Суть нової політичної лінії царського уряду стосовно України полягала в недопущенні стабілізації державно-політичної системи України та укорінення незалежницьких традицій управління країною. Основним протиріччям, яке призвело до українсько-російської війни, на нашу думку, було протиріччя між прагненням української правлячої еліти розбудувати національну державу та бажанням царського престолу бачити українські землі виключно невід'ємною складовою частиною Російської держави.
Спираючись на опрацьовану наукову літературу можна охарактеризувати вірогідну модель основних завдань, які сторони прагнули вирішити в ході війни:
— реалізувати своє бачення угоди 1654 р., приєднавши Україну не лише формально (статус номінального васалітету), але й фактично, встановивши військово-політичний контроль над її територією шляхом введення російських гарнізонів в українські міста та отримання можливості безпосередньо впливати на кадрову політику на козацькому владному Олімпі;
— покласти край існуванню самостійної, відмінної від московської, політики українського уряду;
— звузити владні повноваження гетьманського уряду щодо внутрішнього життя країни через їх перерозподіл на користь царських воєвод і міщанства та забезпечити собі прямий доступ до українських матеріальних, фінансових та людських ресурсів;
— витіснити козаків з південних районів Білорусії, де вони почали укріплюватись, складаючи конкуренцію росіянам;
— послабити геополітичні та економічні позиції Речі Посполитої як «вічного ворога» і основного конкурента в боротьбі за панування в Східній Європі та почати реалізацію планів об'єднання всіх «руських», а також інших православних земель в одній державі.
Перед Україною у цій ситуації стояли більш скромні завдання: відстояти своє право належати до європейського світу; не дати російському престолу розпочати процес інтеграції Війська Запорозького у світ «Московія»; відстояти право проводити самостійну, незалежну зовнішню і внутрішню політику; відстояти свої «вольності», тобто право організовувати власне життя на основі традиційних для України демократичних, республіканських цінностей.
У червні 1658 р. в Україну під приводом «приборкання» вже вгамованих свавільників, а насправді, щоб не втратити контролю над країною, прибули кн. В.Б. Шеремєтєв (у Київ) та кн. Г.Г. Ромодановський (у Прилуки) з військами. Ромодановський мав повноваження у разі необхідності силою захищати повстанців від гетьманських військ, звинуватити Виговського у порушенні присяги й організувати перевибори гетьмана та провести мобілізацію всіх прихильних царю козаків «проти гетьмана і татар».
Прихід російських військ став своєрідним каталізатором переростання конфлікту інтересів у збройне протистояння. Поспішне введення російських військ в Україну, поява у полках Ромодановського лідерів розгромленої опозиції, розсилка по містах Лівобережжя російських залог без узгодження з українським урядом, страти кількох відданих гетьманському урядові сотників, насильства і грабунки царських військ були розцінені гетьманською адміністрацією як виклик і початок відкритої збройної агресії Російської держави проти України.
У відповідь на ворожі дії воєвод гетьманський уряд вирішив військовою акцією на російській території, з одного боку, змусити російське командування видати лідерів опозиції та вивести свої війська з території України, а з іншого – суттєво підірвати базу антигетьманського руху та деморалізувати повстанців. Результатом цього став похід гетьманських військ у серпні – вересні 1658 р. на українсько-російське прикордоння. Паралельно з гетьманом воєнні дії проти росіян у Білорусії розпочав і полковник І. Нечай.
Передчасний штурм Д. Виговським Києва, який прискорив переростання дрібних сутичок у повномасштабні військові дії, по суті був лише відповіддю на дії військ кн. Ромодановського на Лівобережжі, які своїми провокаційними та відверто ворожими акціями стосовно гетьманського уряду розв'язали українсько-російську війну 1658–1659 рр.
Офіційно війну було оголошено сторонами одна одній у вересні 1658 р. Тоді український уряд уклав Гадяцький договір з Польщею, який фіксував відмову Війська Запорозького від підданства царю та видав маніфест до «володарів Європи» із поясненням причини війни з Росією, а цар видав грамоту від 21 вересня із закликом усунути неугодного Москві главу Української держави й оголошенням про початок воєнних дій проти гетьманських військ.
Регулярні воєнні дії можна умовно розділити на три етапи. Перший етап війни охоплює події кінця вересня – середини грудня 1658 р. На початку цього етапу військам І. Нечая вдається вибити російські гарнізони з ряду міст Білорусії.
Близько 20 жовтня в Україну вступило 20-тисячне російське військо на чолі з кн. Ромодановським із завданням встановити військовий контроль Росії над південними і центральними районами Лівобережжя та забезпечити переобрання на місце Виговського підконтрольного Москві гетьмана. Солдати та вірні царю козаки оволоділи рядом українських міст.
