Государыня сразу энергично взялась за решение текущих дел. Во внешней политике было положено начало созданию так называемой Северной системы, которая состояла в том, чтобы северные некатолические государства: Россия, Пруссия, Англия, Швеция, Дания и Саксония, плюс католическая Польша, объединились против Австрии и Франции. Первым шагом к реализации проекта считали заключение договора с Пруссией. К договору прикладывались секретные статьи, по которым оба союзника обязывались действовать заодно в Швеции и Польше, чтобы не допустить их усиления. Течение дел в Польше особенно заботило Екатерину и Фридриха. Прежний король Август III умер еще в 1763 году. Фридрих и Екатерина задались сложной задачей посадить на польский престол своего ставленника. Императрице хотелось, чтобы это был ее прежний любовник граф Понятовский. Добиваясь этого, она не остановилась ни перед подкупом депутатов сейма, ни перед введением русских войск в Польшу. Вся первая половина года прошла в активной пропаганде русского ставленника. 26 августа Понятовский был избран польским королем. Екатерина велела Понятовскому поставить вопрос о правах диссидентов.
Понятовский писал своему послу в Петербурге Ржевускому: "Приказания, данные Репнину (русскому послу в Варшаве), ввести диссидентов и в законодательную деятельность республики, суть громовые удары и для страны, и для меня лично. Если есть какая-нибудь человеческая возможность, внушите императрице, что корона, которую она мне доставила, сделается для меня одеждою Несса: я сгорю в ней и конец мой будет ужасен». Репнин в Варшаве принужден был действовать со всей возможной твердостью. Интригами, подкупом и угрозами, введением русских войск в предместья Варшавы и арестом наиболее упрямых противников Репнин добился своего 9 февраля 1768 года. Однако в скорее по всей Польше начали вспыхивать антидиссидентские конфедерации, бунты православных. В разгар восстания один из гайдамацких отрядов переправился через пограничную речку Колыма и разграбил татарское местечко Галту. Едва об этом стало известно в Стамбуле, как дипломатические отношения разорваны - началась русско-турецкая война.
Получив вдруг на руки две войны, Екатерина нисколько не смутилась. Воодушевление императрицы передалось ее окружению. Уже на первом заседании Совета 4 ноября решено было вести войну не оборонительную, а наступательную. Военные действия начались в 1769 году. Армия генерала Голицына перешла через Днепр и взяла Хотин. Но Екатерина осталась недовольна его медлительностью и передала верховное командование Румянцеву, который вскоре овладел Молдавией и Валахией, а также побережьем Азовского моря с Азовом и Таганрогом. В 1771 году генерал Долгоруков прорвался через Перекоп в Крым и захватил крепости Кафу, Керчь и Еникале. Хан Селим-Гирей бежаал в Турцию. Новый хан Сагиб-Гирей поспешил заключить с русскими мир. На этом активные действия закончились и начались длительные переговоры о мире, опять вернувшие Екатерину к польским делам.
Военные успехи России возбудили зависть и опасения в соседних странах, прежде всего в Австрии и Пруссии. Недоразумения с Австрией дошли до того, что громко заговорили о возможности войны с ней. 25 июля 1772 года последовало соглашение трех держав-дольщиц, по которому Австрия получала всю Галицию, Пруссия - западную Пруссию, а Россия - Белоруссию. Уладивши за счет Польши противоречия с европейскими соседями, Екатерина могла приступить к турецким переговорам.
В начале 1772 года при посредстве австрийцев договорились начать в июне мирный конгресс с турками в Фокшанах. Уполномоченными с русской стороны были назначены граф Григорий Орлов и прежний русский посол в Стамбуле Обрезков. Казалось, ничего не предвещало конца 11-летней связи императрицы с фаворитом, а между тем звезда Орлова уже закатилась. Тем временем Орлов встретил в Фокшанах непреодолимые препятствия к заключению мира. 18 августа Орлов прервал переговоры и удалился в Яссы, в штаб-квартиру русской армии. Здесь и застала его весть о страшной перемене, последовавшей в его судьбе. Орлов бросил все и на почтовых помчался в Петербург, надеясь еще вернуть себе утраченные права. В ста верстах от столицы его остановил приказ императрицы: Орлову предписывалось отправиться в свои имения и не выезжать оттуда до истечения карантина (он ехал с территории, где свирепствовала чума).
1773 и 1774 годы выдались для Екатерины хлопотливыми: поляки продолжали сопротивляться, турки не хотели мириться. Дорогостоящая война продолжалась, а между тем новая угроза надвинулась с Урала. В сентябре поднял восстание Емельян Пугачев. В октябре он уже настолько усилился, что начал осаду Оренбурга. Императрица с беспокойством обратила внимание на возникающее бедствие.
