Последнее каменное здание второго периода строительства — церковь Якова Боровичского — появилось в 1702 году на месте сгоревшей в 1700 году деревянной церкви.
Кирпичное здание церкви Якова Боровичского поднялось в северо-восточной части монастыря на красивом месте — на “горке”. С его постройкой закончилась “каменная эпопея” Иверского монастыря второй половины XVII столетия. Новая церковь с больницей и трапезной представляла собой небольшую постройку длиной 36,5 метра и шириной 12 метров, решенную в несложных формах. Ее боковые стены поставлены так, что объем церкви почти но выделяется из объема трапезной. К тому же их карнизы находятся почти на одном уровне, а перестроенная в позднейшее время крыша сравняла обе части здания.
Как почти все постройки Иверского монастыря, этот памятник подвергался неоднократным перестройкам. Вначале объем трапезной и больницы был, вероятно, одноэтажным и представлял собой вытянутую с запада на восток сводчатую одностолпную палату. Вскоре был надстроен второй этаж несколько иных форм. Этажи соединяла узкая внутри-стенная лестница да северной стороне. Квадратное в плане помещение церкви в продольном направлении перекрывал коробовый свод, что в какой-то мере определяло и первоначальную форму крыши. Она, по-видимому, была двухскатной, несколько приподнятой над крышей больницы. На чертеже 1823 года крыша показана общей для обоих зданий. Над невысокой полукруглой апсидой кровля была шатровой, с полицами. Отпечаток ее контуров и теперь хорошо заметен на восточной стене.
Сейчас лишь по уцелевшим наличникам окон, декоративным пояскам и некоторым другим признакам в памятнике угадывается произведение архитектуры начала XVIII столетия.
По многим характерным признакам, раскрытым большей частью в процессе ремонтных и реставрационных работ, все здания, построенные в “послениконовский” период, можно с уверенностью объединить в одну группу. Всем им присущ единый, неповторимый облик, заметно отличающийся от стиля Успенского собора. Особенно близки друг к другу по архитектурным деталям колокольня с Наместническим корпусом, Настоятельский корпус, надвратная церковь Михаила Архангела, Михайловская башня и корпус казначейских келий. Это сходство выражается прежде всего в излюбленной композиции фасадов, построенной на контрасте обширной глади стены и богатого декоративного пояса, все элементы которого решены очень тонко и изящно.
В конце XVII — начале XVIII века снова оживилась жизнь в Иверском монастыре. У крестьян, обитавших на монастырских землях, и жителей Валдая появился новый хозяин — настоятель монастыря. Он вершил многочисленные судебные дола.
Портные, сапожники, оконничники, горшечники, мельники, Пильняки, колесники, печные мастера и кузнецы не покладая рук работали на иверских монахов. В мастерских, расположенных в окрестностях Валдая, изготавливались изразцы. В Валдае для монастырского строительства разрабатывали большие глиняные карьеры, делали кирпичи. Многие жители Валдая обслуживали различные хозяйственные постройки монастыря, возведенные в селе, — гостиный двор, таможенную избу, важню и многие другие.
С большим размахом велось строительство. Когда-то в окружении серых деревянных построек белой глыбой высилось на острове единственное каменное здание — собор Иверской богоматери. Только с 1667 по 1702 год в монастыре и Валдае было сооружено десять каменных зданий ir семь крупных деревянных построек. Над деревянной крепостью поднялся каменный ансамбль. Обогатился силуэт монастыря. Мощные массы собора, устремленные ввысь, как бы поддерживались вертикалями других зданий.
В 1712 году по указу Петра I монастырь приписали к Александро-Невской лавре в Петербурге. Туда были свезены многие монастырские ценности, среди них патриарший колокол с изображением Никона, десять медных пушек и многие другие вещи. Во владение Александро-Невской лавры также отошли все вотчины и доходы.
В 1730 году по указу императрицы Анны Иоанновны Иверскому монастырю возвратили все земли, права и льготы.
Получив независимость, Иверский монастырь вновь начал развивать строительную деятельность. Некоторые деревянные здания были заменены каменными. Отремонтированы многие сооружения. Продолжалась перестройка деревянного “города”. Восточную границу монастыря обнесли каменными стенами с крытыми переходами на арках. Сооружались каменные башни.
В первой половине XVIII столетия (до 1731 г.) в южной части монастырской территории появилось еще одно каменное здание — Братский корпус, северным торцом примкнувший к надвратной церкви Михаила Архангела. С постройкой этого здания монастырь оказался разделенным на две обособленные части — большую восточную, собственно монастырскую, и малую западную, окончательно превращенную в гостиный двор монастыря. Здесь располагались Странпоприимный корпус, гостиные и конюшенные кельи и конюшни. Монастырские власти принимали у себя духовных и светских чиновников, высшую церковную паству, богомольцев и странников.
