Приказом председателя КГБ от 18 марта 1954 г. была определена структура нового ведомства, в котором, не считая вспомогательных и обеспечивающих подразделений, были образованы: Первое Главное управление (ПГУ, разведка за границей); Второе Главное управление (ВГУ, контрразведка); Третье Главное управление (военная контрразведка); Восьмое Главное управление (шифровально-дешифровальное); Четвертое управление (борьба с антисоветским подпольем, националистическими формированиями и враждебными элементами); Пятое управление (контрразведывательная работа на особо важных объектах); Шестое управление (транспортное); Седьмое управление (наружное наблюдение); Девятое управление (охрана руководителей партии и правительства); Десятое управление (управление коменданта Московского Кремля); Следственное управление, а также 5 самостоятельных специальных отделов, отдел (в дальнейшем - управление) правительственной связи и учетно-архивный отдел[6].
2 апреля 1957 г. КГБ при СМ СССР были переданы из структуры МВД пограничные войска и для управления ими образовано Главное управление пограничных войск (ГУПВ).
В феврале 1960 г. постановлением Совета министров были упразднены 4, 5 и 6-е управления, а их функции были переданы в ВГУ КГБ. Его, а фактически - всю контрразведку страны, с момента образования КГБ и до его упразднения последовательно возглавляли П.В. Федотов, О.М. Грибанов (1956-1964 гг.), С.Г. Банников, Г.К. Цинев, Г.Ф. Григоренко (1970-1984 гг.), И.А. Маркелов (1984-1985 гг.), В.Ф. Грушко).
Тогда же при председателе КГБ была организована Группа по изучению и обобщению опыта работы органов безопасности и данных о противнике со штатом 10 человек, ставшая костяком будущего Аналитического управления образовано в 1990 г).
В 1967 г. органами КГБ привлечены к уголовной ответственности 738 человек, из них 263 человека за особо опасные и 475 - за иные государственные преступления. В числе привлеченных к уголовной ответственности 3 человека, совершивших диверсии, 121 человек являются предателями и карателями периода немецко-фашистской оккупации, 34 человека обвинялись в измене Родине и покушении на измену, 96 человек - в антисоветской агитации и пропаганде, 221 человек - в нелегальном переходе границы, 100 человек - в хищениях государственного и общественного имущества в крупных размерах и взяточничестве, 148 человек - в контрабанде и нарушении правил о валютных операциях, один иностранец и один советский гражданин арестованы за шпионаж...
Следственными аппаратами КГБ пересмотрено по заявлениям граждан 6732 архивных уголовных дела на 12 376 человек, по 3783 делам вынесены заключения о их прекращении.
Важное значение придавалось мерам профилактического характера, направленным на предупреждение государственных преступлений. В 1967 г. органами КГБ были профилактированы 12 115 человек, большинство из которых допустили без враждебного умысла проявления антисоветского и политически вредного характера...
Контрольно-пропускными пунктами пограничных войск и следственными аппаратами КГБ у контрабандистов и валютчиков изъято в 1967 г. золота в слитках и монетах около 30 кг, изделий из драгоценных металлов и камней, иностранной валюты и разных товаров на общую сумму 2 миллиона 645 тысяч рублей.
13 марта 1969 г. было создано 15-е управление, основной задачей которого являлось "обеспечение постоянной готовности к немедленному приему укрываемых (советского руководства - О. Х), в защищенные пункты (объекты) и создание в них условий, необходимых для нормальной работы в особый период".
В августе 1969 г. был образован 7-й отдел, в который были выведены из 5-го отдела функции выявления авторов анонимных антисоветских документов, содержащих угрозы террористического характера, а также оперативной разработки и предупреждения враждебной деятельности лиц, вынашивавших террористические намерения.
В июне 1973 г. был образован 8-й отдел по борьбе с подрывной деятельностью зарубежных сионистских центров, а в следующем году - 9-й (разработка антисоветских группирований, имеющих связи с зарубежными центрами идеологической диверсии) и 10-й отделы. Последний совместно с ПГУ занимался вопросами проникновения, выявления планов зарубежных спецслужб и идеологических центров и парализацией их деятельности.
В июне 1977 г., в преддверии проведения XX Олимпийских игр в Москве, был образован 11-й отдел, призванный осуществлять оперативно-чекистские мероприятия по срыву идеологических акций противника и враждебных элементов. Отдел этот тесно контактировал свою работу с 11-м отделом ВГУ, также занимавшимся борьбой с международным терроризмом.
На 12-й отдел 5-го управления была возложена задача обеспечения безопасности проведения массовых публичных мероприятий в Москве - фестивалей, форумов и т.д.
В феврале 1982 г. был образован 13-й отдел для выявления и пресечения "негативных процессов, имеющих тенденцию к перерастанию в политически вредные проявления", в том числе изучения нездоровых молодежных формирований - мистических, оккультных, профашистских, рокеров, панков, футбольных "фанатов" и подобных.
14-й отдел занимался предотвращением акций идеологической диверсии, направленной в среду журналистов, сотрудников СМП, общественно-политических организаций.
В связи с образованием новых отделов штат управления к 1982 г. увеличился до 424 человек.
