Еще большее значение имели преобразования органов центрального управления. Все важные законы 1802 — 1812 гг. (а позже, при Николае I) составлялись или редактировались М. М. Сперанским. Выходец из семьи бедного сельского священника Владимирской губернии, Сперанский, благодаря своему выдающемуся уму, энергии и необычайной работоспособности, быстро сделал блестящую служебную карьеру. Все современники Сперанского и впоследствии историки отмечали, что никто не мог с таким блеском и строгой логикой составить доклад, проект закона. Он оказался наиболее подходящей кандидатурой для разработки преобразований, которые в новых условиях, не меняя основ феодально-абсолютистского строя, могли бы придать российскому самодержавию внешние формы конституционной монархии. В конце 1808 г. Александр I поручил Сперанскому разработку плана государственного преобразования России, и к октябрю 1809 г. проект под названием “Введение к уложению государственных законов” был им представлен царю
В своем проекте Сперанский теоретически оправдывает и закрепляет неравенство сословий, привилегии дворянства и отсутствие политических и гражданских прав у “народа рабочего”, куда им зачислялись помещичьи крестьяне, рабочие по найму и домашние слуги. В “среднее состояние” включались свободные, но непривилегированные сословия (купцы, мещане, государственные крестьяне), которым предоставлялись “гражданские”, личные и по имуществу, но не политические (участие в управлении) права. Проект проводил принцип “разделения властей” — законодательной, исполнительной и судебной, при независимости судебной власти и ответственности исполнительной перед законодательной. Эта система давала доступ к управлению страной дворянству и верхам нарождающейся буржуазии, нисколько не нарушая абсолютной власти царя.
Александр I признал проект “удовлетворительным и полезным”, однако проведение его в жизнь встретило сильное противодействие со стороны высших сановников, считавших его слишком радикальным и “опасным”, и дело свелось к учреждению в 1810 г. Государственного совета — законосовещательного органа при императоре. Новый орган, централизуя законодательное дело, обеспечивал единообразие юридических норм, предотвращая появление противоречий в законодательных актах, но сама законодательная инициатива и окончательное утверждение законов оставались всецело прерогативой царя. Члены Государственного совета не избирались, а назначались императором Сперанский получил важную должность государственного секретаря — начальника канцелярии Государственного совета.
1807 — 1812гг. — вершина карьеры Сперанского: он занимал посты товарища (заместителя) министра юстиции, директора Комиссии составления законов и Комиссии финляндских дел, ведал подготовкой и проведением финансовых реформ.
В 1811 г. было обнародовано подготовленное Сперанским “Общее учреждение министерств”, которое увенчало министерскую реформу, начатую в 1802 г., когда старые петровские коллегии были заменены новой европейской формой высшей исполнительной власти — министерствами. Теперь дела по каждому ведомству решались не “коллегией” во главе с ее президентом, а единолично министром, ответственным только перед императором. Если первоначально, по положению 1802 г., структура и функции министерств еще не были четко определены, то новый закон 1811 г. строго разграничивал компетенцию министерств, увеличивал их численность (с 8 до 12), устанавливал принцип единоначалия и регламентировал взаимоотношения министерств с другими органами высшего государственного управления — Сенатом, Комитетом министров и Государственным советом. Реорганизованное таким образом при Александре I центральное управление просуществовало, с небольшими изменениями, вплоть до 1917 года.
Преобразовательная деятельность Сперанского вызвала недовольство в реакционных придворных кругах; вокруг него плелись интриги. До Александра I доходили слухи, муссируемые придворной средой, о “неблаговидных” отзывах о нем Сперанского. Самолюбивый император почувствовал себя оскорбленным, но не подавал виду; более того, стал демонстративно оказывать Сперанскому знаки своей “благосклонности”, а это, как знали по собственному опыту придворные, служило верным признаком приближавшейся опалы. 1 января 1812 г. тот был удостоен ордена Александра Невского. А 17 марта 1812 г. он был вызван на аудиенцию к императору. После двухчасового конфиденциального разговора Сперанский вышел из кабинета императора “в великом смущении”. Дома он застал министра полиции А. Д. Балашова с помощником, которые опечатывали его бумаги. У дома уже стоял возок для отправки Сперанского в ссылку. Сначала его отправили в Нижний Новгород, но затем по новому доносу перевели в более далекую ссылку — в Пермь.
