За умов польсько-шляхетського панування козацька держава не набула остаточної довершеності й перебувала то у відкритому, то в прихованому протиборстві із центральною владою. Але за різних колізій чітко простежувалася тенденція до незалежності козацького краю від Речі Посполитої. Внутрішній устрій козацтва став зародком нової Української держави. Вона не могла постати раптово й в готовому вигляді. Для цього були потрібні час, відповідні умови й соціальна сила, здатна консолідувати народ навколо національно-державницької ідеї. Цю роль і перебрало на себе козацтво після того, як національна аристократія здебільшого відмовилася від боротьби за створення незалежної Української держави й пішла на співпрацю з урядами Литви та Польщі.
Відомо чимало козацьких повстань, які поряд з руйнівними мали також державотворчі цілі. Вже під час виступу козаків під проводом Криштофа Косинського особливе занепокоєння польських властей викликали спроби запорожців закріпити за собою визволену територію. На ній козаки почали запроваджувати козацький устрій, міняти владу, приводити до присяги місцеве населення, у тому числі й шляхту. Державотворчі ідеї ширилися, розвивалися, охоплювали дедалі більше населення й ставали небезпечними для державної єдності Речі Посполитої. Особливо відчутною стала ця небезпека для польського уряду під час повстання Северина Наливайка. Повстанці мали намір створити незалежну від Речі Посполитої Українську республіку на чолі з князем. Вона мала охоплювати запорізькі й лівобережні українські землі. З'явилися навіть проекти її устрою. Але в тогочасних умовах вони не могли здійснитися.
Боротьба козацтва проти татарсько-турецької агресії
З початку свого існування Запорізька Січ перебрала на себе державну функцію захисту України. Здебільшого це здійснювалося не тільки без допомоги, а навіть всупереч волі уряду Речі Посполитої, який тим самим підставляв під постійні удари татарських орд Україну. Недалекоглядно татари плюндрували українські, а козаки — татарські землі У 70-х роках XVI ст. Запорізька Січ боролася переважно за визволення Молдавії від турецького поневолення. Всупереч урядовій забороні Кіш Запорізький у березні 1574 р. спорядив на допомогу повсталому молдавському народові 12 сотень козаків на чолі з гетьманом Іваном Свирговським (Сверчевським). Прибуття запорожців активізувало визвольний рух молдаван. Спільно з козаками вони розгромили велике турецьке військо під Фокшанами, визволили столицю Волощини Бухарест, фортеці Бреїла й Бендери. Але у битві під Кагулом 10 червня 1574 р. молдавсько-козацьке військо зазнало поразки. Тяжко поранений Свирговський потрапив у полон і був страчений турками. Майже одночасно з цими подіями козацький загін отамана Покотила захопив Акерман і кілька менших придністровських замків. Успішніше діяв запорізький отаман, молдаванин за походженням, Іван Підкова, який раніше не знав поразок від «нечестивців». Разом з патріотично настроєними молдаванами він у 1577 р. розгромив військо султанського ставленика Петра Мірчича і 31 листопада взяв Ясси й став молдавським господарем. Але наступного року під натиском турецьких військ Підкова почав відступати на Запоріжжя, у Немирові потрапив до рук польської шляхти й на вимогу султана був прилюдно страчений у Львові. Побратими перевезли його прах на Запоріжжя й поховали у Канівському монастирі.
З другої половини 70-х років XVI ст. активізуються морські походи козаків проти Кримського ханства й Туреччини. Запорізька Січ створила власний чорноморський флот, який успішно протистояв флоту наймогутнішої на Чорному морі держави. Умілі майстри за два тижні видовбували з колод човен завдовжки приблизно 45 стіп і завширшки 10 — 12 стіп з нарощеними бортами. З обох кінців човна прилаштовували стерна, що дозволяло йому рухатися назад і вперед, не розвертаючись. Щоб човен добре тримався на плаву, обабіч прикріплювали в'язки очерету. Ставили щоглу для вітрил, 10 — 12 пар весел, і човен під назвою «чайка» був готовий до плавання. Кожна чайка вміщала 50 — 70 чоловік, які поперемінне веслували, її навантажували сухарями, борошном, в'яленим м'ясом, салом, боєприпасами й невеличкими гарматами. Козацькі чайки легко маневрували й могли вільно долати морський простір. Запорожці використовували також трофейні турецькі галери та інші плавальні засоби. Виробилася ефективна тактика ведення морських боїв з турецькими галерами.
