Коренное же уцелевшее казачество повторило в Отечественную войну трагедию гражданской, воюя и в Красной Армии, и в вермахте.
22 июня 1941г. Германия нападает на СССР. В первые дни войны на границе в бой вступили соединения 6-го казачьего кавалерийского корпуса, под командованием генерала Ивана Сергеевича Никитина, были казачьи части 210-й моторизированной дивизии, 1-го и 5-го кавалерийских корпусов, где служили донские казаки. Участие в боевых сражениях принимали казаки 152-го Терского казачьего полка и 5-й Ставропольской казачьей кавалерийской дивизии имени М.Ф.Блинова. В станицах создавались казачьи подразделения: в начале войны были призваны на фронт около 100 тыс. казаков из всех регионов СССР. 2-м кавказским казачьим корпусом командовал генерал Павел Алексеевич Белов. К зиме 1941г. было сформировано 15 кавалерийских дивизий с участием в них казаков, прошедших военную подготовку в территориальных иррегулярных воинских частях. Генерал-майор Лев Михайлович Доватор на начало войны был начальником штаба дивизии, командовал Кавказским казачьим корпусом, погиб под Москвой в конце 1941г. Там же у д. Федюково 37 казаков 4-го эскадрона 37-го кавалерийского полка повторили подвиг панфиловцев. Они гранатами и бутылками с зажигательной смесью уничтожили 25 танков и множество пехоты. Все погибли, но не отступили. Похоронены в братской могиле на берегу р. Гряды. Генерал Армии Исса Александрович Плиев командовал гвардейской казачьей кавалерийской дивизией.
Казаки направлялись в кавалерийские части. В июне 1941г. в Персияновских лагерях под Новочеркасском формировались 35-я, 38-я, 52-я и 67-я кавказские казачьи дивизии, ими соответственно командовали полковник Сергей Федорович Скляров, генерал-майор Николай Яковлевич Кириченко, полковники Николай Павлович Якунин и Никифор Алексеевич Кириченко. 11 июля 1941г. в Сталинградской области была создана 15-я добровольческая дивизия. Первым командиром был полковник Николай Федорович Ципляев. С ноября дивизией командовал полковник Семён Иванович Горшков. 15 июля 1941г. на Дону была сформирована казачья добровольческая дивизия под командованием ветерана 1-й Конной Армии, полковника Петра Васильевича Стрепухова. Основу дивизии составили казаки Сальского, Мартыновского, Зимовниковского, Цимлянского, Богаевского и Ремонтненского районов. С ноября 1941г. на ростовском направлении воевали казаки 35-й, 56-й, 66-й и 68-й кавдивизий. Немцы бросили на них танки и несколько полков пехоты. Но казакам не доставало артиллерии и противотанковых средств. Стояли насмерть. Под Ростовом и Новочеркасском отличились 56-я и 68-я дивизии. В районе Ровенек 38-я дивизия Н.Я.Кириченко перешла в наступление на Ростов-на-Дону. 29 ноября в 6 ч. утра полк 68-й дивизии освободил город Чкалов, в 9 ч. полк 38-й дивизии сражался в северной части Буденновского проспекта Ростова-на-Дону. Первым туда ворвался эскадрон ст. лейтенанта Шахцаева. В декабре упорные бои продолжались [22, С. 315].
В январе 1942г. были объединены 15-я и 116-я кубанские, 12-я и 13-я добровольческие казачьи дивизии в 17-й кавалерийский казачий корпус под командованием генерала Н.Я.Кириченко. Корпус защищал восточное побережье Азовского моря. В апреле были сформированы 5-й Донской Казачий Кавалерийский Корпус под командованием генерала Александра Григорьевича Селиванова и 4-й Кубанский Казачий Кавалерийский Корпус под командой генерал-майора Николая Яковлевича Кириченко. Второе лето войны для нашей страны было неимоверно тяжелым. Немцы прорвались к Воронежу, Сталинграду, на Северный Кавказ. Лакомым кусочком для них были Донбасс, Дон и Северный Кавказ. Гитлер рассчитывал, что с захватом Кавказа Турция пойдет войной на Советский Союз, и тогда для него откроются пути к расширению агрессии против Ближнего и Среднего Востока. Гитлер посылал на Кавказ специально обученные в Альпах дивизии, вожделенной для него была и водная артерия Волги, важно было захватить Сталинград.
