Авторитет митрополита был очень высок, поэтому царь не мог схватить его без причины. Поэтому в Соловецкий монастырь была направлена специальная комиссия для подготовки обвинений против Филиппа, основанных на лжесвидетельствах. 4 ноября 1568 г. состоялся суд: митрополита Филиппа низвергли из сана и приговорили к смертной казни сожжением. Но царь проявил милость, заменив казнь вечным заточением в монастырь.
8 ноября 1568 г. во время церковной службы в Успенском соборе на Филиппа набросились опричники, содрали с него одежды, обрядили в грубое монашеское платье и увезли с позором из Кремля. В итоге его заточили в Тверской Отрочь монастырь.
Но царь не мог успокоиться. Зимой 1569 г. опричное войско двинулось походом на Новгород. Дорога проходила через Тверь. 23 декабря 1569 г. в тверской Отрочь монастырь к узнику Филиппу приехал сподвижник царя Малюта Скуратов и передал требование царя — благословить поход. Филипп отказался. Тогда Малюта в гневе задушил узника подушкой. Монастырским насельникам было объявлено, что Филипп скончался от чрезвычайного угара. Случилось это 23 декабря 1569 г.
В 1591 г., при царе Федоре Иоанновиче, сыне Ивана Грозного, мощи святого Филиппа перенесли в Соловецкий монастырь, а в 1652 году — в Москву в Успенский собор. С той поры Русская Православная Церковь почитает святителя Филиппа как святого подвижника. Дни церковной памяти установлены на 9 (22) января, 3 (16) июля, а также 5 (18) октября совместно со святителями Московскими Петром, Алексием, Ионой и Гермогеном.
Первым Святейшим патриархом Московским и всея Руси стал Иов (в миру Иван) (ум. 1607). Он родился в городе Старице на Волге, около 1553 г. принял монашество в Старицком Успенском монастыре. В 1569 г. по распоряжению Ивана Грозного Иов был произведен в настоятели Старицкого Успенского монастыря. В 1571 г. Иов был назначен архимандритом Симонова монастыря в Москве, а в 1575 г. возглавил Новоспасский монастырь. Пребывая в Москве, он завоевал расположение царя Ивана IV Грозного, которого часто сопровождал в поездках по монастырям. В 1581 г. стал епископом Коломенским.
В царствование Федора Ивановича, в январе 1586 г. Иов был назначен архиепископом Ростовским, а вскоре был избран митрополитом Московским и всея Руси. В эти годы он стал пользоваться покровительством и поддержкой Бориса Годунова и вместе с Годуновым принял активное участие в подготовке введения патриаршества в России. Борис Годунов оказал давление на константинопольского патриарха Иеремию, который приехал в Москву за денежными субсидиями. 26 января 1589 г. константинопольский патриарх торжественно поставил в Иова патриархи Московские и всея Руси тогдашнего митрополита Иова. В мае 1590 г. это поставление было утверждено церковным собором в Константинополе с участием антиохийского и иерусалимского патриархов, многих митрополитов, архиепископов и епископов. Утвержденная грамота отводила русскому патриарху последнее, пятое место в иерархии глав автокефальных Православных Церквей. Учреждение патриаршества значительно повысило авторитет Русской Православной Церкви.
Став патриархом, Иов провел епархиальную реформу: в России было создано четыре митрополии (Новгородская, Ростовская, Казанская и Крутицкая) и семь новых епископий. При Иове был канонизирован Василий Блаженный и установлен праздник в честь трех московских святителей, митрополитов Петра, Алексия и Ионы (в 1595 г.), праздники в честь Собора Казанских святых. Иов заботился о распространении христианства в Грузии, Сибири, Казани, Корельской области.
В Смутное время патриарх Иов поддерживал Бориса Годунова. При появлении самозванца Лжедмитрия I, святитель рассылал грамоты, в которых призывал людей сохранять верность царю Борису. После смерти Б.Ф. Годунова, организовал присягу его сыну царю Федору Борисовичу. Но когда Лжедмитрий I в 1605 г. укрепился в Москве, то по распоряжению Лжедмитрия Иова лишили патриаршества. Во время богослужения в Успенский собор ворвалась толпа вооруженных людей, которые схватили патриарха, сорвали с него ризы, одели в черную рясу и отвезли в Старицкий монастырь. Там же он и умер в 1607 г. В 1652 г. царь Алексей Михайлович распорядился перевезти тело Иова в Москву и поставить в Успенском соборе. В 1989 г. Иов был канонизирован. Дни памяти: 5 (18) апреля и 19 июня (2 июля).
О времени и месте рождения будущего Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Гермогена (ок. 1530–1612) сохранились скудные и даже противоречивые сведения. Скорее всего, родился он около 1530 г. При крещении младенца назвали Ермолаем. Местом рождения точно неизвестно — кто-то считал, что святитель родился в Казани, другие говорили, что он родом из донских казаков. Столь же неясным остается его происхождение. Одни возводят его к боярам Шуйским, которые сами происходили из рода Рюриковичей. Другие связывают его с боярами Голицыными, восходящими к литовскому княжескому роду Гедиминовичей. А третьи, наоборот, были убеждены в том, что святитель Гермоген был незнатного происхождения — простым донским казаком.