Оскільки на Лівобережжі козацькі полки напередодні зими були розпущені по домівках, воєводі вдалося швидко оволодіти Говтвою, Миргородом, Лубнами та іншими містами. Незважаючи на присутність в обозі Ромодановського представників антигетьманської опозиції, яку після смерті М. Пушкаря та Я. Барабаша (його було захоплено гетьманцями в полон та страчено наприкінці літа 1658 р.) очолили С. Донець, Силка, І. Безпалий та син Пушкаря – Кирик, російські війська поводяться як на цілковито ворожій землі. Від їхніх рук зазнають пограбувань і знищень цілий ряд населених пунктів та навіть православний Лубенський Мгарський монастир.
Жорстокі бої розгортаються під Пирятином і Варвою, де відсіч Ромодановському організовують наказний гетьман Григорій Гуляницький, полковники Петро Дорошенко, Оникій Силич та генеральний обозний Іван Скоробагатько. Не зумівши здолати козацькі полки, перед наступом зими царський воєвода виводить свої війська на прикордонну з Бєлгородщиною територію, завершуючи таким чином першу фазу українсько-російської війни.
Гетьман Виговський, доручивши полковникам Г. Гуляницькому, П. Дорошенку та О. Силичу зв'язати боєм військо Ромодановського в районі Пирятина, сам вирушив під Київ з метою вибити звідти російський гарнізон, що значно зміцнило б його тили. Проте поразка гетьманських військ 30 жовтня під Києвом та облога Ромодановським козацьких військ у Варві зруйнували всі плани гетьмана і поставили його на межу поразки.
Щоб зберегти вірні гетьманському уряду боєздатні частини, Виговський уклав перемир'я з київським воєводою Шеремєтєвим та послав до Москви посольство з проханням пробачити його «провини» перед престолом, запевняючи у своїй вірності царю. Це перемир'я сприяло зняттю кн. Ромодановським облоги Варви та відступу його до Лохвиці.
Не маючи достатніх сил розгромити гетьманські війська у Варві, кн. Ромодановський у другій половині листопада ініціював обрання підконтрольними йому козаками альтернативного Виговському гетьмана для Лівобережної України, започаткувавши тим самим руйнівну для української державності традицію багатогетьманства.
Проте сил, достатніх для вирішальної перемоги, у жодної із сторін на середину грудня 1658 р. не було. Тому і гетьманський, і царський уряди для перелому ситуації на свою користь взимку 1658–1659 рр. активно готувались до введення в бій нових сил. Москва провела часткову мобілізацію (збір даточних людей у військо з усієї держави за указом від 13 листопада), а Чигирин закликав на допомогу іноземні війська (татарські й польські) [10, 58].
Другий етап війни тривав з середини грудня 1658 р. до другої половини березня 1659 р. Під час зимової перерви гетьман Виговський намагається змусити польське керівництво надіслати йому на допомогу коронні війська, веде активні переговори з цього ж приводу з кримським ханом. Крім того, пробує витіснити російські залоги з лівобережних земель й укріпити північні кордони. Зокрема, сюди відправляється наказний сіверський гетьман Г. Гуляницький на чолі Ніжинського та Чернігівського полків (всього близько 4 тис. козаків).
Але як виявилося згодом, уже з початком нової кампанії, цього було катастрофічно мало. Адже московське керівництво після отримання вістей щодо досягнення українсько-польського порозуміння зуміло укласти мир зі Швецією і завдяки цьому перекинути на український театр бойових дій просто таки величезну армію. За одними підрахунками, в розпорядженні князя О. Трубецького, котрому було доручено ведення війни з І. Виговським, було близько 100 тис. вояків, за іншими – 150, а ще за іншими – 200 тис. війська (хоча остання цифра, зрозуміло, не може бути об’єктивною) [10, 59].
У грудні 1658 р., перегрупувавши свої війська, гетьманський уряд перехопив ініціативу: головні російські окупаційні війська опинились заблокованими у Лохвиці. Отримавши підкріплення з Польщі і Криму, Виговський негайно вирушив на Лівобережжя з метою відновити частково втрачений контроль над тими частинами Полтавського, Миргородського і Лубенського полків, в яких уже порядкували російські гарнізони.
Вся зима і перша половина березня 1659 р. пройшли у постійних сутичках гетьманських і російських військ у прикордонних районах та періодичних – під Києвом. Під час походу гетьманському уряду вдалось відновити контроль над більшістю територій зазначених полків. Ряд міст цього регіону, зазнавши грабунків та утисків з боку росіян, добровільно здались гетьманським військам. Але вирішальної переваги над силами опозиціонерів і російськими військами на Лівобережжі Виговський домогтися не зміг, оскільки в їх руках залишалось 10 українських міст. Протягом усього цього періоду сторони, з одного боку, активно готувались переломити ситуацію на свою користь військовими засобами, а з іншого – практикували подвійну дипломатію, постійно заявляючи про наміри мирно врегулювати конфлікт.