Фашистские полчища нависли над Югом страны. Среди казаков поднялась новая могучая волна патриотического движения. Здесь гитлеровцы сосредоточили 13 пехотных, 5 танковых, 4 моторизированные, 3 кавалерийские дивизии и более 1000 самолётов 4-го воздушного флота. Силы противника превосходили: в 1,4 раза - пехота, в 2 раза - артиллерия, в 9,3 раза - танки, в 8 раз - авиация. Советская армия отступала к Волге и Кавказу. Противник вновь наносил удары в направлении Ростова. Основной удар на себя приняли части 56-й армии генерал-майора А.И.Рыжова. 23 июля немцы наступали на станицы Большие Салы, Аксайскую, Каменный Брод, город Новочеркасск, бомбили переправы через Дон. Героически сражались казаки 30-й стрелковой дивизии полковника Б.Н. Аршинцева. Воины 900-го артполка командира майора Н.П. Калинина и 339-й стрелковой дивизии уничтожили 36 вражеских танков. К вечеру 24 июля был оставлен Ростов, соединения 56-й армии переправились через Дон и заняли оборону на левом берегу. 17-й казачий корпус вёл упорные бои на левом берегу р. Еи, где уничтожил 5000 вражеских солдат и офицеров. Под станицами Шкуринской и Кущевской было много жестоких кровопролитных боев. Рубеж обороны 23-го кавалерийского полка проходил по казачьим землям Дона: Пешкове, Головатовка, Займо-Обрыв, Качевань, Круглое. Правее 23-го кавполка действовала 11 -я Донская казачья кавдивизия 17-го казачьего корпуса полковника Сергея Ильича Горшкова. 27 июля эти территории подверглись сильным ударам с воздуха. Впервые казаки 23-го кавполка схлестнулись с врагом врукопашную. Отличился командир 2-го эскадрона лейтенант Обревко. 29 июля противник прекратил бои. В боях под станицами Шкуринской и Кущевской было уничтожено 1800 немцев, взято 18 орудий и 25 миномётов. Обстановка на Кавказском направлении продолжала осложняться. Армия отступала и берегла силы для обороны Кавказа. Немцы потеснили наши войска от Батайска, Кущевской. 17-й казачий корпус занял оборону на р. Ее. Левее, в районе станицы Канеловской, оборонялась 116-я Донская казачья кавдивизия под командованием Я.С.Шарабурко.
Активизироваласьпротивотанковая оборона. 28 июля 1942г. в Северо-Кавказский фронт были объединены войска Южного и Северо-Кавказского фронтов под командованием казака, героя гражданской войны, маршала С. М. Буденного. Немцы взяли города Армавир и Майкоп. 12-я кубанская казачья дивизия приняла боевое крещение на родной кубанской земле. 31 июля создан оборонительный рубеж по рекам Кубань, Баксан и Терек, по перевалам центральной части Главного Кавказского хребта. Бои начались с рассветом. 19-й кавалерийский полк воевал в районе станицы Шкуринской. Туда же повернули фронт обороны 2-й и 4-й эскадроны. Немцы трижды атаковали участок, казаки дрались с ожесточением. Особенно отличился эскадрон шкуринцев 19-го полка. Положение осложнялось. Существенный разрыв был между формированиями 9-й дивизией и 11-й Донской дивизией. Высокую отвагу и храбрость проявили казаки эскадрона 4-го полка лейтенанта К.И.Авдиенко, отличился командир 1-й батареи артдивизиона лейтенант В.В.Мисюн. В ходе одного из боёв комвзвода 4-го кавалерийского полка лейтенант А.К.