Колчак, как непосредственный участник русско-японской войны, умный и очень способный офицер, извлёк из опыта этой войны немало полезных для своей последующеё деятельности уроков, относящихся к строительству военно-морского флота и подготовке его к боевым действиям на море. Острое желание исправить серьёзные ошибки, допущенные руководством российского флота при подготовке к войне с Японией и в ходе этой трагической для русского флота войны, стало главным направлением его деятельности после её окончания.
В 1906 году в Петербурге при морской академии по инициативе группы молодых офицеров, среди которых был лейтенант Колчак, с разрешения Морского министерства был создан на добровольных началах военно-морской кружок. Руководителем этого кружка вскоре стал Александр Колчак, который, не смотря на свою молодость, пользовался большим авторитетом среди офицеров флота как боевой офицер и заслуженный учёный, исследователь Арктики.
Весной 1906 года члены военно-морского кружка направили морскому министру докладную записку, в которой весьма убедительно обосновывалась необходимость создания в России Морского Генерального штаба как высшего органа оперативно-стратегического управления российским флотом. Морской министр, согласившись с аргументацией кружковцев, доложили её царю вместе с разработанным ими проектом организации Морского Генерального штаба. Николай ΙΙ согласился с доводами молодых офицеров флота, и в апреле 1906 года в России был создан Морской Генеральный штаб.
21 декабря 1907 года с обстоятельным докладом на тему, «Какой нужен России флот» на заседании военно-морского кружка при морской академии выступил колчак. Он исторически обосновал необходимость для России, как крупной морской державы, иметь сильный военно-морской флот, способный надёжно защитить её морские границы. В своём докладе Колчак считал линейные корабли – главной силой флота.
Точка зрения Колчака соответствовала официальным взглядам Морского генерального штаба и нашла свое практическое отражение в кораблестроительных программах Российского военно-морского флота.
Доклад, прочитанный Колчаком, произвёл сильное впечатление на членов кружка и приглашённых гостей, и по их просьбе морской министр И.М. Диков разрешил Колчаку выступить с этим докладом перед различными общественными организациями, имевшими отношение к флоту. Голос молодого и талантливого офицера, представителя Морского Генерального штаба, прозвучал в петербургском клубе общественных деятелей, в кронштадтском обществе офицеров флота, в обществе ревнителей военных знаний и даже на заседании в Государственной думе, где бы не вступал Колчак со своими докладами, он производил сильное впечатление на слушателей своей убеждённостью, логичностью мысли, ясностью изложения материала и убедительностью приведённых доказательств в виде исторических примеров и параллелей. Даже явные скептики, прослушав выступление молодого офицера и учёного, меняли своё отношение к флоту и после этого начинали поддерживать идею его возрождения.
Вокруг разработанной Морским Генеральным штабом программы, представленной в Морское министерство, развернулась непонятная "мышиная" возня. Под различными предлогами руководители Морского министерства не давали программе хода. Немалую роль в интригах вокруг программы играли адмиралы, заседавшие в Главном Морском штабе и всячески мешавшие работе молодых талантливых офицеров, усилиями которых и была разработана эта программа.
Бесконечные проволочки с кораблестроительной программой, не позволявшие начинать постройку новых кораблей, крайне необходимых для флота, возмущали многих офицеров Морского Генерального штаба, особенно тех, кто над ней трудился. К числу таких офицеров относился и капитан 2-го ранга А.В. Колчак, больше всех поработавший над ее составлением и обоснованием. В знак протеста он решил уйти из Морского Генерального штаба и вообще с военно-морской службы и целиком посвятить себя научной деятельности в Академии наук, где его хорошо знали как крупного и авторитетного специалиста в области гидрологии полярных морей.
Отойдя от активной деятельности в Морском Генеральном штабе, но, оставаясь на военно-морской службе, он занялся преподавательской деятельностью в Морской академии и подготовкой к проведению новых полярных экспедиций по линии Академии наук.
Сам А.В. Колчак не учился в Морской академии и не имел академического образования, но благодаря постоянному и целеустремленному самообразованию после окончания Морского корпуса его знания в области военно-морских дисциплин, особенно оперативно-тактических, и практический опыт, полученный в этой области, были настолько обширными и глубокими, что командование Морской академии сочло полезным пригласить его на должность профессора. Для молодого офицера было весьма лестно получить это приглашение, и он дал свое согласие.
По предложению начальника Главного гидрографического управления, известного полярного исследователя генерал-лейтенанта А. И. Велькицкого Колчак приступил к подготовке экспедиции по изучению возможности прохода судов вдоль побережья Сибири из Тихого в Атлантический океан.
После окончания строительства Колчак в марте 1909 года был назначен командиром "Вайгача", командование "Таймыром" было поручено тоже морскому офицеру – опытному полярнику Ф. А. Матисену. В 1909 году оба корабля совершили переход из Петербурга во Владивосток через Средиземное море и Суэцкий канал.
Зимой 1911 года Колчак вернулся в Петербург и сразу же занялся кораблестроительной программой, которая благодаря энергичным действиям нового морского министра адмирала И. К. Григоровича в 1911 году, наконец, была утверждена. По этой программе были заложены десятки новых кораблей, предназначенных для Балтийского и Черноморского флотов, но все они оказались на стапелях, когда разразилась первая мировая война.
