Загострення екологічної ситуації, як в світі, так і в наший країні, на початок 90‑х років послужило приводом для відновлення дискусій по проблемах екології в гідроенергетиці, великою агресивністю, що відрізняється. У наший країні принципи пріоритету охорони навколишнього середовища були визнані на Всесоюзній науково-технічній нараді «Майбутнє гідроенергетики. Основні напрями створення гідроелектростанцій нового покоління» 1991 р. Найрізкіше прозвучали питання створення високонапірних ГЭС з крупними водосховищами, затоплення земель, якості води. Збереження флори і фауни.
Із-за великої площі дзеркал водосховищ найбільш великих ГЭС Росії (Саяно-шушенськая, Красноярська, Усть-ілімська) збиток, що наноситься природі дуже значний. Найбільш значущим чинником дії крупних гідроелектростанцій на екосистему водоскиду є створення водосховищ і затоплення земель. Це викликає зміну видового складу, чисельності біомаси рослин, тварин, формування нових биоценозов.
Ефективним способом зменшення затоплення територій є збільшення кількості ГЭС в каскаді із зменшенням на кожному ступені натиску і, отже, дзеркала водосховищ. Не дивлячись на зниження енергетичних показників і зменшення регулюючих можливостей зростання вартості, низько напірні гідровузли, що забезпечують мінімальні затоплення земель, лежать в основі всіх сучасних розробок.
Ще одна екологічна проблема гідроенергетики пов'язана з оцінкою якості водного середовища. Місце, що має, забруднення води викликане не технологічними процесами виробництва електроенергії на ГЭС (об'єми забруднень, що поступають із стічними водами ГЭС, складають нікчемно малу частку в загальній масі забруднень господарського комплексу), а низька якість санітарно-технічних робіт при створенні водосховищ і скидання неочищених стоків у водні об'єкти.
У перші роки після заповнення водосховища в нім з'являється багато рослинності, що розклалася, а «новий» грунт може різко понизити рівень кисню у воді. Гниття органічних речовин може привести до виділення величезної кількості парникових газів – метану і двоокису вуглецю.
Водосховища часто «дозрівають» десятиліттями або довше, а в тропіках цей процес триває сторіччями – поки розкладеться велика частина всієї органіки.
Очищення затоплюваної зони від рослинності пом'якшило б проблему, але оскільки вона важка і дорога, очищення проводять лише частково.
Найвідоміший приклад масштабного затоплення лісу – дамба Брокопондо в Сурінаме (Ю. Америка), що затопила 1500 кв. км. тропічного лісу – 1 % територій країни. Розкладання органічної речовини в цьому мілководому басейні позбавило його воду кисню і викликало могутнє виділення сірководня, смердючого газу, сприяючого корозії. Працівники греблі ще 2 року опісля після заповнення водосховища в 1964 році носили маски. А вартість нанесеного збитку склала більше 7 відсотків загальної вартості проекту.
В той же час досвід експлуатації водосховищ показав, що унаслідок збільшення часу перебування води у водоймищі загальний ефект самоочищення в них в більшості випадків вище, ніж в річках. Водосховища істотно згладжують амплітуду коливання показників якості води. Різко знижують їх пікові значення.
Якщо питання про позитивний або негативний вплив водосховищ на якість води до цих пір залишається спірним, то негативний вплив неочищених стоків, безперечно. Великі об'єми води і високий ефект самоочищення у водосховищах спонукають до будівництва підприємств без належного очищення стоків, що перетворює водосховища на величезні відстійники стічних вод.
Окрім забруднення об'єктивним показником якості є стан живих організмів, що мешкають у воді. Найтісніше пов'язані з водними масами планктонні організми. При транзиті через зарегульований потік з каскадами водосховищ, планктонні співтовариства зазнають складні зміни, обумовлені почерговим попаданням планктонних організмів то в озерні умови (верхній б'єф), то в річкових (нижній б'єф). В умовах верхнього б'єфу формується планктобиоценоз озерного типу, а в умовах нижнего – річкового. Ці плактоценози відрізняються об'ємами продукованої органічної речовини, щільністю і біомасою організмів, видовим складом і іншими показниками. Як правило, організми співтовариств озерного типу не пристосовані до життя в річці. У річкових умовах перебіг навіть середньої сили надає згубний вплив на озерні види організмів. На структуру і динаміку планктону впливають і самі гідротехнічні споруди, оскільки при подоланні гідроагрегатів планктон піддається руйнуванню.
Та все ж, розглядаючи дію ГЭС на навколишнє середовище, слід зазначити життєзберігаючу функцію ГЭС. Так вироблення кожного млрд. кВтч електроенергії на ГЭС замість ТЭС приводить до зменшення смертності населення на 100–226 люд./рік.
З кінця 1960‑х років починається бум ядерної енергетики. В цей час виникли, принаймні, дві ілюзії, пов'язаних з ядерною енергетикою. Вважалося, що енергетичні ядерні реактори достатньо безпечні, а системи стеження і контролю, захисні екрани і навчений персонал гарантують їх безаварійну роботу, а також вважалося, що ядерна енергетика є «екологічно чистою», оскільки забезпечує зниження викиду парникових газів при заміщенні енергетичних установок, що працюють на викопному паливі.
