Предчувствие приближающейся военной грозы на ББК ощущалось особенно. На объектах канала появляется грозный приказ о состоянии служебной дисциплины и соблюдении бдительности. Женщины изучали на курсах средства химзащиты, учились оказывать медицинскую помощь.
С 1 июля 1941 года, на основании указа НКВД СССР, началась эвакуация заключённых, работавших в системе ББК. В числе первых подлежали звакуации "наиболее опасные элементы": осуждённые за контрреволюционную деятельность, иностранные подданные, а также "лица определённых национальностей" (немцы, финны и др.). Водным и железнодорожным транспортом было вывезено 24 880 заключённых в Архангельскую, Вологодскую, Кировскую, Ярославскую и другие области.
Навигация 1941 года была сложной, со стороны финской границы постоянно летали самолеты. Противник хорошо знал об этой искусственной водной магистрали. 28 июня первая бомба упала на шлюз номер шесть. Налеты совершались и на другие гидросооружения. Всего в июне 1941 года было 5 бомбёжек канала.1941 год, 28 августа неприятелем была предпринята последняя (пятая) в навигацию 1941 года бомбежка. Атакован шлюз № 7. Никаких повреждений не обнаружено.
В августе 1941 года Управление ББК и техучастков было эвакуировано в Беломорск, на шлюз № 19. Из 800 работников на канале остались 80. Остальные — в эвакуации.
После сдачи Петрозаводска наши войска отходили на север. В конце октября 1941 года было принято решение об эвакуации в Беломорск Повенецкого судоремонтного завода. К тому времени это предприятие из полукустарных мастерских выросло в современное, хорошо оснащенное производство. Основное оборудование завода демонтировали и погрузили на суда. Материалами и всем необходимым для работы на новом месте загрузили баржи. Вместе с оборудованием из Повенца в Беломорск отправлялись рабочие и специалисты. Кроме того, в караван были включены баржи с работниками заводского отдела рабочего снабжения, специалистами медицинской службы, среди них была Т.Н. Новикова. Сопровождали их буксирные пароходы. Начальником каравана был назначен директор завода И. Ш. Файзулин.
В ноябре караван пассажирских судов с эвакуированными семьями водников Повенца и жителями окрестных деревень, а также оборудованием вмерз в лед Выгозера. Вспоминает внучка Т. Новиковой Т. Соколова: “Бабушка часто рассказывала нам, что караван отправили, когда уже канал затягивало льдом. Шлюзование шло с большим трудом. Ворота и механизмы замерзали. Лед мешал работе ручных лебедок. Тем не менее, караван пробился до поселка Сосновец и встал у шлюза номер пятнадцать. Пройти к Белому морю не удалось, но рабочие не сидели, сложа руки. Они смастерили дизель, генератор и сделали освещение. Подключили станки, и начали выпуск деталей ручных гранат. Таким образом, судно превратилось в плавучую завод-мастерскую. Позже был выделен ледокол и часть каравана удалось довести до Беломорска". Здесь завод стал работать на полную мощность. Рабочие и специалисты Повенецкого судоремонтного завода выпускали мины для минометов, пулеметы и пистолеты. Ровно год повенчане работали под Беломорском. Учетом всех работ и финансами ведала Т.Н. Новикова. В 1942 году плавзавод перевели из Карелии в Великий Устюг, а Таисия Николаевна осталась с детьми в п. Водников. Работала бухгалтером материальной части управления БОПа.
«Бабушка вспоминала, – говорит её внучка Т. Соколова, – что в годы войны жили они в землянках, которые находились на месте, где сейчас проходная морского порта. Потом их переселили в бараки, и только в 50-х годах семья получила квартиру. Всю жизнь бабушка была требовательной и честной. За свою работу в годы войны награждена медалью «За доблестный труд в ВОВ». О своей судьбе она никому не рассказывала. Мужа, за которым приехала на канал, так и не встретила. Когда мы ее спрашивали о дедушке, она говорила, что получила весточку о том, что он погиб на Дальнем Востоке в день Победы. Документов о его гибели мы не видели. Только после смерти бабушки нашли в ее сумке старинные фотографии, выписку из метрической книги за 1904 год, а также свидетельство 1917 года об окончании ею городского училища, тогда-то и поняли, что в жизни нашей бабушки было много интересного, неведомого нам. Но то, что свою судьбу она связала с каналом, – это точно».
