Во время пребывания ополчения в Ярославле казаки подмосковных таборов кн. Д.Т.Трубецкого и И.М.Заруцкого принесли присягу объявившемуся в Пскове Лжедмитрию III, выдававшему себя за чудесно спасшегося от убийства в Калуге Лжедмитрия II. Присяга Псковскому вору остатков Первого ополчения возмутила Пожарского и Минина. В грамоте, разосланной по городам, они писали: «как сатана омрачи очи их! При них Колужский их царь убит и безглавлен лежал всем на видение шесть недель». Заруцкий предпринял и более решительные враждебные действия против ополчения, подослав казаков убить Пожарского, но благодаря случайности этот замысел не удался.
Первые отряды Второго ополчения были отправлены к столице в июле 1612 г. Они прибыли под Москву и встали табором отдельно от казаков Заруцкого и Трубецкого. В конце июля Заруцкий, понимая, что с приходом ополчения не он только лишиться своего влияния, но может лишиться и жизни, отступил из-под Москвы к Коломне, где находилась Марина Мнишек, а затем, ограбив город, двинулся к Рязанской земле и занял Михайлов. В это время к Москве выступили из Ярославля главные силы ополчения во главе с Пожарским. Пожарский торопился прийти в столицу, чтобы опередить гетмана К.Ходкевича, шедшего на выручку польскому гарнизону, осажденному в Кремле.
Второму ополчению не удалось достигнуть договоренности с кн. Д.Т.Трубецким, и войско Пожарского расположилось отдельно от казаков. 21 августа 1612 г. Ходкевич подступил к Москве. Несмотря на разобщенность двух войск, общими усилиями Ходкевич был отражен от столицы. В сражении с поляками особо отличился К.Минин, не отличавшийся военным опытом. После отхода Ходкевича, ужасы осады усилились.
Польский гарнизон и все находившиеся в Кремле – деятели семибоярщины, их семьи, высшее духовенство, дьяки и другие – страдали от голода. Архиепископ Арсений Елассонский, переживший вместе с поляками, осаду войск Второго ополчения, пишет: «... в течении многих дней, они [поляки] израсходовали всю пищу, и многие умирали каждый день от голода, и ели все скверное и нечистое и дикорастущие травы; выкапывали из могил тела мертвых и ели. Один сильный поедал другого». Сам архиепископ изнемогал от голода и боялся «сделаться пищею воинов». О людоедстве вспоминают и сами поляки, уцелевшие после московской осады – отцы ели детей своих, один гайдук съел сына, другой – мать; ротмистр, назначенный судить виновных, убежал с судилища, боясь как бы обвиненные не съели бы его.
Тем не менее, поляки ожесточенно сопротивлялись, делали вылазки и отвечали отказом на предложения о сдаче. 22 октября казаки выбили поляков из Китай-города. Наконец, доведенные до отчаяния, поляки вступили в переговоры, требуя сохранить им жизнь, что и было обещано. Сперва были выпущены из Кремля бояре – князь Федор Иванович Мстиславский, князь Иван Михайлович Воротынский, Иван Никитич Романов с племянником Михаилом Федоровичем и другие. На другой день сдались и поляки – полковник Струсь со своими людьми был ограблен казаками Трубецкого, а полковник Будило сдался отряду Пожарского, и дворяне не тронули ни одного поляка. 27 ноября ополчение торжественно, с крестами и иконами вошло в Кремль. Ужасная картина предстала взору русских людей – кремлевские церкви были осквернены и разграблены, образа рассечены, престолы выдраны; в чанах засолено человеческое мясо…
Избрание на царство Михаила Федоровича Романова
В ноябре 1612 г. руководители Второго ополчения разослали по городам грамоты с призывом собираться на Земской собор «для царского обирания». Посланцы прибыли от 50 городов, кроме того в работе Собора участвовало высшее духовенство, участники ополчения, дворцовые чины, представители казачества. Среди выборных были и служилые люди «по прибору» – стрельцы, пушкари, посадские люди и даже черносошные крестьяне. Избирательный Земской собор 1613 г. был наиболее многочисленным и представительным во всей соборной практике XVI—XVII вв.