Первые точные сведения о будущем Патриархе относятся только к 1579 г. В то время Ермолаю было уже 50 лет, он жил в Казани и был приходским священником церкви Святого Николая в Гостином Дворе. В том 1579 г. с именем священника Ермолая оказалось связано одно из выдающихся чудес в русской истории — обретение чудотворной Казанской иконы Божией Матери. Первым из священников, кто принял икону в свои руки, был отец Ермолай. Именно он показал икону собравшемуся народу и торжественно, во главе крестного хода, перенес ее в церковь Святого Николая. И уже в ходе этого шествия свершились первые чудесные исцеления от иконы. После молебна икону перенесли в Казанский Благовещенский собор, а священнику Ермолаю было поручено следить за торжествами в честь обретения чудотворного образа. А вскоре Ермолай составил краткое “Сказание о явлении чудотворной иконы и о чудесах от нее”, которое отослали в Москву к самому царю Ивану IV Васильевичу Грозному.
В 1587 г. в Чудовом монастыре в Москве священник Ермолай принял монашество под именем Гермогена (в церковном написании — Ермоген). Вскоре получил сан игумена, затем был возведен в архимандриты и стал настоятелем Казанского Спасо-Преображенского монастыря. Но прошло менее двух лет, и 13 мая 1589 г. Гермоген был возведен в сан митрополита Казанского и Астраханского.
Семнадцать лет возглавлял митрополит Гермоген доверенную ему епархию. По его указанию возводились новые храмы и монастыри, заново украшались старинные храмы и обители. Многие татары, населявшие казанские земли приняли христианство, и митрополит Гермоген всячески поддерживал их в новой вере, помогал укрепиться в православной жизни. Защищал святитель православных жителей и от угнетения иноверными. Так, по его распоряжению татарам-мусульманам и немцам-лютеранам, которых в то время было много в Казани, было запрещено брать православных в услужение.
Не меньшее внимание уделял митрополит Гермоген прославлению местных казанских святых. Он понимал, что без примеров святости невозможно устроить истинную православную жизнь в своей епархии. Поэтому по его инициативе начинается почитание казанских чудотворцев, святых и мучеников — святителей Германа и Гурия Казанских, Варсонофия Тверского, Иоанна нового, Стефана и Петра. Казанский митрополит обратился к Патриарху Московскому и всея Руси Иову с просьбой об установлении общецерковного поминовения казанских святых и получил согласие. Сам же митрополит Гермоген написал Житие прославленных казанских чудотворцев.
А в Российском государстве на рубеже XVI–XVII вв. история шла своим чередом. В 1598 г. умер царь Федор Иванович — сын царя Ивана Грозного. У Федора Ивановича не осталось детей, поэтому династия Рюриковичей прервалась, а на престол был избран новый царь — боярин Борис Годунов. Но процарствовал он недолго, да и правление его было несчастливым. В 1601–1603 гг. Россию поразил страшный голод — люди умирали десятками тысяч. Как ни старался Борис Годунов, но победить природные катаклизмы он не мог.
И все больше и больше российских жителей начали верить, что голод и мор — это Божия кара. Господь наказал так Россию за то, что на престоле оказался “неистинный” царь, т.е. выходец не из царского рода, самовольно захвативший царский трон.
И в эти годы в Польше объявился человек, назвавшийся именем царевича Дмитрия. Дело в том, что царевич Дмитрий был последним, младшим сыном царя Ивана Грозного. И вот, спустя десять лет в Польше объявляется царевич Дмитрий — живой, чудом спасенный. Это потом стало известно, что под именем царевича выступал самозванец — Григорий Отрепьев. Это уже потом его стали называть Лжедмитрием. Но тогда очень многие, недовольные правлением Бориса Годунова, поверили в то, что царевич Дмитрий был чудом спасен и теперь является законным наследником русского престола. И когда Лжедмитрий при помощи поляков с войском пересек русские границы, то под его знамена встало немало русских жителей. В России наступило Смутное время…
Царь Борис Годунов пытался воевать с Лжедмитрием, но в 1605 г. он неожиданно умер. К Лжедмитрию переметнулись большинство бояр и он был с почетом введен в Москву. А здесь уже вскоре его возведи на царский престол. В историю он вошел под именем Лжедмитрия I. И только патриарх Иов выступил против нового самозванного царя, за что и был сведен в патриаршества и сослан в монастырь.
Казанский митрополит Гермоген в то время был далеко от Москвы. Но после воцарения Лжедмитрия I его призвали в столицу — Самозванец пожаловал Гермогену звание сенатора. Казалось бы, митрополит Гермоген был обласкан новым царем. Однако святителя не прельщала мирская слава и он возвысил свой голос против Самозванца. Более всего митрополита Гермогена возмущало открытое пренебрежение православной верой и православными обычаями, которое выказывали сам Лжедмитрий и его приближенные. Когда весной 1606 г. Лжедмитрий венчался с полячкой Мариной Мнишек, святитель потребовал, чтобы Марина, которая была католичкой, приняла православие, ибо не может русский престол занимать царица-католичка. В ответ Лжедмитрий повелел сослать митрополита в Казань и заключить в монастырь.