Січовики на чолі з відважними проводирями здійснювали успішні комбіновані походи сушею й морем у татарські та турецькі володіння. Легендарною славою було овіяне ім'я Богдана Ружинського. Він походив з великокнязівської родини Гедиміновичів, мав чималі маєтності у Ружині Волинського воєводства, міг жити безтурботно й розкішно. Але, уболіваючи за Україну та її людей, молодий княжич залишив хороми й пішов захищати Батьківщину. В 60-х — на початку 70-х років XVI ст. він не раз відбивав татарські загони від Поділля й Волині, визволяв з полону бранців, стояв насмерть у прикордонних містах-фортецях. У балансуванні між життям і смертю Ружинський зблизився з козаками, переконався у животворній силі бойового побратимства, мужності й лицарстві славного січового товариства. Він залишає державну службу, відправляється на Запоріжжя, здобуває тут визнання прославлених запорізьких рубак, стає кошовим отаманом і заслуговує загальнонародне визнання й шану. Саме на Запоріжжі його воєнний талант розкривається з повною силою. Народ, напевне, недаремно з любов'ю називав його «Богданко». Дізнавшися про похід кримських татар на Русь і Польщу, Ружинський у жовтні 1575 р. завдав нищівного удару Кримському ханству. Запорожці прорвалися за Перекоп, вогнем і мечем пройшлися усім Кримським півостровом. Ніхто не міг їх зупинити. Козаки руйнували все на своєму шляху, без жалю розправлялися з чоловіками й жінками, зі старими й малими. Потім дісталися малоазійського узбережжя Чорного моря, взяли Трапезунд, Синоп, настрахали Константинополь і повернулися на Запоріжжя. Тут вони дізналися про намір турків блокувати козацький край від Чорного моря системою оборонних споруд і рушили вниз по Дніпру прорубувати шлях на Південь. Запорожці зруйнували фортецю Іслам-Кермен, але від вибуху в зробленому ними підкопі загинув і їхній уславлений ватажок. Про причини лютої ненависті Ружинського до татар і турок сучасники нічого не говорять. Тільки народна дума трохи піднімає завісу над цим:
Ой Богдане, запорозький гетьмане,
Та чому ж ти ходиш в чорнім оксамиті?
Гей, були ж у мене гості, гості татарове,
Одну нічку ночували,
Стару неньку зарубали,
А миленьку собі взяли.
Таких героїчних вояків зі зламаною долею було безліч. І діяли вони не за холодним розрахунком, а за покликом зраненого серця й болю душі, не вагаючися жертвували власним життям заради кращої долі свого народу.
У 1576 р. козаки разом з ратниками А. Верьовкіна знову штурмували Іслам-Кермен. Потім самостійно промишляли під Козловом (нині Євпаторія) і Кафою, ходили до Трапезунда та Синопа. В 1586 р. січовики розгромили татарські чамбули в пониззі Дніпра, наблизилися до Очакова й захопили місто. Морем дісталися до Козлова, спалили фортецю й чимало турецьких галер, витримали запеклий бій з татарами, потім попливли до Білгорода, знищили турецький загін і з тріумфом повернулися на Томаківську Січ. Успішні дії запорожців на півдні привернули увагу російського уряду, і на початку 90-х років він неодноразово робить спроби залучити їх на свою службу. Однак далі координації спільних дій проти татар справа не пішла. Це не завадило козацтву в його подальшій боротьбі з Кримським ханством.
Козацько-селянські повстання у другій половині XVI ст. У другій половині XVI ст. польська й литовська шляхта посилила експансію на українські землі, особливо ті, які почали колонізувати у так званому Дикому полі «уходники» і запорожці. Але тут їхні інтереси зіткнулися з інтересами як маси козацтва, так і вільних поселенців, добре озброєних, загартованих у безперервних сутичках з нападниками й завжди готових захищати свої землі й права зброєю. Навіть реєстрові козаки, покликані душити народне невдоволення, й ті включалися в боротьбу українського народу проти надмірних податків, експлуатації й свавілля урядовців. У 1582 р. реєстровці скаржилися польському королю на те, що місцеві воєводи й старости вигадували їм часті «шарварки» і «коляди», стягували великі податки, захоплювали майно померлих, без видимих причин заарештовували й кидали до в'язниць багатьох козаків. Неодноразово реєстровці самі розправлялися з такими можновладцями, а потім відправлялися на Запоріжжя. Поступово такі виступи набули масовішого й загрозливішого характеру.