Работа Собора началась с принятием знаменательного решения – «литовского и свийского короля и их детей, за их многие неправды, и иных никоторых земель людей на Московское государство не обирать... и Маринки (т.е. Марины Мнишек) с сыном не хотеть». Отведены были также кандидатуры «царевичей, которые служат в Московском государстве», т.е. сибирских Кучумовичей. Таким образом, Собор сразу определил круг кандидатов – «великие» роды Московского государства, т.е. крупное боярство. По различным источникам известны имена, называвшиеся на Соборе – князь Ф.И.Мстиславский, князь И.М.Воротынский, князь И.В.Голицын, князь Д.Т.Трубецкой, И.Н.Романов, князь И.Б.Черкасский, князь П.И.Пронский, Ф.И.Шереметев. Сохранилось известие, что выставлял свою кандидатуру и князь Д.М.Пожарский. В пылу местнического спора дворянин Сумин упрекал Пожарского, что тот «государился и воцарялся» и «стало ему в двадцать тысяч». Однако, впоследствии, сам же Сумин отрекался от этих слов. Кандидатура князя Ф.И.Мстиславского, несомненно одного из наиболее знатнейших претендентов по происхождению от Гедимина и родству с династией московских царей (праправнук Ивана III) не могла быть серьезно принята, поскольку Мстиславский еще в 1610 г. заявлял, что пострижется в монахи если его будут принуждать принять трон. Несомненно, были быстро отведены кандидатуры бояр, входивших в семибоярщину – И.Н.Романова и Ф.И.Шереметева. Наибольшие шансы были у кандидатов, входивших в ополчение – кн. Д.Т.Трубецкого, кн. И.Б.Черкассого и кн. П.И.Пронского. Из них активную деятельность развил Трубецкой – «учреждаша трапезы и столы честныя и пиры многия на казаков и в полтора месяца всех казаков, сорок тысяч, зазывая толпами к себе на двор по вся дни, честь им получая, кормя и поя честно и моля их, чтоб быти ему на России царем...».
Агитация за Трубецкого шла весьма успешно, однако, и его кандидатура не смогла набрать необходимого количества голосов на Соборе. Борьба развернулась по второму кругу и возникли новые имена: стольник М.Ф.Романов, князь Д.М.Черкасский, князь И.И.Шуйский, вспомнили и о шведском королевиче Карле-Филиппе. Наконец, благодаря решительной поддержке казаков одержала верх кандидатура Михаила Федоровича Романова, достоинствами которого были его родство с прежней династией (племянник царя Федора Ивановича) и незапятнанность в изменах и усобицах Смуты. Круг сторонников Михаила Романова представлял из себя не тот сплоченный родственный романовский клан, против которого направлял свои репрессии Годунов, а стихийно сложившийся на Соборе кружок лиц из разгромленных боярских группировок. В основном, это молодые, не имевшие достаточного веса среди боярства лица – Шереметевы (за исключением боярина Федора Ивановича), кн. И.Ф.Троекуров, Головины, М.М. и Б.М.Салтыковы, кн. П.И.Пронский, А.М. и А.А.Нагие, кн. П.А.Репинин и другие. Часть из них были родней новому царю; другие, через тушинский лагерь были связаны с отцом Михаила – Филаретом Романовым; третьи, ранее поддерживали кандидатуру Трубецкого, но вовремя переориентировались. Характерно, что усиленно противился избранию племянника боярин И.Н.Романов.
Историки сходятся в оценке еще одного качества Михаила Романова, четко проявившегося в его управлении государством – стремление к примирению общества на консервативных началах, возвращавших Россию XVII в. к социально-политическому облику Московского государства XVI в. «Все сошлось на тихом, “нейтральном” царе», – писал Л.Н.Гумилев. «Романовы устроили всех. – писал В.Б.Кобрин – Таково свойство посредственности. Быть может, для консолидации страны, восстановления общественного согласия страна нуждалась не в ярких личностях, а в людях, способных спокойно и настойчиво вести консервативную политику». Перед царем Михаилом Федоровичем встали задачи преодоления последствий Смуты и осмысления ее итогов. Началась эпоха Романовых.