Нередко таможенными головами поручали дела по финансовому управлению банями, сбору денег с лавок и шалашей, со сплава дров, с приготовления кваса и другие заботы непосредственно не относящиеся к таможенному делу.
Воеводское управление. В первой половине XVI в. в некоторые, главным образом, пограничные города назначались воеводы с властью военного управления, а так же дьяки для управления финансового. В результате осуществления административной реформы Ивана Грозного, воеводы укоренились в местном управлении. А так же бывшие наместники и волостей (кормленщики) нередко сами превращались в воевод.
Во второй половине XVII в. местное управление (военное и гражданское) окончательно сосредоточилось в руках воевод, действовавших по "наказам" (инструкциям) московских приказов, которым они подчинялись. Воеводское управление с присущими ему приказными избами стало повсеместным явлением. Властью воевод было обеспечить централизацию государственного управления. А так же они не могли сами назначать на управленческие должности своих людей: их помощником были государевы приказные люди, высший надзор за которыми принадлежал правительству.
Назначением воевод производилось царскими Боярской думой на срок 1-2 года. В больших городах у воевод в друзьях водились дьяки или подьячие. Кроме подьячих в приказной избе были тиуны, праветчики, приставы, рассыльщики, сторожа и др. "приказные" люди, приводившие в исполнение приказания воеводы.
Воевода обязан был осуществлять надзор: за деятельностью, продажей товаров, а так же утверждали на должность головы и целовальников, за сбор пошлин, заслуживали финансовые отчеты присикали любые действия или бездействия таможенников, преследовать контрабандистов и другие нарушители таможенных правил и т.д. Сохранился документ 1613 г. свидетельствующий о том что архангельские воеводы не только выясняли через таможенного голову, целовальников и гостей о наличии привозных "узорочных" товаров и составляли им роспись, но так же отвечали за отбор и покупку дорогих тканей, драгоценных камней, золотой и серебряной посуды для государевой казны. Иностранные товары продавались по "прямой цене" английского рынка, без прибыли и без провозу.
В финансовом и экономическом отношении земских и губных выборных органов власти формально были независимы. Воеводский надзор (контроль) за перемещением товаров и людей, за всем процессом раскладки и взимания налогов, воеводский правеж (взыскание недоимок) открывали дорогу для больших злоупотреблений со стороны воеводской власти. Воеводы на местах обладали реальной административной и политической властью. Поневоле таможенникам приходилось считаться с этим обстоятельством и "с пониманием" относиться к злоупотреблениям со стороны органов местного управления. Действительно обязанные пресекать махинации таможенных голов и купцов при провозе обмере, оценке товаров, воеводы активно "корыстовались" при этом. Они подменяли таможенников при регистрации товаров, за взятки пропуская торговых людей без явки в таможню брали на себя сбор таможенных и кабацких пошлин, запускали руку о таможенных ларь, ссужали собранные таможенные и кабацкие деньги за проценты посадским людям, назначали в таможню угодные себе лиц, освобождали от службы за взятки и т.д.
Сотни рублей брали за незаконные сборы налогов. На Земском соборе 1642 г. гости, указывая на невыносимую тяжесть податей, на вред для государства от торговых привилегии, предоставленных иностранцам, жаловались и на то, что страдают от воевод, чинивших торговым людям задержание и насильства в проездах, и напоминали, что "при прежних государях в городах ведали (выборные) губные старосты, а посадские люди судились сами промеж себя, а воевод в городах не было" [38].
С 20-х г.г. XVII в. правительство пыталось упорядочить властные полномочия воевод. В 1620 г. им запрещено было не только участвовать в торговле продажи что-либо покупать у посадских; кроме продовольственных товаров.
В наказе Сибирским таможенным головам 1635 г. выданном непосредственно в Приказе Казанского дворца, содержались прямые указания но то чтобы осмотр товаров, сбор пошлин и конфискации незаконно провозимых товаров находились в их "одноличном" ведении. В 1638 г. двинским воеводам было запрещена ведать торговых людей, их суда и товары. В 1646 г. из юрисдикции ряда сибирских и двинских воевод были изъяты вопросы проезда торговых людей и провоза товаров. В 1651-1652 г. это решение было отменено, но уже в 1665 г. 30 семьям Емсейска разрешили подчинятся в этих вопросах таможенному голове.
В 1667 г. с изданием Новоторгового устава произошло развитие таможенной системы в статьях 1,2,18,35,88 и 89. В 1685 г. правительство вновь наказало двинским воеводам проявлять по отношению к иностранным купцам " презрение и обережения, и налогов никаких их сами и никого чинить не допускали" [38].
