы, проходившие в Москве, единогласно осудили Никона. Он был удален из Москвы, и как выяснилось, надолго. Больше Алексей Михайлович и Никон не встречались. Падение некогда всесильного патриарха вызвало в московском обществе немало толков и слухов. Говорили, что будто бы по его советам царь втянулся в тяжелую войну со шведами, одновременно воюя с Польшей. Молва приписывала ему открытие греческих и латинских училищ, удаление из церквей некоторых очень почитаемых икон, введение каких-то турецких обрядов. Ходили слухи о том, что удалению Никона способствовали жена и тесть царя.
Восстание война под предводительством Степана Разина непосредственно Москву не затронула. Очаг его полыхал далеко в Поволжье. Из Москвы туда направлялись войска, посылались указы. Но Степана Разина Москва все же увидела. После подавления восстания еще недавно грозного атамана доставили в столицу. Его, закованного в кандалы, на телеге привезли в Москву. Царь приказал «вора Стеньку Разина» провезти по Тверской улице. Посмотреть на необычный эскорт собрались почти все жители столицы. За разинской телегой шел, прикованный к ней, младший брат Степана Фрол. С ними же был и еще один виновник смуты, – самозванный царевич Алексей, – взявший имя умершего к этому времени царского сына и наследника. После пыток в застенке Земского приказа Степан Разин был казнен на «Пожаре». Разинская телега, как ни странно, сохранилась и стала, своего рода, негласной достопримечательностью города. Ее даже использовали и в дальнейшим. В 1679 году был схвачен Прохор Кропотов, бывший стольник, ставший разбойником. Судное дело свидетельствует, что разбойником он был редкостным. Вины его даже по тем временам были немалые: грабежи сел и царской казны (таможенной и налоговой), убийства людей, выжигание деревень, насилование боярынь и девиц. Его также везли в Москве по Тверской и на той же самой телеги, что и Разина. Там же его и пытали (в Земском приказе) и казнили на Красной площади у того же места.
В феврале 1682 г. , овдовевший незадолго до этого, царь Федор Алексеевич женился во-второй раз. Его второй избранницей стала Марфа Матвеевна Апраксина. Первая супруга царя, Агафья Семеновна, скончалась при родах. Второй брак царя призван был окончательно решить проблему наследования трона. Но уже в апреле этого года Федор Алексеевич скончался, и вопрос с наследником так и не разрешился.
Так, как и почти сто лет тому назад, накануне «Смуты», правящие круги стояли на пороге царского избрания. Выбор был невелик. Милославские хотели старшего Ивана, Нарышкины - младшего Петра. При активной поддержки патриарха Иоакима в цари избрали десятилетнего, правда, не по годам развитого Петра. Правительницей при малолетнем царе стала царица Наталья Кирилловна Нарышкина.
В то время, когда дворец питался недовольством Милославских, в московских стрелецких слободах зрел еще один очаг напряженности.
«Сиротским» положением московских стрельцов после Алексея Михайловича воспользовались полковники. Веря в свою безнаказанность и бесконтрольность властей, они сделались полными хозяевами положения. Стрельцов стали использовать на различных принудительных городских и хозяйственных работах, более того полковники принуждали стрельцов и к работам в своих личных хозяйствах. Все стрелецкие льготы и привилегии были негласно перечеркнуты. Стрельцы подавали жалобы. Наконец-то, одна из них стала предметом разбирательства правительства. Стрельцам пошли на встречу: виновных полковников подвергли суровому наказанию. Однако сами стрельцы в этом почувствовали слабость, а не силу власти. Пошли слухи, что в стрелецких слободах стали требовать продолжения следствия и дальнейшего поиска виновных. Этим-то и воспользовалась «партия» Милославских, негласно которую в это время возглавила честолюбивая царевна Софья.