Всего же, как вспоминал Ф.Д. Бобков, по линии 5-го управления в СССР служили 2,5 тысячи сотрудников. В среднем в области в 5-й службе или отделе работали 10 человек. Оптимальным был и агентурный аппарат, в среднем на область приходились 200 агентов.
28 ноября 1991г. Президент СССР М.С. Горбачев подписал Указ "Об утверждении Временного положения о Межреспубликанской службе безопасности". Руководителем данной службы был назначен В.В. Бакатин (с ноября 1991 по декабрь 1991г).
6 мая 1991г. председатель Верховного Совета РСФСР Б.Н. Ельцин и председатель КГБ СССР В.А. Крючков подписали протокол об образовании в соответствии с решением Съезда народных депутатов России Комитета государственной безопасности РСФСР, имеющего статус союзно-республиканского государственного комитета. Руководителем его был назначен В.В. Иваненко.
26 ноября 1991г. Президент РФ Б.Н. Ельцин подписал Указ о преобразовании КГБ РСФСР в Агентство Федеральной безопасности РСФСР.
Возглавил АФБ - В.В. Иваненко с ноября 1991 по декабрь 1991г.
21 декабря 1993 года Президент России Б.Н. Ельцин подписал указ об упразднении Министерства безопасности РФ и о создании Федеральной службы контрразведки (ФСК России) [7].5 января 1994 года были утверждены положение о службе и структура её центрального аппарата (18 управлений, секретариат и Центр общественных связей).
3 апреля 1995 года Ельцин подписал Федеральный закон "Об органах федеральной службы безопасности в Российской Федерации", вступивший в силу 12 апреля 1995 года. В соответствии с ним ФСК была переименована в Федеральную службу безопасности Российской Федерации, при этом не проводилось организационно-штатных мероприятий, сотрудники службы (включая директора и его заместителей) оставались на своих должностях без переназначений и переаттестаций.23 июня 1995 г. соответствующие изменения "задним числом" были внесены в структуру федеральных органов исполнительной власти[8]. Этим же указом были утверждены положение о службе и структура её центрального аппарата, за малыми исключениями повторявшая структуру ФСК.
В мае 1997 г. произведена крупная реорганизация центрального аппарата: из 22-х управлений осталось 5, остальные сгруппированы в 5 департаментов[9].
11 марта 2003 года Президент РФ Владимир Путин своим Указом передал функции Федеральной пограничной службы РФ и ФАПСИ в ведение ФСБ России. Руководителем (директором) был назначен М.И. Барсуков с июля 1995г. по июнь 1996г., с июля 1996г. по июль 1998г. Н.Д. Ковалев, с июля 1998г. по август 1999г.В. В. Путин, с августа 1999г. по май 2008г. Н.П. Патрушев, а с мая 2008 года Федеральную службу безопасности Российской Федерации возглавил А. С Бортников. В июле 2004 г. произведена следующая крупная реорганизация центрального аппарата: вместо департаментов созданы службы Федеральной службы безопасности, количество заместителей директора уменьшено с двенадцати до четырёх (включая двух первых) [10].
В соответствии со ст.1 Федерального закона "Об органах федеральной службы безопасности в Российской Федерации" от 3 апреля 1995 г. [11] органы федеральной службы безопасности (ФСБ) являются составной частью сил обеспечения безопасности Российской Федерации и в пределах предоставленных им полномочий обеспечивают безопасность личности, общества и государства.
Руководство деятельностью органов федеральной службы безопасности осуществляют Президент Российской Федерации и Правительство Российской Федерации.
Правовую основу деятельности органов федеральной службы безопасности составляют Конституция Российской Федерации, Федеральный закон "Об органах федеральной службы безопасности в Российской Федерации", другие федеральные законы и иные нормативные правовые акты. Деятельность органов федеральной службы безопасности осуществляется также в соответствии с международными договорами Российской Федерации (ст.4 Федерального закона об органах ФСБ).
Для действенного анализа законодательства о деятельности ФСБ РФ, следует затронуть Указ Президента РФ от 19 декабря 1991 г. "Об образовании Министерства безопасности и внутренних дел РСФСР". В связи с ратификацией Верховным Советом РСФСР Соглашения о создании Содружества Независимых Государств от 8 декабря 1991 г. и в целях обеспечения безопасности Российской Федерации было постановлено образовать Министерство безопасности и внутренних дел РСФСР[12]. Создание данного министерства было осуществлено на базе упраздняемых Министерства внутренних дел СССР, Министерства внутренних дел РСФСР, Межреспубликанской службы безопасности и Агентства федеральной безопасности РСФСР. Спустя год возникли проблемы в реализации Указ Президента РФ от 19 декабря 1991 г. "Об образовании Министерства безопасности и внутренних дел РСФСР", в частности Конституционный Суд Российской Федерации руководствуясь частью первой статьи 165 Конституции РСФСР, пунктом 1 части второй статьи 1, пунктом 3 части первой и частью второй статьи 57 Закона РСФСР "О Конституционном Суде РСФСР", рассмотрел в открытом заседании дело о проверке конституционности Указа Президента РСФСР от 19 декабря 1991 года N 289 "Об образовании Министерства безопасности и внутренних дел РСФСР" (опубликован в "Российской газете", N 284 - 285, 25 декабря 1991 года) [13].