З першим гетьманством Юрася Хмельниченка почалася найсумніша доба в історії козаччини — Руїна. Згідне й однопільне дотепер запоріжське військо розбилося на два ворожі табори, що завзято себе поборювали. Не було одної влади, — на Правобережжі правив один гетьман, на Лівобережжі другий. Ідея самостійної Української Держави занепадала все більше, сусіди господарили на Україні, як у себе дома, а самі українці накликували на себе ворогів... Багата, цвитуча, вільна країна занепала до краю; на місці великих осель сіріли руїни, на місці родючих піль появився дикий степ. Павло Тетеря
На місце Юрася Хмельниченка правобічні козаки обрали гетьманом Павла Тетерю (1663—1665 р.). Павло Тетеря-Моржковський походив із київської шляхти, вчився у василіянських школах, під кермою пізнішого холмського єпископа й історика Якова Суші; в 1647 р. був реєнтом гродської канцелярії у Володимирі на Волині. З вибухом повстання перейшов на сторону Хмельницького й дійшов до уряду переяславського полковника. З доручення старого гетьмана їздив двічі послом до Москви, раз у 1654 р. укладати перший договір з Московщиною, вдруге 1657 р. ладнати напружені відносини з царським урядом. В 1661 р. став генеральним писарем при Юрасю Хмельниченку, на бажання поляків. Був він жонатий, вперше з сестрою Якима Сомка, вдруге з Оленою Хмельницькою, дочкою Богдана, вдовою по Данилі Виговськім. Це близьке посвоячення з родом Хмельницьких, як і польська протекція, дали йому гетьманську булаву.
Тетеря, хоч довгі часи був співробітником двох найвизначніших гетьманів, не зумів перейнятися щиро їхніми змаганнями. Він не розумів потреби і значіння Української Держави, його бажання і змагання все були звязані з Польщею, уважав себе немов польським урядовцем, в своїх письмах він не вагався звати України польською «провінцією» а короля її «природним і власним паном». Не тільки не вмів утримати української держави на рівні, на якому поставили її Богдан Хмельницький і Виговський, але навіть не зумів оборонити автономії запоріжського війська. Все лиш закликав короля, щоби присилав як найбільше війська на Україну; поляки радо йшли на ці заклики і на Правобережжі рядив не гетьман, а польські команданти.
Іван Брюховецький
На Лівобережжі, що було під впливами Московщини, зразу наказним гетьманом був Яким Сомко, шурин Хмельницького, уроженець Переяслава, з багатого міщанського роду. Він був представником козацької старшини, що бажала відокремитися від «черні» й утворити вищий, упривилейований стан. Він дораджував московському урядові списати козаків у військовий реєстр, а селян переписати окремо, не дозволити зватися козаками та присилувати їх платити податки. Супірником Сомка був ніжинський полковник Василь Золотаренко, людина без вищої освіти, але амбітний і багатий; а дорадника мав ніжинського протопопа Максима Филимоновича, визначного письменника і промовця, що був прихильником тісної злуки України з Московщиною. Але ні Золотаренко ні Сомко не змогли добути булави, — випередив їх запорожський кошовий Іван Брюховецький.
Іван Брюховецький був родом «полулях», мав бути зразу латинського обряду, але потім прийняв православну віру; на дворі Богдана Хмельницького був «старшим слугою», опісля поїхав на Запоріжжя з доручення Юрася Хмельниченка, осів на Січі і тут вибрали його кошовим 1660 р. Вищої освіти він не мав, але на гетьманському дворі набрався загального знання й оглади, а решту дав йому вроджений талант. Брюховецький був людиною вимовною, говорив гарною народньою мовою, писав образовим стилем і тим єднав собі людей. На Запоріжжі здобув собі перше місце через те, що голосив популярні кличі: виступав проти збагаченої старшини, заступався за бідний нарід і домагався широких прав для черні. «Вони» — писав він про старшину — «хочуть бути гетьманами над запоріжським військом і завидують нашій луговій саламасі, — ми з ними заміняємося на їхню городову, нехай посмакують, яка солодка лугова саламаха»... Політичні погляди Брюховецького були неширокі. Не міг він зжитися з поглядами таких самостійників, як Виговський і Дорошенко; існування України він уявляв собі тільки під пануванням одної з сусідних держав. Був він рішучим ворогом Польщі. Цю нехіть виніс він мабуть з двора Хмельницького і згодом утвердив її під впливом своїх дорадників. Одиноким правним володарем і дідичем України, Брюховецький вважав московського царя, а всі його змагання ішли в цьому напрямі, щоби звязки України з Московщиною зробити як найтіснішими.
В боротьбі з іншими кандидатами до булави, Брюховецький мав цю перевагу, що і чернь підпирала його, і московський уряд волів мати його гетьманом, як котрого із старшин-самостійників. На славній «чорній раді» в Ніжині 27—28 червня 1663 р., де козаки і посполиті рівний мали голос, гетьманом вибрано Брюховецького; Сомка і Золотаренка, без всякої вини, засуджено на смерть.
Польський похід на Лівоберіжжя
Таким способом рівночасно обрано двох гетьманів: на лівобічній Україні Брюховецького, на правобічній Тетерю. Ні одна, ні друга сторона не хотіла уступити і боротьба тривала дальше. Тетеря, що був гарячим прихильником польської влади, намовив короля Яна Казимира, аби він виправився на Лівоберіжжя і добув землі, що перед Хмельниччиною належали до Польщі. Король виправився з військом і перейшов Дніпро в осені 1663 р. Але польські війська не змогли здобути ані Києва, ані Переяслава, а також інші городи боронилися завзято. Врешті довга й безуспішна облога Глухова так знеохотила Яна Казимира, що наказав відворот на Правоберіжжя. Жертвою невдачі польського війська упав полковник Іван Богун.
