Произведенный в июне 1940 года (вместе с Василевским и многими другими) в генерал-майоры, Антонов во время массовых замен командующих в январе 1941 года сменил Маландина на посту заместителя начальника штаба Киевского особого военного округа, где и служил до начала войны. После того, как Антонов принял участие в неудачных боях 1941 года и в закончившемся поражением сражении под Харьковом в мае 1942 года, Василевский в декабре 1942 года привел его в Генштаб на пост начальника оперативного управления. Именно здесь Антонов впоследствии заслужит своей работой уважение и похвалу со стороны всех, кто его знал или работал с ним.
Трагический ход начального периода войны подверг тяжелому испытанию довоенных советских командующих военными округами. Немногие пережили это испытание. Генерал-полковник Михаил Петрович Кирпонос поднялся с командира 70-й стрелковой дивизии во время Финской войны до командующего Киевским особым военным округом. Ветеран Первой Мировой войны, он был в Гражданскую войну начальником штаба знаменитой 51-й стрелковой дивизии во время штурма Крыма, посещал в 1923 году Академию Генштаба, а с 1934 по 1939 год был начальником Казанского пехотного училища. После участия в боях на Дальнем Востоке (у озера Хасан и на Халхин-Голе) и в Финской войне Кирпонос командовал корпусом, Ленинградским военным округом, а в феврале 1941 года — Киевским особым военным округом, где и служил, когда началась война. Жуков в своих воспоминаниях хвалил Кирпоноса:
«Я был рад, что Киевский особый военный округ поручается такому достойному командиру. Конечно, у него, как и у многих других, еще не было необходимых знаний и опыта для руководства таким большим приграничным округом, но жизненный опыт, трудолюбие и природная смекалка гарантировали, что из Михаила Петровича выработается первоклассный командующий войсками».
Кирпонос доказал правоту Жукова. Он боролся (большей частью тщетно) с Главным командованием, добиваясь увеличения готовности к войне, а когда война началась, его войска вели себя в зачастую неудачных боях много лучше, чем войска других командующих фронтами. В сентябре 1941 года Кирпонос погиб в окружении в Киеве вместе с большей частью своего фронта и был лишен славы, которую он столь сильно заслужил.
Соседним Западным особым военным округом командовал генерал армии Дмитрий Григорьевич Павлов, тоже ветеран (и военнопленный) Первой мировой и участник Гражданской войны. Павлов был кавалерийским офицером, посещавшим в 1928 году академию имени Фрунзе ив 1931 году — Военно-техническую академию, где он, согласно рапорту, «активно боролся с троцкистами». После выпуска Павлов командовал одной из первых механизированных частей Красной Армии — 4-й механизированной бригадой. Затем в 1937 году, он поднялся до главы Автобронетанкового управления Красной Армии, где заслужил неуместное прозвище «советский Гудериан». Во время Гражданской войны в Испании, Павлов был отправлен в Испанию для получения опыта боевого применения танковых войск и вернулся оттуда с более трезвым взглядом на использование бронетанковых сил в современной войне. Эти взгляды способствовали тому, что Красная Армия в конце 1939 года отказалась от громоздких механизированных соединений. В 1940 году Павлов стал командующим Западным особым военным округом, а в январе 1941 года принял участие в московских военных играх — где проявил себя, по оценке наблюдателей, не очень блестяще.
Когда началась война, Павлов пал жертвой сталинского гнева за то, что потерял контроль над обстановкой — которую, наверное, не смог бы контролировать никто. Сталин обвинил
Павлова в измене, снял с поста командующего и велел расстрелять. Трагическая судьба Павлова стала одним из последних проявлений дотянувшихся до войны безжалостных чисток.
Генерал-полковник Федор Сидорович Кузнецов был накануне войны третьим командующим крупным приграничным военным округом. Пехотный офицер и ветеран Первой Мировой и Гражданской войн, Кузнецов посещал в 1926 году академию имени Фрунзе, где в нем распознали присущие ему боевое мастерство и большой потенциал. В июле 1938 года, после службы преподавателем в Московском пехотном училище и в академии имени Фрунзе, он был назначен заместителем командующего Белорусским особым военным округом и помогал организовать вторжение в Восточную Польшу. Позже в том же году он командовал корпусом на Финской войне. Являя собой типичный пример «турбулентности» в советском командовании, Кузнецов на короткое время возглавил в 1940 году Академию Генерального штаба, затем принял командование Северокавказским военным округом, и наконец, в конце того же года, Прибалтийским особым военным округом.
Получивший в феврале 1941 года звание генерал-полковника, Кузнецов тоже тщетно боролся с Главным командованием, добиваясь увеличения боеготовности войск округа. Накануне войны он самостоятельно принял меры для улучшения боеготовности войск округа. Хотя его войска были в июне-июле 1941 года разбиты, а Кузнецова освободили от командования армией, он все же пережил это испытание и позже служил заместителем командующего фронтом и возглавлял Академию Генштаба.
