Несмотря на сочетание разновременных стилей, в мечети представлены лучшие образцы орнаментального мусульманского искусства. Например, стуковый декор 10 в. украшает юго-восточную стену. Славятся своими мраморными михрабами медресе Тайбарсия и Акбогавия. По периметру мечети стоят пять минаретов, украшенных маленькими балконами, изящными барельефами и шестью порталами. Главными элементами композиции являются восходящие к 18 в. Баб аль-Музаййини ("Ворота цирюльников"). Название объясняется тем, что здесь перед началом занятий обычно стригли и брили студентов.
По традиции, средневековый мусульманский город в плане представлял собой замкнутые кварталы, внутри которых селились выходцы из одного места или люди одной профессии. На ночь кварталы закрывались на замок. В каждом квартале была своя мечеть. Во второй половине 11 в. вокруг городов стали возводить новые стены, расширившие их территории.
В Каире часть стен 11 в. высотой до 12, 5 м сохранилась до сих пор на северном и южном участке. Сохранившиеся ворота Баб ан-Наср (1087), Баб аль-Футух (1087) и Баб аз-Зувейла (1092) интересны не только как элементы средневековой фортификации, но и как образцы зодчества того времени. Тогда же вне города на скалистом обрыве горы Мукаттам была возведена мечеть аль-Джуюши (1085), хотя первоначально она была скитом (завийа — пристанище суфия или гробница, у которой проводят свои радения его последователи). Эта мечеть известна своим великолепным михрабом, декорированным резным стуком. Над входом возвышается минарет высотой в 20 м с восьмигранным купольным завершением. Сменившие Айюбидов мамлюкская династия уделяла городу большое внимание. Мамлюки заботились об ирригации, торговле, развитии ремесел. Строительная лихорадка охватила двор и придворные круги: строили дворцы и усыпальницы, караван-сараи и бани, школы и общественные фонтаны, лавки и постоялые дворы. При этом старые здания предпочитали сносить. Делали это безжалостно, не пытаясь сохранять историю и не соблюдая рациональной планировки города. Так, у подножья холма Яшкур сложился аристократический квартал, хотя большая часть мамлюков предпочитала жить в цитадели. Султаны Калаун и Баркук провели туда воду, разбили сады с прудами. Цитадель была значительно укреплена в 1176-1183. Высота стен достигала 10 м, а толщина 3 м.
На архитектуру того времени оказали влияние миграции с Востока и Запада, вызванные монгольским нашествием и реконкистой. Из сирийской архитектуры египтяне заимствовали сталактитовый портал полукуполом, панели из полихромного мрамора, мраморные мозаики-плетенки (характерные для огузского искусства) и столь традиционное для Сирии чередование разноцветных каменных поясов. Такая кладка из двухцветного камня у арабов называется "аблак". Выходцы из Андалусии научили египетских строителей делать подковообразные арки, консоли с серией завитков, а также сдвоенные окна с разделяющей колонкой.
Также как и в Сирии, медресе начинали брать на себя функции и погребальных сооружений. Появляется также множество маристанов (госпиталь) и хамамов (баня). В декоративном убранстве также ощущаются перемены: стены покрывают мрамором на высоту 5-6 м, им же накрывается пол. Причем для создания мозаичных полов мамлюки привозили мрамор из Сирии и островов Эгейского моря. Султан Байбарс (1260-1277) уделял большое внимание ирригации, строительству дорог и мостов. Для него в Большой мечети впервые была сооружена максура — квадратная ложа напротив михраба, в которой он находился во время пятничного намаза.
Грандиозным по своему размаху стал ансамбль зданий, состоявший из мечети, медресе, мавзолея и большого маристана, построенный султаном Калауном в 1284-1285. Считается, что это здание построено в сирийских традициях. Любопытно, что султан так спешил с постройкой, что, несмотря на то, что на строительстве трудились рабы и пленные, его подручные хватали на улице прохожих и заставляли их работать на стройке. Комплекс был построен на развалинах фатимидского дворца и упирался в медный рынок (Сук ан-Нахассин). Двухцветная каменная кладка здесь распределена в шахматном порядке. Все части фасада объединены поясом выбитого на камне эпиграфического декора, подкрашенного золотом. На углу, рядом с мавзолеем, возвышается минарет, вероятно, достроенный позднее. Внутри мавзолея купол покоится на четырех колоннах розового мрамора и четырех пилонах, которые связаны со стеной арками. Мрамором и перламутром отделан михраб, композиция которого достигает высоты 7 метров.
Ан-Насир Мухаммад (1295-1304) построил аналогичный комплекс, он объединил в четырехайванном медресе все 4 богословских школы — мазхаба. Маленький мавзолей (9 × 9 м) украшен готическим порталом, вывезенным по частям из церкви крестоносцев в Акке. Но в декорировании интерьера господствует резной стук. Михраб представляет собой великолепный образец искусства 13-14 в. Полукупол, конха, заполнен растительным орнаментом. Арку огибает криволинейный бордюр, а сама она опирается на две колонны из зеленого мрамора. Это последний михраб, где используется стук, все более поздние — уже отделаны мрамором.
