Незабаром від двоїстої природи рад відмовились. У відповідності до положень Закону України "Про формування місцевих органів влади і самоврядування" (1994 року) ради всіх рівнів проголошувались органами місцевого самоврядування. Голови рад, за винятком районних у місті, обирались шляхом прямих виборів безпосередньо населенням і за посадою очолювали виконавчі комітети. Поряд з цим нововведенням ради областей, районів, міст Києва і Севастополя наділялись функціями органів державної влади. Глава держави з цим погодитися не міг, оскільки це послаблювало систему виконавчої влади.6 серпня 1994 року Президент України видав Указ, яким підпорядкував собі голів районних і обласних рад, хоча й без права звільнення.
У цей період гострої кризи і конфронтації органів державної влади інтенсивно йшов пошук систем кожного виду влади і одночасно системи місцевих органів державної влади та моделі місцевого самоврядування. У травні 1995 року було прийнято Закон України "Про державну владу і місцеве самоврядування в Україні", згідно з яким місцевими органами державної виконавчої влади в районах (крім районів в містах), областях, містах Києві і Севастополі проголошувались державні адміністрації, які очолювали голови відповідних рад. Право призначення керівників адміністрацій отримав Президент України. Первинними суб'єктами місцевого самоврядування визначались територіальні колективи громадян, які проживають в селах, селищах, містах, а його територіальною основою - відповідні населені пункти. Представницькі органи місцевого самоврядування цих адміністративно-територіальних одиниць - ради - очолювали їх голови, які одночасно були і головами виконавчих комітетів. Представницькими органами районів, областей, міст Києва і Севастополя згідно з Законом визначались відповідні ради. Виконавчі комітети при них не формувались.
Ця система місцевого самоврядування була значною мірою закріплена новою Конституцією України, а згодом і Законом України "Про місцеве самоврядування в Україні", яким було введено інститут сільського, селищного, міського голови та розділено посади голови районної і міської ради та глави районної і міської державних адміністрацій.
У більшості демократичних країн світу організацію влади на місцях, тобто управління місцевими справами, здійснюють:
через відповідні місцеві органи виконавчої влади (державні адміністрації), які призначаються Президентом та вищими центральними органами виконавчої влади;
через представницькі та виконавчі органи, які обираються населенням відповідних адміністративно-територіальних одиниць. Представницькі органи зазвичай мають назву органів місцевого самоврядування або муніципального управління.
Питання місцевого самоврядування активно вивчаються юридичною наукою вже близько 200 років. Теоретичні основи вчення про місцеве самоврядування було закладено ще в першій половині ХIХ століття представниками німецької юридичної школи.
Історично першою була обгрунтована теорія вільної громади (теорія природних прав громади), основні положення якої були сформульовані М. Туре в доповіді щодо законопроекту про реформу місцевого управління у Національних зборах Франції 1790 року та знайшли своє відображення в положеннях Конституції Бельгії 1831 року щодо особливої “громадівської” влади. У відповідності до неї, джерелом місцевої самоврядної влади є територіальна громада з її природними правами, і така публічна влада є самостійною, яка не належить державі, й органи місцевого самоврядування не є елементами державного механізму, не здійснюють окремі функції державної влади [].
Теорія вільної громади базувалася на ідеях природного права. Вона виходила з того, що право територіальної громади самостійно вирішувати свої справи має такий самий природний та невідчужуваний характер, як і права та свободи людини. Територіальна громада визначалася незалежною від держави органічною корпорацією, що склалася природним шляхом, відповідно й її право не місцеве самоврядування виводиться з природи територіальної громади (належить громаді в силу її природи або дарується Творцем). Таким чином, місцеве самоврядування розглядалося як автономне у відношенні до державної влади.
Згідно теорії вільної громади основним завданнями організації місцевого самоврядування є:
виборність органів місцевого самоврядування членами громади;
розподіл питань, віднесених до відання місцевого самоврядування на самоврядні та такі, що передоручені органам громади державою;
місцеві справи (тобто самоврядні) мають іншу, ніж державні, природу;
органи місцевого самоврядування є органами відповідної територіальної громади і не входять до системи органів державної влади;
органи державної влади не мають права втручатися у вирішення самоврядних питань, їх функції зводяться лише до адміністративного контролю за діяльністю органів місцевого самоврядування.
На зміну теорії вільної громади приходить громадівська теорія місцевого самоврядування. Її основні положення збігаються з концептуальними положеннями теорії вільної громади, однак на перший план висувається не природний характер прав територіальної громади, а недержавна, переважно господарська природа діяльності органів місцевого самоврядування. Ця теорія не набула широкого поширення, оскільки вона не могла пояснити публічно-правовий характер багатьох функцій, які здійснюють органи місцевого самоврядування.
У середині XIX століття набуває поширення державницька теорія місцевого самоврядування, основні положення якої були розроблені німецькими вченими Л. Штейном та Р. Гнейстом. Державницька теорія розглядає місцеве самоврядування не як автономну форму публічної влади, природне право територіальної громади на самостійне вирішення питань місцевого значення, а як одну з форм організації місцевого управління, тобто як один із способів децентралізації державної влади на місцевому рівні. Відповідно, всі повноваження територіальної громади, її органів своїм джерелом мають державну владу.
У рамках державницької теорії сформувалось два напрямки: політичний (Р. Гнейст) та юридичний (Л. Штейн), які по-різному визначали відмінність місцевого самоврядування від місцевого управління. За Р. Гнейстом самостійність місцевого самоврядування має гарантувати виконання обов'язків посадових осіб органів місцевого самоврядування на громадських засадах, що звільняє їх від економічної залежності зі сторони держави. Л. Штейн вбачав гарантії самостійності місцевого самоврядування в тому, що органи місцевого самоврядування є не органами державної влади, а органами територіальної громади, на які держава покладає здійснення відповідних завдань та функцій державного управління.
Основні положення цих теорій XIX століття зберігають своє значення і дотепер; їх покладено в основу сучасних поглядів на місцеве самоврядування.
У різних державах з метою ефективної організації влади на місях застосовуються різні системи місцевих органів управління та органів місцевого самоврядування (“системи управління на місцях”), на вибір яких впливають такі фактори, як неоднаковий підхід до розуміння державної влади, розмежування адміністративно-територіальних одиниць на природні та “штучні”, національні та історичні особливості, традиції тощо. У науковій літературі знаходять своє відображення чотири основні системи:
1. Англо-американська (англосаксонська) система – характеризується тим, що на всіх субнаціональних рівнях управління функціонують органи місцевого самоврядування, а місцеві органи виконавчої влади загальної компетенції не створюються (наприклад, Велика Британія, США, Канада, Австралія; подібна до даної системи організація влади на місцях і в Російській Федерації).
2. Континентальна (романо-германська, європейська) система – будується на своєрідному поєднанні місцевого самоврядування і місцевого управління та виходить з різного тлумачення “природних” та “штучних” адміністративно-територіальних одиниць. Така система може мати два різновиди:
а) на всіх субнаціональних рівнях, за винятком низового, одночасно функціонують виборні органи територіальної громади та призначені представники центральної влади (місцеві державні адміністрації), які здійснюють адміністративний контроль за діяльністю органів місцевого самоврядування (наприклад, можуть зупинити на певний строк рішення органів місцевого самоврядування, звертатися до глави держави або парламенту з пропозицією щодо дострокового припинення їх повноважень). При цьому на низовому рівні функціонують виключно органи первинної територіальної громади. Подібна система існує у Франції та Італії;