Командование армией было в Красной Армии 1941 года задачей неблагодарной, а зачастую и гибельной. Среди уцелевших командующих армиями должно хватить двух примеров. 22 июня 1941 года генерал-лейтенант Михаил Федорович Лукин командовал 16-й армией из резерва Ставки, сформированной на Дальнем Востоке и переброшенной в апреле-мае 1941 года на запад в качестве части стратегического резерва. Карьера Лукина может служить примером довоенной и военной судьбы многих командующих советскими армиями. Бывший в Первую Мировую войну унтер-офицером, Лукин в Гражданскую войну командовал стрелковым полком и бригадой, в начале 1920-х годов был заместителем командующего 7-й, а потом 99-й стрелковой дивизии и посещал в 1926 году академию имени Фрунзе. После выпуска из академии имени Фрунзе он командовал 23-й стрелковой дивизией и московским гарнизоном. В 1937 году чистки вознесли его на пост помощника начальника штаба, а потом и в начальники штаба Сибирского военного округа, а в 1938 году — в заместители командующего этого военного округа.
В июне 1940 году Лукину доверили формировать и возглавить 16-ю армию, а в апреле 1941 года он занимался перед дислоцированием этой армии на запад. Предназначавшаяся первоначально для поддержки Киевского особого военного округа, армия Лукина был с началом войны развернута к северу и вступила в бои в бурлящем котле к западу от Смоленска. Уцелевшие боевые донесения Лукина четко запечатлели то угнетающее положение, в которое попала его армия до ее окружения и уничтожения под Смоленском. К счастью, Лукин избежал судьбы, постигшей его армию. Позже, в таких же тяжелых боях под Вязьмой, Лукин сам был тяжело ранен и попал в плен, и, хотя первоначально Сталин объявил его предателем, Лукин пережил и немецкий плен, и гнев Сталина, заслужив уважение своих боевых товарищей и страны. Жуков считал, что доблестная оборона Смоленска Лукиным и его войсками внесли немалый вклад в итоговое поражение немцев под Москвой.
Коллегой Лукина по резервному эшелону был командующий 20-й армией генерал-лейтенант Павел Алексеевич Курочкин — участник штурма Зимнего дворца в 1917 году, а также ветеран боев на Западном фронте в Гражданскую войну. Кавалерийский офицер, Курочкин сначала учился и преподавал в Академии имени Фрунзе, а потом командовал кавалерийской бригадой и дивизией. В Финскую войну он командовал 28-м стрелковым корпусом, а в 1941 году закончил Академию Генштаба. После выпуска он был назначен командовать сперва Забайкальским, а потом, всего за несколько часов до начала войны, Орловским военным округом. По его словам, он «вступил в войну с марша». Известие о начале войны Курочкин получил по пути из Читы в свою новую штаб-квартиру. Когда он сделал остановку в Москве, Генштаб приказал ему набрать из войск военного округа 20-ю армию и «вести оборонительные операции на одном из решающих направлений на Западном фронте».
Курочкин так и поступил, и через неделю его армия, впервые теперь действовавшая в боевых условиях под началом незнакомого командующего, развернулась на линии Днепра западнее Смоленска, чтобы дать бой передовым частям двух немецких танковых групп. Армия Курочкина сражалась храбро, но была большей частью уничтожена в Смоленском котле. Курочкин уцелел и впоследствии командовал армиями и фронтом, а в послевоенные годы стал плодовитым и талантливым автором работ по структуре и теории вооруженных сил.
Это лишь два примера из многих, которые иллюстрируют шоковую и парализующую обстановку, в которой оказались командующие фронтами и армиями. Многие из них погибли, но другие пережили это испытание и впоследствии воевали на более высоких постах. Схожий шок испытали и офицеры на более низких командных уровнях, где потери были еще более высокими. Именно из этих более низких уровней впоследствии вышли самые лучшие командиры корпусов и армий. Одним из них был Павел Алексеевич Ротмистров — кавалерийский офицер, участник Гражданской войны и армейский командир нижнего звена в 1930-е годы. Он начал войну в должности начальника штаба недавно сформированного 3-го механизированного корпуса в Прибалтийском особом военном округе. Ротмистров уцелел и позже командовал танковой бригадой под Москвой, танковым корпусом под Сталинградом и 5-й гвардейской танковой армией на более позднем этапе войны, а закончил войну в должности заместителя начальника автобронетанковых и механизированных войск советской армии.
Михаил Ефимович Катуков, начавший воевать полковником в должности командира 20-й танковой дивизии, впоследствии стал командующим 1-й гвардейской танковой армией. Полковник Семен Ильич Богданов схожим образом поднялся из командующего 30-й танковой дивизией до командующего 2-й гвардейской танковой армией. Та же картина проглядывает во всех родах войск. Уцелевшие при чистках и в первые кровавые месяцы войны не ударили в грязь лицом и в итоге победили. К чести Тимошенко, его реформы и та защита, которую он и другие обеспечили этим офицерам, дали возможность им и Красной Армии уцелеть и выйти из войны триумфаторами.