Распределение расходов по категориям несколько изменилось по сравнению с финансовой перспективой 1988-1992 гг. Основные изменения затронули категорию №4 «Прочие политики Сообщества», которая была разделена на две части: «Внутренняя политика» и «Внешние действия ЕС». Финансирование расходов в области НИОКР и развития трансъевропейских сетей было перенесено из категории «Долгосрочные политики Сообщества» в категорию расходов на проведение внутренней политики. В категорию «Резервы» были также включены резервы на проведение внешних действий группировки (оказание чрезвычайной помощи третьим странам). Такое решение было принято, опираясь на опыт прошлого периода, когда вследствие непредвиденных событий приходилось несколько раз пересматривать финансовую перспективу с тем, чтобы выделить средства, необходимые для оказания внешней помощи третьим странам. Установление резервов по этой категории расходов позволило бы избежать многочисленных пересмотров финансовой перспективы, а также сделало бы выделение средств более оперативным.
Новое разделение расходов позволяет более точно отразить распределение средств на конкретные мероприятия и обеспечить должный контроль за их расходованием. Таким образом, средства бюджета ЕС распределяются по следующим категориям:
1. Расходы на проведение единой сельскохозяйственной политики (включая все сопутствующие мероприятия, расходы на программу выведения земель из оборота, финансовую помощь фермерам, а также расходы на обеспечение гарантированных цен на продукты рыболовства).
2. Расходы на проведение мероприятий по достижению социального и экономического сплочения (деятельность Структурных фондов, секции ориентации Финансового инструмента содействия рыболовству, а также Фонда Сплочения, который был учрежден по договору о Европейском Союзе).
3. Расходы на проведение внутренней политики ЕС (включая расходы на НИОКР и развитие трансъевропейских сетей).
4. Расходы на внешние действия (операции ЕС в специфических географических районах, расходы на оказание гуманитарной помощи, а также внешние аспекты политики в области рыболовства и охраны окружающей среды).
5. Административные расходы всех институтов ЕС
6. Резервы
В отношении расходов были достигнуты следующие соглашения. Несмотря на то, что в 1992 г. началось проведение радикальной реформы ЕСХП, которая была направлена на сокращение непроизводительных расходов и изменение правил оказания помощи аграрному сектору, было решено оставить без изменения принцип 1988 г., действовавший в отношении роста расходов на ЕСХП. Согласно этому принципу годовой рост максимального объема расходов на проведение ЕСХП не может превышать 74 % от годовых темпов роста ВНП ЕС. Было принято решение о дальнейшем увеличении финансирования деятельности Структурных фондов и об усилении финансовой помощи наиболее отстающим регионам, где уровень ВНП на душу населения не превышает 75 % среднего по ЕС. Страны, у которых подушевой ВНП не превышает 90 % среднего по ЕС (т.е. Греция, Испания, Португалия и Ирландия), будут получать помощь из специально созданного Фонда Сплочения, который поддерживает проекты в области экологии и инфраструктуры. Суммарный объем помощи, выделенной для четырех стран через Фонд Сплочения и по первому направлению деятельности других Структурных фондов, к 1999 г. должен был в два раза превысить объем средств, который эти страны получили в 1992 г.
Согласно решению Совета, расходы на проведение внутренней политики ЕС должны были увеличиться на 30 % в течение 1993-1999 гг. Особое внимание было уделено проведению НИОКР и программе развития трансъевропейских сетей. Представляя свой проект финансовой перспективы, Комиссия считала, что приоритет в расходах должен был быть отдан научно-технической политике и средства выделяемые на эти цели должны увеличиваться быстрее, чем по остальным направлениям внутренней политики ЕС. Однако Совет принял решение, по которому расходы в этой области должны были расти пропорционально общим расходам на проведение внутренней политики ЕС, но все же расходы на НИОКР должны были остаться наиболее важной статьей расходов по этому направлению. На них выделялось от половины до двух третей всех средств, расходуемых по категории 3 («расходы на проведение внутренней политики»). Среди расходов на внутреннюю политику ЕС наибольшими темпами должны были возрасти расходы на финансирование развития трансъевропейских сетей. Европейский Союз выделяет средства на развитие сетей в области транспорта, телекоммуникаций, энергетики с целью развития межграничных связей между национальными сетями. Хотя средства, вкладываемые ЕС в эти программы, значительно меньше, чем необходимые инвестиции, но своим участием в проектах, которые имеют исключительную важность для всей группировки, ЕС обеспечивает приток финансовых средств из других источников.
Средства, выделяемые на внешние действия ЕС, в период финансовой перспективы 1993-1999 гг. должны были возрасти более чем на 40 %, и этому во многом способствовало создание двух новых резервов – резерва на оказание чрезвычайной помощи третьим странам и резерв для гарантий по займам. При проведении внешней политики было решено обратить особое внимание на мероприятия в отношении стран, которые являются ближайшими соседями ЕС, т.е. странам Центральной и Восточной Европы и Средиземноморья.