Черняк провёл разведку под носом у врага в районе станицы Кущевской. С группой казаков он наткнулся на немецкую пехоту и дал бой. Вскоре подошло подкрепление. К вечеру 2-го августа немцы были отброшены за р. Ею. 4 августа, по приказу, оборона на р. Ее была оставлена. Казаки вышли на станицу Ленинградскую Краснодарского края и переправились через р. Кубань у станицы Усть-Лабинской. Казачий кавалерийский корпус Кириченко должен был выйти к станице Гиагинской, занять оборону и не пропускать противника в этом направлении. Справа от станицы Келермесской стояла 13-я Кубанская, а слева - Донская кавалерийские дивизии. Бои велись 8, 9 августа. Станицу пришлось оставить, заняли оборону по западному берегу р. Белой, у станицы Белореченской. Её обороняли 23-й и 19-й кавалерийские полки, 9-я дивизия, 383-я стрелковая полковника К.И.Провалова и 11 -я Гвардейская Донская кавалерийская дивизии. Бои шли 11,12 августа. Ночью главные силы подошли к станицам Кубанской 1-й и Кубанской 2-й. Бои шли до 24 августа. Разгромив немцев у станицы Самурской, казачьи формирования соединились с частями 18-й Армии. Немцы не сумели окружить советские войска севернее Кубани. После захвата Ставрополя, 5 августа, немецкая танковая дивизия двинулась на Майкоп и Туапсе, чтобы в районе Туапсе, Новороссийска и Краснодара уничтожить советские части. К Грозному направили 52-й армейский и 40-й танковый корпуса. Основные силы Северо-Кавказского фронта, 9-я, 28-я и 44-я армии, отходили за Кубань на рубеж рек Малка и Баксан. 9-я и 37-я армии и 11-я дивизия НКВД были дислоцированы в Пятигорск. В Новочеркасске - кавалерийское училище, Полтавское тракторное училище, бронепоезда и батареи. Они обороняли участок Кавказских Минеральных Вод. 3-11 августа состоялась героическая оборона города Минеральные Воды, в ней отличились казаки Новочеркасского кавалерийского училища и получили благодарность от Военного Совета 37-й Армии. После 17 августа была организована оборона по Тереку, Баксану и Кавказскому хребту. 27 августа 1942г. за проявленную отвагу в боях с немецкими захватчиками 17-й казачий корпус был переименован в 4-й Гвардейский Кубанский казачий кавалерийский корпус под командованием генерал-майора Н.Я.Кириченко. В новый корпус добавлены: 11-я и 12-я гвардейские Донские казачьи кавалерийские дивизии, 9-я и 10-я гвардейские Кубанские казачьи кавалерийские дивизии. За время боёв в предгорьях Кавказского хребта фашисты потеряли свыше 50 тысяч солдат и офицеров. Наступление на Туапсе было остановлено.
К середине августа положение советских войск на Северном Кавказе было тяжелым. Гитлеровские танки вновь приближались к Туапсе, Новороссийску, Грозному. В ночь на 2 сентября в районе Моздока Терек форсировали две танковые и две пехотные дивизии фашистов. Более двух недель шли бои за Малгобек, Грозный и Владикавказ (Дзау-Джикау). В конце месяца противник был остановлен. 26 сентября Черноморская группа казачьих формирований приостановила наступление на Туапсе. Контрнаступление началось 19 ноября 1942г. 20-го в наступление перешли войска Сталинградского фронта. 30 ноября в боях за Туапсе отличился рядовой Леонтий Васильевич Кондратьев, донской казак, уроженец г. Азова. Он подполз к дзоту и бросился на пулемёт. Его подвиг отмечен званием Героя Советского Союза. С 10 января по 2 февраля 1943г. 5-й Донской и 4-й Кубанский гвардейские казачьи кавалерийские корпуса освободили Кубань, Ставрополь, Дон, города Кавказских Минеральных Вод[7, С. 189]. Эти корпуса и войска 44 армии генерал-майора Василия Афанасьевича Хоменко 7-8 февраля по льду форсировали Дон, Мертвый Донец, вышли на шоссе Ростов-Таганрог. 11-я Гвардейская казачья дивизия генерала С.И.Горшкова ворвалась в пригород города Ростова-на-Дону, в станицу Нижнегниловскую. 9-14 февраля были освобождены Ростов-на-Дону, Батайск, Азов и Таганрог.