В эвакуации судоремонтного завода из Повенца принимал участие и житель Беломорска И.Г. Сверчков. В 1933 году, ещё подростком, он начал свою работу на судах кочегаром, позже стал механиком на пароходе «Карл Маркс». В интервью газете «Водник Карелии» Иван Григорьевич подробно рассказал, как в сентябре 1941 года караваны судов, на которых было погружено оборудование завода, взяли курс на Беломорск. С большим трудом, под бомбежками, суда продвигались вперед, несмотря на то, что канал уже был покрыт льдом. «Мы должны были забрать в деревнях людей для эвакуации, – вспоминал ветеран. – А на Выгозере лед уже достигал 20 см. По одной майне шли пароходы «Карл Маркс», «Пятилетка», «А. Жданов», «Сакко и Ванцетти», «Северная коммуна» и два катера. В Выгозере стало ясно: дальнейшее продвижение невозможно. Всех пассажиров и часть судовых команд вывезли в Сегежу. Лишь одиннадцать человек, среди них и И.Г. Сверчков, остались охранять государственное добро. Дрова приходилось доставлять с берега, который находился в 20-ти км. Трудно было и с продовольствием. Позже пароход «Карл Маркс» был передан в распоряжение военных, он доставлял на фронт продукты, боеприпасы, перевозил раненых. Победный май 1945 года Иван Григорьевич встретил в Беломорске, в это время он работал в ремонтных мастерских.
В ночь с 12 на 13 ноября вмерз в лед Заонежского залива в районе Мегострова и был захвачен частями финской армии ещё один караван судов. Капитан парохода «Металлист» Егор Иванович Заонегин до конца исполнил свой профессиональный долг. Он уничтожил судовое имущество и документы и был расстрелян.
5 декабря 1941 года частями финской армии был захвачен Медвежьегорск. 6 - 11 декабря проходили ожесточённые бои в районе шлюзов № 1 - 7 ББК.
7 декабря по решению руководства Карельского фронта был реализован план вывода из эксплуатации гидросооружений ББК: было взорвано 7 шлюзов Повенчанской лестницы, из большинства бьефов южного склона воду сбросили в направлении Онежского озера для затопления местности, прилегающей к каналу. Финские войска были остановлены на линии канала до июня 1944 года.
Почти три года южный склон преграждал путь врагу на восток, а северный действовал непрерывно. По шлюзованной трассе везли боеприпасы и вооружение, войска и продовольствие.
В годы Великой Отечественной войны канал, как стратегически важная транспортная артерия, подвергся разрушениям.
Уже 3 марта 1942 года Коллегия Наркомречфлота СССР приняла решение о начале подготовки к восстановлению ББК,.а в мае 1944 года Управление пути канала разработало первый план его реконструкции.
22 июня 1944 года финские войска были изгнаны из Повенца и с южного склона канала. Стало возможным оценить нанесённый войной ущерб и приступить к восстановительным работам. 6 сентября 1944 года был подписан «Акт об ущербе, причиненном немецко-фашистскими захватчиками и их сообщниками Управлению пути Беломорско-Балтийского канала имени тов. Сталина».
Полностью или частично были разрушены сооружения семи гидроузлов, в том числе 7 шлюзов, 4 водоспуска, 1 плотина, 4 дамбы, а также шлюзовые поселки, жилые дома управления, военный городок в Повенце, маяки и береговые обстановочные знаки, оставшиеся на территории, занятой противником. Общая сумма затрат на восстановление определена в 92 млн. 650 тыс. 210 рублей.
В октябре 1944 года в Медвежьегорск прибыла первая группа руководителей и специалистов Беломорстроя МВД СССР под руководством инженера-полковника В. П. Бусыгина, которому правительством были поручены работы по восстановлению южного склона канала.
В мае 1945 года на южном склоне канала начались полномасштабные восстановительные работы. Восстановление было завершено 28 июля1946 года. Затраты составили 77 млн. 780 тыс. 489 руб. 69 коп. Официально было открыто сквозное судоходство на всем протяжении ББК. И. В. Сталина послал в честь завершения восстановительных работ приветственную телеграмму в адрес строителей Беломорстроя.
В память о погибших защитниках канала у шлюза № 9 установлен памятники скорби, который заботливо охраняют работники гидроузла.
22 августа 1946 года Управление пути ББК переехало со шлюза № 19, где располагалось во время войны, в Медвежьегорск и разместилось в зданиях, переданных Беломорстроем.
18 ноября 1947 года техучасток Беломорстроя МВД СССР, занимавшийся эксплуатацией гидроузлов южного склона канала после их восстановления, был ликвидирован. Эксплуатация ББК на всем его протяжении вновь полностью была возложена на Управление пути каната.
В 1950-х годах, после того, как 2 февраля 1950 года было принято Постановление Совета Министров РСФСР о капитальном ремонте и реконструкции гидросооружений ББК, начались работы по постепенной электрификации сооружений и механизмов канала. На канале была создана первая собственная строительная организация — Ремстройконтора под руководством Н.П. Иванова.
10 августа 1952 года канал сменил название. Бассейновое Управление пути ББК имени Сталина стало именоваться Управлением ББК имени Сталина.
В 1953 году в штат гидроузлов были включены электрики, На ББК начались работы по переводу механизмов на электрический привод.
На Первой конференция по эксплуатации гидротехнических сооружений Минречфлота СССР, проходившей 2—6 февраля 1954 года в г. Калач, работа эксплуатационников ББК за первые 20 лет получила высокую оценку.
К 1957 году в основном были завершены работы по электрификации гидроузлов на северном склоне канала, а в 1959 году все береговые и плавучие обстановочные огни были переведены на электропитание. С этого года на ББК больше нет бакенщиков.