Сердечные дела у Екатерины тоже не ладились. Известно, что в своих фаворитах Екатерина искала не только любовников, но и помощников в деле правления. Из Орловых ей удалось, в конце концов, сделать недурных государственных деятелей. С Васильчиковым повезло меньше. Однако в запасе оставался другой претендент, который уже давно нравился Екатерине - Григорий Потемкин. Ему суждено было стать самым известным и могущественным фаворитом Екатерины. За считанные месяцы он сделал головокружительную карьеру. В мае его ввели в члены Совета, в июне пожаловали в графы, в октябре произвели в генерал-аншефы, а в ноябре наградили орденом Андрея Первозванного. Он руководит внутренней и внешней политикой и заставляет Чернышева уступить ему место председателя военной коллегии.
10 июля 1774 года мирный договор с Турцией наконец был заключен и подписан на следующих условиях: 1) независимость татар; 2) Керчь и Еникале в Крыму отходят России; 3) России отходит замок Кинбурн и степь между Бугом и Днепром; 4) свободное мореплавание купеческим судам через проливы; 5) 4,5 милн рублей контрибуции. Но одновременно все более и более тревожные вести приходили с востока. Пугачев уже был разбит два раза. Он бежал, но бегство его казалось нашествием. Никогда его успехи не были ужаснее, чем летом 1774 года, никогда мятеж не свирепствовал с такой силой. Возмущение переходило от одной деревни к другой, от провинции к провинции. Эти горестные известия произвели в Петербурге глубокое впечатление и омрачили радость от окончания Турецкой войны. Только в августе Пугачев был окончательно разбит и пленен. 10 января 1775 года его казнили в Москве.
Что касается польских дел, то 16 февраля 1775 года Сейм наконец принял закон об уравнении диссидентов в политических правах с католиками. Таким образом, несмотря на все препятствия, Екатерина довела до конца это тяжелое дело и закончила с успехом три кровопролитные войны - две внешние и одну внутреннюю.
Пугачевское восстание вскрыло серьезные недостатки существующего областного управления: во-первых, прежние губернии представляли слишком обширные административные округа, во-вторых, эти округа были снабжены слишком недостаточным количеством учреждений со скудным личным составом, в-третьих, в этом управлении смешивались различные ведомства: одно и то же ведомство ведало и административными делами, и финансами, и судом уголовным и гражданским. С целью устранить эти недостатки в 1775 году Екатерина начала губернскую реформу. Прежде всего, она ввела новое областное деление: вместо 20 обширных губерний, на которые делилась тогда Россия, теперь вся империя была разделена на 50 губерний. В основание губернского деления принято было исключительно количество населения. Губернии Екатерины - это округа в 300-400 тысяч жителей. Они подразделялись на уезды с населением в 20-30 тысяч обывателей. Каждая губерния получила однообразное устройство, административное и судебное. При Екатерине "Учреждение" было постепенно распространено на большую часть России. Особенно гордилась Екатерина приказом общественного призрения и совестным судом, учреждениями выборными и хорошо задуманными, но не оправдавшими возлагавшихся на них надежд. В связи с губернской реформой стояли меры Екатерины относительно центрального управления: ряд коллегий был за ненадобностью упразднен, другие склонялись к упадку; особое значение получил генерал-прокурор; подготовлялось торжество министерского начала. К просветительным мерам, в которых Екатерина хотела быть на уровне века, принадлежит учреждение Воспитательных домов и женских институтов, имевших целью создать "новую породу людей", а также выработка особой комиссией широкого, но слабо осуществленного плана народного образования.
В 1780 году Екатерина не возобновила союза с Пруссией и сблизилась с Австрией; Иосиф II имел с Екатериной два свидания (1782 и 1787). Последнее из них совпало со знаменитым путешествием Екатерины по Днепру в Новороссию и Крым.
Важное значение имели указ о вольных типографиях, устав благочиния созданных в 1782 году, содержавший много гуманных идей и нравственных сентенций, наконец, жалованные грамоты дворянству и городам (1785), оформившие положение дворянского класса и городских обществ, давшие обоим самоуправление, а за дворянством закрепившие, наряду с сословно корпоративной организацией, преобладающее значение в государстве.
Вопреки требованиям многих дворян в эпоху комиссии, было сохранено начало выслуги дворянства, т. е. сохранен его некастовый характер. Гораздо хуже обстояло дело с крестьянским вопросом. Екатерина не предприняла существенных мер к улучшению крестьянского быта; она закрепила за дворянством право на владение населенными имениями, хотя и не дала отчетливого определения крепостного права; в редких случаях она карала помещиков-истязателей и вменяла в обязанность наместникам пресекать "тиранство и мучительство", но, с другой стороны, умножила число крепостных щедрыми пожалованиями населенных имений своим сотрудникам и фаворитам и распространением крепостного права на Малороссию, вообще все более и более, после уничтожения гетманства, утрачивавшую свою самобытность и вольность.