Территория Азербайджана относилась к Закавказью и вплоть до XIX в. оставалась объектом борьбы между османскими султанами и шахами Ирана. Закавказский регион и его отдельные области то и дело переходили из рук в руки с огромным материальным ущербом и людскими потерями для народов, на территории которых велись военные действия. Вместе с тем и в обстановке иноземного ига, особенно тяжелого для христиан, продолжалась экономическая жизнь, шли политические процессы и даже возникали новые государственные образования, нередко — при поддержке завоевателей, старавшихся использовать силы кавказских правителей друг против друга. Многовековое пребывание под влиянием культурной, политической и хозяйственной практики завоевателей оставило свои следы в жизни Кавказа, в языке, литературе и нравах кавказцев, в применявшихся ими методах решения политических и экономических проблем, в нормах поведения, художественных вкусах и т. п. При этом народы Закавказья сумели в целом сохранить свою самобытность, за отстаивание которой им приходилось подчас платить весьма дорогую цену.
Хотя все страны Кавказа и, тем более, Закавказья развивались, взаимодействуя и пребывая в тесном контакте друг с другом, все же история каждой из них имеет свою неповторимую специфику.
В истории Азербайджана огромную роль сыграло образование в начале XVI в. государства Сефевидов. Его основал шах Исмаил I (1502—1524), который подчинил себе значительную часть Азербайджана и основную часть Ирана. Примерно через полвека, после присоединения Ширвана, Шеки и иных земель Сефевиды владели уже всем Азербайджаном. При этом в первый период существования этого государства главенствующее место в нем занимала азербайджанская знать:
азербайджанцами были 69 из 74 эмиров державы Сефевидов. Их армия набиралась в основном из азербайджанцев. При дворе, в войсках и даже в дипломатической переписке использовался азербайджанский язык. Столицей первых Сефевидов стал Тебриз — центр иранского Азербайджана. Это объяснялось тем, что сами Сефевиды по происхождению были тюрками из северного Ирана и стремились приблизить к себе тех, кто был близок им по языку и культуре, но не имел шансов на власть в преимущественно иранской державе. Кроме того, Сефевиды опасались верхушки кызылбашей («красноголовых»), т. е. семи ирано-тюркских племен, составивших основу созданного еще в XIV в. суфийского братства Сефевийе и носивших, как знак отличия, чалму с двенадцатью пурпурными полосами. Кызылбаши привели Сефевидов к власти и считали себя «солью земли» в их державе. Впрочем, немало кызылба-шей было и на Кавказе, и особенно в Малой Азии. На их поддержку и рассчитывал шах Исмаил в борьбе с неудержимо расширявшейся Османской империей.
Отношения с Османской империей были осложнены по многим (политическим, историческим и иным) причинам, но особенно обострились после традиционного для шиитов указа Исмаила с проклятием первых трех («праведных» для суннитов, каковыми были османы) халифов — Абу Бекра, Омара и Османа. В 1507 г. Исмаил занял Армению и Курдистан, в 1508 г. — Ирак. Однако поддержанные им восстания шиитов Малой Азии в 1508 г. и 1511 г. были подавлены османами. Новый султан османов Селим I Явуз (Грозный), вырезав более 40 тыс. врагов, устранил кызылбашей и двинул против Исмаила 200-тысячную армию. В битве у Чалдырана в августе 1514 г. Селим разбил войска шаха и даже захватил его золотой трон, до наших дней хранящийся в музее Топкапы в Стамбуле. В результате этого поражения Исмаил потерял север Ирака и Тебриз (вскоре, однако, оставленный Селимом, отправившимся завоевывать Сирию и Египет). Исмаил продолжал потом воевать в Средней Азии и Грузии, но остерегался османов. Этот искусный правитель был незаурядным человеком, даже поэтом, но не получил образования и не знал жалости, был мстителен. Так, находясь в Ширване и Дагестане, он приказал убить всех, кто воевал с его отцом, эмиром Хайдаром, убитым в 1492 г. на Кавказе. После взятия им Баку в 1501 г. из голов убитых сооружались минареты.
Исмаил умер в 1524 г. в возрасте 37 лет. Его преемник Тахмасп I(1524—1576) был игрушкой в руках кызылбашей и фактически проиграл османам борьбу за Кавказ (а узбекам — за Среднюю Азию). Османский султан Сулейман Кануни, т. е. «Законодатель» (1520—1566), прозванный в Европе «Великолепным», после успехов своей армии в Европе повел с 1533 г. наступление на Сефевидов, опираясь при этом на помощь крымского хана и на ставших вассалами Стамбула северокавказских черкесов и властителей Дагестана. Против шаха восстал даже его брат — наместник Ширвана, перешедший на сторону османов. По соглашению 1555 г. шах уступил османам Западную Армению и Ирак. Впрочем, оставшимися у него землями правил не он, а наместники из кызылбашей. Тахмасп так боялся Сулеймана, что выдал ему в 1559 г. бежавшего к персам сына султана Баязида. Единственной удачной акцией во внешней политики шаха была помощь Ху-маюну, императору из династии Великих Моголов, власть которого в Индии была восстановлена с его помощью. До своей смерти шах еще успел ликвидировать автономию княжества Шеки в Азербайджане и подавить мощное восстание 1571— 1573 гг. в Тебризе, который Тахмасп лишил статуса столицы.