До конца XVII в. воеводское вмешательство и деятельность голов и целовальников сохранялось правительство мирилось с двойным надзором. В 1687 г. при самой головами Архангельск была учреждена застава (в дальнейшем-брандвахтельный пост) во главе со стрелецким полковником Семеном Ружнинским, которому было поручено наблюдать за тем, чтобы с купеческих судов до не при таможенного осмотра Ятельские корабли не могли входить в двинские устья никакой товар не ввозить.
Служба таможенных откупщиков, голов и целовальников. Несовершенство системы органов центрального и местного управления Русского государства проявлялось и в том, что правительство в то время еще не имело возможности поручить взимания торговых и проезжих пошлин, разных натуральных налогов, заведование казенными промыслами и торговыми операциями (винными, хлебными, солениями, рыбными и т.д.), сортировку, распределения и торговлю казенными товарами непосредственно своим чиновникам.
Недостаток подготовленных людей на должности сборщиков налогов и руководителей торгово-промышленных предприятий с середины XVI в. восполнялся путем привлечения профессионалов из состава гостей привилегированных сотен. Нормальное функционирование финансового аппарата обеспечивалось за счет "принудительного пополнения столичного купечества за счет наиболее состоятельной части населения провинциальных городов".
Тяглые посадские общества так же были обязаны поставлять правительству обширные кадры бесплатных работников-голов, целовальников, сторожей, обязанностям являлось не только присяга на верность но и имущественная состоятельность агента, его способности материально возместить причиняемый казне ущерб. Гостям, составлявшим своего рода главный финансовый штаб, царя поручались самые высшие торговые и финансовые должности, а торговые люди гостиной сотни были у них товарищами. Суконники выбирались в должности, меньшие по сравнению с теми, в которые выбирались торговцы гостиные; например, гости назначались таможенными головами, гостинники и их старшими, а суконники меньшими целовальниками; или же торговец гостиной сотни выбирался головой, а суконник у него товарищем.
Сверх того гостей посылали головами в самые важнейшие торговые города, а гостинники выбирались во второстепенные. Гости, а иногда и представители гостиной сотни надзирали над пристанями рыбными и соляными промыслами; им поручали покупать для царской казны товары и производить от казны торговые операций заключать подряды с иноземцами; при необходимости они выступали в роли советников царя по экономическим вопросам и даже являлись политическими шпионами.
В 1646 г. ярославцы, вологжане, костромичи и всех городов торговые люди, обращались к царю с челобитной, прося об освобождении от тягостной службы по приему ефимок на Архангельской ярмарке с последующей доставкой в Москву. Как самому голове, так подчиненным ему целовальникам строго запрещалось производить любые коммерческие операции за собственный счет.
Перед вступлением в должность по сбору мытов и перевозов целовальники клялись в том, чтобы им "на перевозях будучи перевозные деньги сбирати в правду <…> другу не дружки, а недругу не мстити, и лишка перевозных денег себе не имати, и <…> перевозных денег не красти и хитрости <…> казне чините некоторыми делы" [38].
Для многих таможенная служба являлась обременительной, тягостной, разорительной повинностью еще и потому, что приходилось оценивать товары приезжих купцов. По неумелости оценщиков возникали споры и недоразумения с иностранцами. В 1658 г. на ярмарку в Архангельске не ординировали опытных таможенников из-за жалобы таможенного головы.
В России практиковалось два основных способа таможенного управления и взимания таможенных сборов:
1. откупной и преобладавший в XII- первой половине XVII в.;
2. верный, получивший развитее во второй половине XVII в.
Предпочтение отдавалось тому, который обеспечивал более дохода.
Управление таможенным делом в уездах осуществлялось из таможенных изб. Здесь хранились сундуки или ящики с документации, печати, собранные деньги. Во дворе размещались амбары для хранения товаров, орудия измерении: весы, ведра, приемные ковши, хлебные меры, железные щиты для проверки товаров в возах и бударах.
В XVII в таможне (таможенные избы) имелись почти в каждом уездном городе. В городе устраивались одна таможенная изба, в которой взимались пошлины со всех видов товаров. Она управлялась таможенным откупщиком или таможенным головой, избираемым или казначаемым из гостей, торговых и посадских людей, государственных крестьян и некоторых других сословных групп.
Отличительной особенностью откупного способа непосредственного управления таможенным делом было то, что функции откупщиков могли исполнять как физические так и "юридические" лица. В роли последних поступали монастыри, посадские и сельские общины, которые назначали собственных сборщиков и контролировали их деятельность. Решение об отдаче на откуп таможенных пошлин в какой-либо местности принималось либо Московским приказом, либо областным воеводой.