Архитектура Братского корпуса резко отличается от предыдущих построек. Возведенный в стиле “московского”, или “нарышкинского”, барокко, с широким применением белокаменной резьбы в наличниках окон и порталов, он почти не изменен позднейшими переделками. Корпус имеет два этажа и вместительные подвалы. Почти полностью сохранились старая планировка здания, перекрытые сводами помещения, лестничные клетки, оконные и дверные проемы, в отдельных местах — плитяные полы и даже дверные полотнища. Богато украшен западный фасад здания. Упрощены лишь отдельные детали в наличниках окон.
Среди построек XVIII столетия особый интерес в архитектурно-художественном отношении представляют надвратная церковь Филиппа и каменная ограда с башнями. Церковь Филиппа, построенная между 1730 и 1764 годами, имела формы, близкие к архитектуре надвратной церкви Михаила Архангела. Она также размещалась на втором этаже, над мощными каменными воротами. По второму ярусу ее охватывали галерея и помещения, в которых находилась лестница. На восток выступала граненая апсида, с запада, над аркой въезда, имелась широкая ниша для иконы с богатым декоративным оформлением. Над крышей возвышался четверик самой церкви, переходящий в восьмерик и затем купол с восьмигранной шейкой и граненой главкой.
По проекту инженера-архитектора Савельева в 1870-х годах на месте старой разобранной постройки соорудили новую церковь в псевдорусском эклектическом стиле (проект разработан и утвержден в 1873 году).
В настоящее время эта надвратная церковь Филиппа двухэтажная, в плане — квадрат со срезанными углами, к которому с двух сторон примыкают двухэтажные крылья. В северном крыле находится лестница на второй этаж.
Южное крыло появилось в процессе строительства. В первом этаже под церковью сделаны широкие арочные ворота.
Внутреннее помещение церкви имеет в плане форму четырехконочного креста, центральная часть которого перекрыта куполом со световым барабаном, с восьмигранной позолоченной главой и крестом. Длина памятника (с запада на восток) — 11 метров, ширина и высота—около 20 метров.
Каменная ограда монастыря с башнями строилась в разное время и неоднократно переделывалась. Наиболее интересна ее юго-восточная часть. Между 1730 и 1J64 годами были возведены четыре башни. Они однотипны, построены в традициях архитектуры XVII века. Деревянные настилы разделяют их на два яруса. Простые невысокие шатры были покрыты тесом. Ограда на этих участках также двухъярусная, с крытым переходом, основанным на стене и каменной аркаде по внутреннему обводу. Во втором ярусе стен имеются щелевидные окна-бойницы.
После пожара 1825 года на башнях появились новые, более высокие шатры с восьмеричком и шпилем, покрытые железом. Они существуют и теперь.
Прясло стены между утраченной Поваренной и Квасоваренной башнями полностью перестроено. Остальные участки стен с двумя угловыми башнями на западной стороне монастыря появились позднее юго-восточной части. Они были значительно ниже, крытых переходов не имели. Небольшой участок ограды сохранился на западной стороне у северо-западной башни. Он включен в здание конюшенных келий. Остальные прясла в разное время значительно или полностью перестроены, а две башни возведены вновь в XIX веке.
В 1764 году правительство Екатерины II опубликовало манифест о секуляризации (изъятии) вотчин у монастырей, церквей и архиереев. Доходы Иверского монастыря сократились. Во второй половине XVIII столетия строительство в нем заглохло.
Предпринимались попытки заменить оставшиеся деревянные постройки каменными, но делалось это бессистемно. Пример тому — перестройка ограды. Если первые три прясла монастырской стены символично выражали идею “города”, крепости, то остальные прясла служили всего-навсего каменным монастырским забором. Маловыразительные формы и размеры стены монастырской ограды обеднили облик всего комплекса.
К началу XIX века многие постройки сильно обветшали.
Пожар 1825 года довершил разрушения. Сгорели покрытия стен и башен, церквей и собора, трапезной и корпусов, пострадали многие деревянные постройки монастырских дворов. Монастырские власти были вынуждены начать работы по перестройке и ремонту зданий, которые продолжались до 80-х годов XIX века. Следуя требованиям реакционной верхушки духовенства, новые настоятели ревностно насаждали в Иверском монастыре показное благолепие. Под видом ремонта все старые здания перестраивались по образцам царившей тогда моды. Проводились мероприятия и противоаварийного порядка, например устройство контрфорсов у колокольни, Братского корпуса и другие. В основном все строительные работы сводились к изменению планировки, надстройке дополнительных этажей, к добавлению новых незначительных пристроек и удалению с фасадов всего нарядного убранства, которое придавало зданиям неповторимый, запоминающийся образ. Под топорами и молотками новых строителей с благословения “ревнителей благочестия” погибли изразцовые “ковры” на фасадах Настоятельского корпуса, богатый убор колокольни, красивые наличники в окнах трапезной, церкви Якова Боровичского, Казначейского корпуса и других зданий. Исчезли все изразцовые печи, узорные полы, многие своды, черепичные крыши, перекраивались нарядные крыльца, огромные залы перегораживались на отдельные небольшие комнаты, закладывались оконные проемы, и вместо них прорубались новые. Здания получали стандартные покрытия, однообразные фасады.