Наследники Тахмаспа оказались еще менее дееспособными. Начавшейся смутой воспользовались османы. Еще в 1510 г. они вторглись в Имерети. Но в 1578 г. они совместно с татарами Крыма захватили все Закавказье. Приступивший к возрождению государства Сефевидов молодой шах Аббас I (1587—1629), не сумев договориться с Москвой о союзе против Стамбула, вынужден был в 1590 г. уступить османам весь Кавказ, включая Азербайджан, а также — Курдистан и часть Ирана. После этого шах начал истребление кызылбашских эмиров (из 114 уцелело лишь около 30), не без основания видя причину поражений Сефевидов в анархии и сепаратизме эмиров. Лишь лично преданные шаху среди них сохранили высокие посты. Но осуществленная шахом «иранизация» армии и госаппарата (наряду с переносом столицы в Исфаган — иранскую «глубинку») лишала Азербайджан, за который Аббас повел в дальнейшем упорную борьбу, статуса своеобразной «привилегированности» и превращала его в одну из окраин Ирана.
Несмотря на военно-политическую нестабильность, XVI в. был для Азербайджана временем экономического подъема: была восстановлена разрушенная монголами еще в XIII в. ирригационная сеть, отменена «тамга» (взимавшаяся в пользу монголов подать), вновь стали обрабатываться земли, превращенные монголами и другими кочевниками в пастбища. Значительно выросла роль торговли и ремесел, а также — городов, таких как Тебриз, Шемаха, Баку, Ардебиль, Джульфа, завязались коммерческие связи с Малой Азией, Россией, Индией, даже с Англией, Францией и Италией. В городах Азербайджана, наряду с местными купцами, активно торговали также армянские, грузинские, иранские и индийские купцы, а также — европейские коммерсанты. Однако этот подъем прекратился уже к концу XVI в. и сменился в 1602—1639 гг. полным упадком в новый период ожесточенных османо-иранских войн, в значительной мере проходивших на землях Кавказа и опустошивших их как никогда. К тому же и местные кавказские феодалы (особенно правители Дербента и Шемахи) вступали в эти войны, вплетая в них собственные междоусобицы и претензии.
Возвращение под власть Ирана в 1639 г. для Азербайджана было безрадостным. Вследствие «иранизации» государства Сефевидов отношение к Азербайджану изменилось. Азербайджанцы, превратившись в один из этносов, подчиненных Ирану, стали рассматривать как иноземное господство шахской бюрократии и знати Исфагана, в основном теперь набиравшейся из племен курдов, луров, а также — шахских гулямов (гвардейцев), преимущественно принявших ислам грузин, армян и других наемников. Вместе с тем и почти сорокалетнее господство османов в стране сопровождалось усилением гнета, ростом налогов, в связи с тем, что Стамбул вел бесконечные войны, и захватом местных земель иностранными феодалами. Не случайно в это время появляется известный народный герой Кёр-оглы, выступавший и против иноземных, и против местных угнетателей.
Помимо национального угнетения, коренные жители страны стали в большей степени ощущать и экономический гнет. В XIV—XVI вв. в Азербайджане были распространены различные формы условных земельных пожалований — Союргаль, тиуль, икта — во владении местных и иностранных (иранских, османских и других) феодалов. Однако все эти формы владения не гарантировали права собственности и шах мог отобрать их под тем или иным предлогом в любой момент. Поэтому владельцы, получив землю, стремились выжать из нее и живших на ней крестьян все, что можно и в наиболее короткие сроки. Наследственная форма собственности (мульк) была распространена мало, а коллективные земли в пользовании деревенских общин (джамаатов) все время сокращались, к тому же преимущественно за их счет при Сефевидах резко возросло количество земель государственный казны (дивани) и членов шахской семьи (хассэ), доходы с которых также шли в личную казну шаха. Шах Аббас I и его преемники стали отбирать у племен, чем-либо им не угодивших, земли «дивани», превращая их в земли «хассэ». Однако эта система, вначале существенно обогащавшая государство, уже к середине XVII в. пришла в упадок из-за чудовищных хищений и коррупции, самоуправства и расточительства чиновников, наживавшихся на «управлении» землями «хассэ» (как и «дивани»).
Разложение социального строя и госаппарата державы Сефевидов началось уже при первых преемниках Аббаса I. Это были, как на подбор, ограниченные, слабые и безвольные правители, находившиеся под влиянием евнухов гарема, своих фаворитов (в том числе — кавказского происхождения), личной охраны и личных «дурных» пристрастий. Прекратив войны с османами, они ввязывались в другие, одновременно растрачивая казну на собственные удовольствия, несмотря на сокращение доходов, упадок систем орошения и т. п.