Ілюзія про безпеку ядерної енергетики була зруйнована після декількох великих аварій у Великобританії, США і СРСР, апофеозом яких стала катастрофа на чорнобильській АЕС. Катастрофа в Чорнобилі показала, що втрати при аварії на ядерному енергетичному реакторі у декілька разів перевищують втрати при аварії на енергетичній установці такої ж потужності, що використовує викопне паливо. У епіцентрі аварії рівень забруднення був настільки високий, що населення ряду районів довелося евакуювати, а ґрунти, поверхневі води, рослинний покрив виявилися радіоактивно зараженими на багато десятиліть. При цьому відносно чорнобильського викиду багато що залишається невідомим, і ризик здоров'ю населення від аварійних викидів цієї АЕС істотно занижений, оскільки в більшості країн СНД відсутня хороша медична статистика. Поряд дослідників США було встановлено, що з травня по серпень 1986 року, спостерігалося значне зростання загального числа смертей серед населення, висока дитяча смертність, а також знижена народжуваність, пов'язані з високою концентрацією радіоактивного йоду‑131 з чорнобильської хмари, що накрила США.
За чотири літні місяці зросла кількість смертей від пневмонії, різних видів інфекційних захворювань, СНІД в порівнянні з середнім числом смертей за цей період в 1983–1985 роках. Все це з високою статистично достовірною вірогідністю пов'язано з поразкою імунної системи чорнобильськими викидами.
Такої ж точної статистики немає і для більшості інших країн, виключаючи Німеччину. На півдні Німеччини, де чорнобильські випадання були особливо інтенсивними, дитяча смертність зросла на 35 %.
Проте небезпека ядерної енергетики лежить не тільки у сфері аварій і катастроф. Навіть без них близько 250 радіоактивних ізотопів потрапляють в навколишнє середовище в результаті роботи ядерних реакторів. Ці радіоактивні частинки разом з водою, пилом, їжею і повітрям потрапляють в організми людей, тварин, викликаючи ракові захворювання, дефекти при народженні, зниження рівня імунної системи і збільшують загальну захворюваність населення, що проживає навколо ядерних установок.
Департамент суспільної охорони здоров'я штату Массачусетс з 1990 року встановив, що у людей, АЕС, що живуть і працюючих в двадцятимильній зоні, «Пілігрим», біля міста Плімут, в 4 рази вище захворюваність лейкемією, чим очікувалося. Статистично помітне збільшення випадків захворювань лейкемією і раком виявлене в околицях АЭС«Троян» в місті Портленд, штат Орегон. Захворюваність лейкемією дітей в селищі біля британського ядерного центру в Селлафілде в 10 разів вище, ніж в середньому по країні, і, поза сумнівом, пов'язана з його роботою. Це стало відомо в 1990 році, а недавно офіційно підтверджено Британським комітетом з радіології.
Навіть коли АЕС працює нормально, вона обов'язково викидає неабияку кількість радіоактивних ізотопів інертних газів. Також як радіоактивний йод концентрується в щитовидній залозі, викликаючи її ураження, радіоізотопи інертних газів, в 70-і роки, що вважалися абсолютно нешкідливими для всього живого, накопичуються в деяких клітинних структурах рослин хлоропластах, мітохондріях і клітинних мембранах. Після встановлення цього факту, залишається слово «інертні» завжди вживати в лапках, оскільки, звичайно ж, вони роблять серйозний вплив на процеси життєдіяльності рослин.
Радіоізотопи «інертних» газів викликають і такий феномен як стовпи іонізованого повітря (свічки) над АЕС. Ці утворення можуть спостерігатися за допомогою звичайних радіолокаторів на відстані в сотні кілометрів від будь-якої АЕС. Хто зможе стверджувати, що все це ніяк не позначається на стані і якості навколишнього середовища, на міграційних шляхах птахів і кажанів, на поведінці комах?
Одним з основних інертних газів, що викидаються, є криптон‑85 бета-випромінювач. Вже зараз ясна його роль в зміні електропровідності атмосфери. Кількість криптону‑85 в атмосфері (в основному за рахунок роботи АЕС) збільшується на 5 % у рік. Вже зараз кількість криптону-85 в атмосфері в мільйони разів (!) вище, ніж до початку атомної ери. Цей газ в атмосфері поводиться як тепличний газ, вносячи тим самим внесок до антропогенної зміни клімату Землі.
Не можна не згадати і проблему іншого бета-ізлучателя, що утворюється при всякій нормальній роботі АЕС, тритію, або радіоактивного водню. Доведено, що він легко зв'язується з протоплазмою живих клітин і тисячократно накопичується в харчових ланцюжках. Крім того, треба додати забруднення тритієм ґрунтових вод практично навколо всіх АЕС. Нічого хорошого від заміщення частини молекул води в живих організмах тритієм чекати не доводитися. Коли тритій розпадається (період напіврозпаду 12,3 року), він перетворюється на гелій і випускає сильне бета-випромінювання. Ця трансмутація особливо небезпечна для живих організмів, оскільки може вражати генетичний апарат кліток.