— Членом контрреволюционной организации я никогда не являлся и в этом обвинении виновным себя не признаю,— отвечал архиепископ.
— Вы лжете. Вы давали установки руководителям филиалов контрреволюционной организации в развертывании контрреволюционной работы...
— Никаких установок по развертыванию контрреволюционной работы я не давал.
— Как член контрреволюционной организации вы проводили активную контрреволюционную агитацию среди населения, прекратите запирательство и дайте показания о вашей контрреволюционной деятельности.
— Никакой контрреволюционной агитации я среди населения не проводил и в этом виновным себя не признаю,— спокойно ответил владыка.
Все это следователь вынужден был записать. В тот же день архиепископ был приговорен к расстрелу.
Через два дня, 30 октября 1937 года, архиепископ Александр был расстрелян.
Всем близким, кто интересовался судьбой владыки, власти отвечали, что он сослан на десять лет без права переписки, а через десять лет ответили без уточнения места и времени, что он умер в лагере.
Священник Казанского храма в Лыскове объявил, что будет отпевание скончавшегося в заключении архиепископа Александра Щукина.
Многие помнили святителя, и народу собралось такое множество, что храм не мог вместить всех желающих. Большая часть пришедших стояла на улице.
Послушница Анна сделала небольшой гроб, туда положила четки святителя, крест и Евангелие.
После отпевания народ молитвенно попрощался с архиепископом, а затем состоялся крестный ход вокруг храма. Впереди, подняв гроб на плечо, шел священник, а хор и весь народ пели: "Волною морскою..."