Когда А.В. Колчак завершил свою работу над составлением кораблестроительной программы и разработкой оперативного плана развертывания Балтийского флота на случай войны с Германией, он в 1912 году получил приглашение от командующего морскими силами Балтийского моря вице-адмирала Н. О. Эссена перейти служить в Балтийский флот на должность флаг-капитана по оперативной части. Колчак охотно принял предложение Эссена и, получив разрешение морского министра адмирала И. К. Григоровича, в апреле 1912 года перешел служить в Балтийский флот.
В марте 1914 года Колчак был произведен в капитаны 1-го ранга и целиком переключился на выполнение своих основных обязанностей по должности начальника оперативного отделения штаба командующего Балтийским флотом.
31 июля 1914 года, накануне объявления Германией войны России, отряд минных заградителей под прикрытием эскадры выставил на центральной позиции свыше 2,100 мин, поставленных в 8 линий в течение 4 часов. Это была прекрасная и вовремя выполненная операция. Командующий флотом и его помощник по оперативной части Колчак, как участники русско-японской войны, прекрасно помнили, к каким последствиям привело внезапное нападение японского флота на русскую эскадру в Порт-Артуре, и сделали все для того, чтобы не допустить ничего подобного в случае внезапного нападения германского флота на русскую эскадру в Финском заливе.
Таким образом, начавшаяся 1 августа 1914 года первая мировая война не застала русский Балтийский флот врасплох, как это было в русско-японскую войну.
Находясь в Балтийском флоте, Колчак исполнял различные штабные и командные должности. Руководил оперативным отделением штаба флота, командовал эскадренным миноносцем и минной дивизией, возглавлял крупное оперативное соединение флота – морские силы Рижского залива. Руководил и принимал личное участие в боевых действиях флота при решении им различных задач, проявив себя в высшей степени храбрым и решительным офицером, не боявшимся ответственности за принятые решения. Это был человек, который не останавливался ни перед какими преградами и трудностями ради достижения намеченной цели. За отличие по руководству боевыми действиями кораблей и соединений и проявленную при этом храбрость в бою А. В. Колчак был награжден несколькими боевыми орденами, в том числе высшим – Георгиевским крестом 4-й степени.
Черноморский флот на третьем году войны (начало июля 1916 года) в лице вице-адмирала А.В. Колчака получил хорошо подготовленного во всех отношениях командующего, способного решить стоявшие перед флотом задачи.
Прибыв в Севастополь и приняв дела у Эбергарда, Колчак довольно быстро разобрался в обстановке на театре и выработал план действий Черноморского флота по решению возложенных на него задач. А обстановка здесь летом 1916 года сложилась довольно напряженная. Германские крейсера продолжали выходить из Босфора и обстреливать русские порты и побережье на Чёрном море.
Вступив в командование Черноморским флотом, вице-адмирал А.В. Колчак сразу же дал почувствовать противнику, да и своим подчиненным, что он не собирается отсиживаться в Севастополе, как его предшественник, а будет самым решительным образом вести борьбу с германскими крейсерами, подводными лодками и перевозками противника и надежно защищать свои морские сообщения.
Под его командованием Черноморский флот добился наибольших успехов за все время войны и внес ощутимый вклад в развитие военно-морского искусства, особенно в таких областях, как выполнение блокады проливной зоны, действия по нарушению коммуникаций противника, организация противолодочной обороны на театре и совместные действия армии и флота. За достигнутые успехи в руководстве боевой деятельностью Черноморского флота в кампанию 1916 года вице-адмирал А. В. Колчак был награжден орденом Святого Станислава 1-й степени с мечами.
3. Революция.
Революционные события на Черноморском флоте нарастали настолько стремительно, что Колчаку со всем его авторитетом как командующему флотом затормозить, а тем более приостановить этот процесс не удалось. В одном из своих частных писем Колчак писал: "За 11 месяцев моего командования я выполнил главную задачу. Я осуществил полное господство на море, ликвидировав деятельность даже неприятельских подлодок". И это действительно так. Однако то, что было под силу выдающемуся флотоводцу в войне на море, оказалось ему не под силу в борьбе с революционными матросскими массами, которые устали от войны и хотели как можно скорее покончить с ней. Но этого не хотели Временное правительство и их командующий вице-адмирал Колчак. Поэтому на митингах и собраниях они потребовали отстранения вице-адмирала А.В. Колчака и его начальника штаба контр-адмирала М.И. Смирнова от занимаемых должностей, а всему офицерскому составу флота предложили сдать свое личное оружие. Затем произошел конфликт Колчака с Севастопольским советом, заявившим о намерении контролировать приказы командующего флотом. Колчак такое принять не мог. Расстроенный Колчак, вернувшись на свой флагманский корабль "Георгий Победоносец", собрал на верхней палубе команду и вновь попытался убедить матросов в том, что их требования приведут к гибели флота и России, а что касается своего личного оружия, то он им никогда его не отдаст.