Падение Сперанского вызвало в придворных кругах бурю восторга. Некоторые даже удивлялись “милосердию” царя, не казнившего этого “преступника, изменника и предателя”. Уверяли, что “этот изверг хотел возжечь бунт во всей России, дать вольность крестьянам и оружие для истребления дворян”. Разумеется, все это было чистейшим вздором. Сам Александр I был убежден в невиновности ссыльного, но решил принести его в жертву, чтобы погасить растущее недовольство дворянства. Сперанский считал, что “первой и единственной” причиной его опалы явился слишком смелый план преобразований.
На следующий день после удаления Сперанского Александр говорил А. Н. Голицыну: “Если бы у тебя отсекли руку, ты наверно кричал бы и жаловался, что тебе больно; у меня прошлой ночью отняли Сперанского, а он был моею правою рукою!” Как вспоминал Голицын, “все это было сказано со слезами на глазах”. Позже графу К. В. Нессельроде Александр объяснял: “Обстоятельства заставили меня принести эту жертву общественному мнению”. Через четыре года Сперанский был “прощен”, назначен сначала пензенским губернатором, а в 1819 г. — генерал-губернатором Сибири, где провел ряд административных реформ. В 1822 г. он был возвращен в Петербург, назначен членом Государственного совета, получил значительные земельные пожалования. Николай I сначала относился с подозрением к Сперанскому за его “былые либеральные увлечения” и за “связи” с декабристами, но после “нашел в нем верного и исполнительного слугу”. Сперанский был введен в состав Верховного уголовного суда над декабристами, в котором играл видную роль, провел кодификацию законов Российской империи, за что был возведен в графское достоинство.
Начало XIX века в Европе было ознаменовано полосой наполеоновских войн, в которые были вовлечены все европейские страны и народы, в том числе и Россия. В 1803 г. началась подготовка Наполеона к вторжению в Англию. Британское правительство энергично сколачивало новую европейскую коалицию против Франции, чем помогли и вызывающие действия самого Наполеона. По его приказу в 1804 г. в Бадене был схвачен и затем расстрелян принадлежавший к французскому королевскому дому герцог Энгиенский, подозревавшийся в заговоре против Наполеона. Это событие вызвало взрыв негодования всех европейских монархов, однако лишь Александр I заявил официальный протест. В Петербурге был демонстративно объявлен траур, а Наполеону направлена нота протеста против “пролития венценосной крови”. Наполеон ответил вызывающим посланием, в котором говорилось, что и в самой России была пролита “венценосная кровь”, и пусть Александр I позаботится схватить и наказать убийц своего отца. Это было прозрачное и публичное обвинение самого Александра.
Военные действия против Франции протекали неудачно для коалиции, в которую входили Англия, Австрия и Россия. После поражения союзных войск при Аустерлице 2 декабря 1805 г. Австрия капитулировала и заключила унизительный мир с Наполеоном. Русские войска были отведены в пределы России, а в Париже начались русско-французские переговоры о мире. 8 июля 1806 г. был заключен мирный договор между Россией и Францией, однако Александр I отказался его ратифицировать, и Россия формально продолжала оставаться в состоянии войны с Францией. Летом 1806 г. Наполеон захватил Голландию и западногерманские княжества. Осенью образовалась четвертая по счету коалиция против Франции (Пруссия, Англия, Швеция и Россия), однако воевать пришлось только Пруссии и России. В начале октября 1806 г. прусские войска в двух сражениях подверглись полному разгрому. Прусский король Фридрих-Вильгельм III бежал к границам России. Почти вся Пруссия была оккупирована французскими войсками. Русской армии пришлось одной в течение последующих семи месяцев вести упорную борьбу против превосходящих сил французов.
Наполеону удалось оттеснить русские войска к Неману, но и французская армия понесла столь значительные потери, что Наполеон не решился тогда войти в пределы России. 25 июня (7 июля) 1807 г. в Тильзите между Россией и Францией были заключены мирный и союзный договоры. По настоянию Александра I Наполеон согласился сохранить самостоятельность Пруссии, хотя территория ее была сокращена наполовину. Неблагоприятные для России условия Тильзитского мира и союзного договора вовлекали ее в фарватер политики Наполеона, ограничивали самостоятельность Александра I в международных делах, вели к внешнеполитической изоляции. Особенно тяжелые последствия вызвало присоединение в 1808 г. России к континентальной блокаде Англии, что причинило существенный ущерб экономике страны, поскольку Англия была ее главным торговым партнером.