Разработка темы четырехайванного медресе в архитектуре 14 в. привела к созданию мечети султана Хасана, которая считается самым значительным сооружением мамлюкского периода (1356-1363). План корпуса здания, имеющего протяженность 154 м, демонстрирует крест, концы которого заканчиваются глубокими айванами. Входной портал, ограниченный двумя витыми угловыми колоннами, и вестибюль декорирован сталактитовыми сводами. Стены здания на высоту в 8 м облицованы мрамором, выше которого вокруг всего корпуса идет декоративный резной фриз. В 17 в. (взамен рухнувшего) поставлен новый купол диаметром 21 м и высотой 48 м. По обе стороны здания стоят два минарета (первоначально высотой 84 м).
При мамлюках не существовало закона о престолонаследии. Поэтому каждый султан считал своей обязанностью при жизни позаботиться о месте своего погребения. Обычно строилась мечеть, где впоследствии размещался саркофаг с телом правителя. Поэтому от эпохи мамлюков осталось большое число погребальных мечетей. Среди них следует отметить мавзолей Шаджар ад-Дурр (1250) женщины-правительницы (возглавившей список правителей из династии мамлюков-бахритов), мавзолей ар-Рифаи (1291), мавзолей эмира Сункур Сади (1315).
Продолжая старые традиции, мамлюкская архитектура со временем становится более монументальной, в отделке фасадов используется исключительно камень. Усложняется и ритм минаретов, их силуэт становится все более затейливым. Вместо квадратной башенки с небольшим восьмиугольным фонарем появляются ярусы разного сечения, разделенные балкончиками на сталактитовом карнизе. Рубчатый купол приобретает форму луковицы. После 1315 уходит стуковый орнамент — сначала из декора михрабов, а к 1325 и из убранства стен. Внутри помещений многоцветные мраморы используются повсеместно. Пол выкладывается мозаикой, причем круглые детали мозаики изготовляются путем распиловки мраморных античных колонн. Одновременно появляется цветное стекло, а эпиграфический бордюр иногда приобретает форму кольца, обрамляя картуш или медальон.
Архитекторы фатимидского Египта при строительстве культовых зданий активно использовали дворовую схему плана, мастера применяли камень, кирпич и дерево. В начале 12 в. появляется рубчатая форма куполов, оболочка которых расчленена извне валиками, а изнутри — желобками. Тогда в области декоративной обработки поверхностей чаще всего использовалась резьба по стуку и дереву, а позднее — многоцветный камень. Резьба по дереву применялась в узких филенчатых дверных полотнищах, во фризах, в михрабах и при изготовлении мимбаров (кафедра, с которой произносится хутба, пятничная проповедь).
При династии Айюбидов власти уделили первостепенное внимание фортификационным сооружениям, поставив на склонах горы аль-Мукаттам цитадель. Айюбиды не строили знаменитых мечетей, но после них остались великолепные и монументальные усыпальницы. Султан аль-Камиль в 1211 возвел мавзолей над могилой аш-Шафии, знаменитого факиха, основателя одной из 4 признанных богословско-юридических школ в исламе. Форма этого мавзолея развивает тенденцию, наметившуюся в предыдущий период: это центрическое купольное сооружение, квадратное в плане, со срезанными углами. Здание сложено в нижней части из камня, а в верхней — из кирпича. Деревянное надгробие над могилой аш-Шафии принадлежит к лучшим образцам резьбы по дереву. Надгробие старше мавзолея и датируется 1178. В резьбе можно найти имя автора резьбы — Убейд ибн Маали. Не менее примечательна усыпальница Аббасидов. Бежавшие от монголов члены правящей семьи лелеяли надежду вернуть багдадский трон, но именно Каир стал их последним убежищем.
Салах ад-Дин ввел новый для Египта тип зданий, которые носили частично общественный, частично культовый характер — медресе. Толчком к этому стали реформы в преподавании. Прежде все желающие собирались в мечети и слушали речи учителя, теперь же ученики записывались в медресе и обучались там по установленной программе. В отличие от сирийских медресе, египетские обычно имели по два сводчатых айвана. В теплом климате Египта один из айванов служил аудиторией, другой мечетью. Кроме того, каирские медресе имели минарет. И хотя Айюбиды выстроили множество медресе, ни одного из них не сохранилось в первозданном виде. Тем не менее, в постройках айюбидского времени кирпич был окончательно вытеснен камнем, одновременно оформился сталактитовый парус. На фасадах появляется членение вертикальными нишами, в которых размещаются окна. В декорировании все еще сохраняется пристрастие к резному стуку, но их начинают теснить цветные витражи, мода на которые пришла из Сирии.