Іван Богун походив із київської шляхти. З початком Хмельниччини був він подільським полковником, пізніше кальницьким, врешті паволоцьким. Брав він участь у всіх війнах Хмельниччини і пізніших. Під Збаражем 1649 р. підчас наступу був тяжко ранений. В 1651 р. вславився обороною Винниці, де присилував ворожі війська до соромної втечі. Під Берестечком вибрано його наказним гетьманом, — тут він врятував військо від крайного розгрому. В 1653 р. бився з Чарнецьким під Монастирищами, був теж під Жванцем. В 1654 р. належав до противників союзу з Московщиною і не зложив присяги цареві; так само не підписав переяславської умови Юрася Хмельниченка. Але з другого боку Богун не приступав теж до умов з Польщею, хоч обіцювали йому маєтности й уряди. Через те поляки увязнили його і заслали до кріпости у Мальборзі. Увільнений звідтам, з наказу Тетері, пішов зі своїм полком на Лівоберіжжя і своїми впливами приєднав для Тетері деякі городи. Але тут впало на нього підозріння, що веде переговори з Брюховецьким і з москалями. Поляки арештували його і розстріляли під Новгородом Сіверським 27 лютого 1664 р. Так погиб один з найгарніших козацьких діячів, людина чиста, несплямлена ніколи чужою ласкою, найвірніший оборонець самостійности України.
Правобічне повстання
По відвороті Яна Казимира, також Тетеря залишив Лівоберіжжя і перенісся на правий бік Дніпра. Але тут, у ріжних місцях рівночасно, вибухло повстання проти Польщі 1665 р. Поворот польської влади і шляхетського панування викликав відразу глухе невдоволення між народом; колиж королівський похід покінчився невдачею, козацькі старшини дали гасло до повстання. Одним з перших, організаторів руху був запоріжський кошовий Іван Сірко, що вславився своїми очайдушними походами на татар і турків; тепер він звернувся проти поляків і підняв південні полки. Появилося багато нових ватажків: «що козак, то полковник, що сотник, то гетьман», — така була приповідка. Над Дністром виступав Василь Дрозд, давний сотник з полку Нечая на Білій Руси; при його боці почали військову карієру серб Дмитрашко Райча, згодом переяславський полковник і грек Константан Мигалевський. В Умані старшував Іван Сербин, колишній сербський капітан, що ще за Богдана Хмельницького вступив до козацького війська; у боротьбі з поляками він поляг лицарською смертю у квітні 1665 р. До повстанців пристав також подільський полковник Остап Гоголь і давний галицький повстанець Семен Височан. У повстанні поляг також, розстріляний без суду, гетьман Іван Виговський.
Тетеря не був у силі стримати народнього руху, що піднявся з усіх сторін; зненавиджений усіми, склав він булаву в червні 1665 р. і виїхав до Польщі. Там він прийняв латинський обряд і дістав уряд старости на Волині. Вивіз з собою козацький архів і скарбницю, а загарбані гроші давав на ріжні католицькі фондації, нпр. на варшавських єзуїтів. Але й у Польщі не утримався довго; виїхав до Туреччини, де умер в Адріянополі 1671 р.
Умови Брюховецького з Москвою
Довше як Тетеря, утримався лівобічний гетьман Брюховецький. Невдача польського походу скріпила його становище, а правобічне повстання давало вигляди, що й правобережна Україна перейде під його булаву. Але Московщина не дала йому підмоги й остаточно Брюховецький мусів вдоволитися владою на Лівоберіжжі.
Зараз після вибору на гетьмана, Брюховецький обновив у Батурині умову з Московщиною, на основі статтей Богдана і Юрася Хмельниченка; зобовязався тоді доставляти безплатно харчі московським залогам на Україні. Коли скінчилася війна з Польщею, він рішився поїхати до Москви, поклонитися цареві. Московський уряд віддавна домагався, щоби український гетьман, по виборі, приїздив «побачити пресвітлі очі государя». Дотеперішні гетьмани відмовлялися від цеї почести, — Брюховецький перший згодився поїхати до Москви. Він був щиро відданий цареві і в тій вірності бачив запоруку кращого майбутнього України: «Мене ні страх, ні ласка неприятеля, ні меч, ні вогонь від православного і єдиновірного монарха нашого розлучити і відділити не може»... говорив бувало.
До Москви приїхав Брюховецький у вересні 1665 р. і лишився тут 4 місяці. З ним були два генеральні писарі, обозний, два осаули, один суддя, дальше трьох полковників, понад 80 ріжних старшин, делегати козаків, міщан і духовенства, разом 535 людей. Вїзд до столиці відбувся святочно, на вулицях були розставлені урядовці і стрільці; гетьман з козаками був на авдієнції у царя і зложив дарунки — воєнні трофеї, арабські коні, ридвани, зброю, дорогоцінні одежі. Обіди, прийоми й почести в столиці засліпили гетьмана, непривичного до розкоші і зробили йому ще дорожчим царське підданство. Він намагався примінитися до московських звичаїв, приняв титул боярина і навіть згодився женитися з московкою, боярською дочкою. За його прикладом пішла старшина, переважно люди неосвічені й навіть неграмотні; за титул дворян, який їм надано і за обіцяні маєтности, були готові на всякі уступки для Московщини.