Решения, принятые на заседании Совета в Эдинбурге, не могли быть реализованы без согласия Парламента соблюдать максимальные уровни расходов, зафиксированные в финансовой перспективе. Переговоры между Парламентом, Советом и Комиссией по этому вопросу привели к заключению второго Межинституционального соглашения, подписанного 23 октября 1993 г. Новое соглашение во многом повторяло соглашение от 1988 г., однако были внесены изменения, направленные на улучшение взаимодействия между институтами Сообщества и укрепление финансовой процедуры. По соглашению 1993 г. была установлена новая схема сотрудничества между Парламентом, Советом и Комиссией в период обсуждения проекта бюджета. Согласно этой схеме, перед тем, как Комиссия представит проект бюджета Совету, должно проводиться трехстороннее совещание между бюджетными институтами, на котором будут обсуждаться приоритетные направления расходов предстоящего года. Для достижения согласия между Парламентом и Советом в отношении «обязательных» расходов была разработана специальная процедура с тем, чтобы избежать противоречий между двумя ветвями бюджетной власти. По этой процедуре согласительное заседание по «обязательным» расходам должно состояться самое позднее в день, когда Совет принимает предварительный проект бюджета. Таким образом, Парламент получил возможность информировать Совет о своей позиции в отношении «обязательных» расходов еще до того, как Совет утвердит проект бюджета в первый раз и направит его в Парламент на рассмотрение. Такая схема помогает избежать ситуаций, когда возникали серьезные разногласия между Парламентом и Советом в отношении бюджетных расходов, что значительно замедляло процесс принятия бюджета в прошлом.
На трехстороннем заседании 9 ноября 1994 г. Парламент, Совет и Комиссия достигли согласия по изменению финансовой перспективы 1993-1999 гг., которые были сделаны в связи со вступлением Австрии, Финляндии и Швеции в ЕС. Новые финансовые рамки Сообщества были одобрены Советом 5 декабря 1994 г., а Парламентом – 13 декабря 1994 г. Это позволило не только сохранить Межинституциональное соглашение, но и вовремя принять бюджет на 1995 г., который действовал в отношении всех 15 членов Союза. Для того, чтобы успешно противостоять вызовам расширения, было принято решение об увеличении максимального объема расходов двум категориям. Так были увеличены расходы на проведение ЕСХП (категория №1) и структурные операции (категория №5). Для Структурных фондов было создано новое направление деятельности – «регионы с плотностью населения менее 8 человек на 1 кв. км», которые включают север Финляндии и Швеции. Кроме того, в финансовую перспективу была внесена новая категория расходов, из которой Австрия, Финляндия и Швеция должны были получать компенсации в период 1995-1998 гг. по линии сельскохозяйственной помощи. Компенсации выплачивались, поскольку эти страны не получили в 1995 г. из бюджета прямой помощи по программе ЕСХП и были вынуждены из своих национальных бюджетов оказывать поддержку аграрному сектору с тем, чтобы цены на сельскохозяйственные товары на национальных рынках были приведены в соответствие с ценами в ЕС.
Также в финансовой перспективе были увеличены расходы по статьям, которые не имели прямого отношения к расширению ЕС. На проведение программы по достижению мира в Северной Ирландии бюджет Структурных фондов был увеличен на 200 млн. евро в течение 1995-1997 гг. Для модернизации текстильной промышленности Португалии в 1994 г. было принято решение об увеличении на 400 млн. евро расходов по категории «Внутренняя политика».
В июле 1997 г. Комиссия опубликовала документ «Программа 2000: движение к более сильному и широкому Союзу», в которой содержались предложения по реформированию ЕСХП, новой политике экономического и социального сплочения, организации программ помощи странам, которые в недалеком будущем присоединятся к ЕС. Также рассматривались последствия дальнейшего расширения ЕС и система финансирования деятельности группировки. В марте 1998 г. Комиссия представила на рассмотрение Совета и Парламента финансовую перспективу на 2000-2006 гг. и проект нового Межинституционального соглашения. Основные компоненты Программы-2000 были одобрены на заседании Европейского Совета в Берлине 24-25 марта 1999 г., а 6 мая 1999 г. Парламент одобрил новое Межинституциональное соглашение, которое включало в себя финансовую перспективу на 2000-2006 гг. В новой финансовой перспективе были сохранены принципы предыдущих программ. 29 сентября 2000г. Совет одобрил новое решение по системе собственных ресурсов ЕС, согласно которому был увеличен объем средств, остающихся в распоряжении государств-членов после взимания таможенных пошлин и компенсационных сборов. С 2001 г. страны оставляют себе 25 % доходов от пошлин и сборов для покрытия расходов по их взиманию. Была снижена максимальная ставка отчислений с НДС – в 2000 г. она составляла 1% , в 2002-2003 гг. она будет снижена до 0,75 %, а с 2004 г. ставка будет составлять 0,5 %. Кроме того, с 2000 г. в отношении всех стран ЕС действует правило, по которому налоговая база НДС, с которой взимаются отчисления в единый бюджет, не может превышать 50 % от ВНП страны. Ранее это правило действовало лишь в отношении стран, чей ВНП в 1991 г. составлял менее 90 % среднего ВНП по Сообществу. Максимальный объем собственных ресурсов был установлен на уровне 1,27 % от ВНП Сообщества.