Обмеження автономії України посилювалося також створенням російським урядом і діяльністю Спеціальних органів для управління Гетьманщиною.
В 1663—1721 рр. в Україні діяв Малоросійський приказ як один із відділів державного органу Російського царства — Посольського приказу для відання українськими справами. Через Малоросійський приказ царський уряд підтримував зв’язки з українським керівництвом, здійснював контроль за політико-адміністративною діяльністю гетьманської адміністрації та царських воєвод в Україні.
Діяли в Україні також відділи колегії іноземних справ (1727—1734, 1750—1764). Їх метою було включити більше українських земель до складу Російської імперії.
Прямим порушенням автономних прав України було створення Малоросійської колегії. Перша Малоросійська колегія (1722—1727) діяла в складі президента, шести членів присутності, прокурора, канцеляристів. Усі члени М. К. призначалися імператором або Сенатом з числа російських офіцерів і цивільних службовців. Перебувала в Глухові. У цивільних справах підлягала Сенатові, у військових — головнокомандуючому російськими військами в Україні. Після смерті Петра І припинила свою діяльність.
Друга Малоросійська колегія (1764—1786) — вищий виконавчо-розпорядчий орган влади в системі малоросійського генерал-губернатора, створений 10 листопада 1764 р. після ліквідації гетьманства. Перебувала в м. Глухові. До складу колегії, крім чотирьох українських урядовців, входило четверо українців із числа генеральної старшини. Президентом було призначено графа П. Румянцева, який був водночас генерал-губернатором України і головнокомандуючим її збройними силами. Діяльність колегії була спрямована на остаточну ліквідацію залишків політичної автономії України. Формально колегія проіснувала до 1786 р.
В місцевому управлінні Україна гетьманської доби мала, як і в роки Визвольної війни, полковий устрій. Полки Правобережної України після 1667 р., як потрапили під владу Речі Посполитої, припинили своє існування. На Слобожанщині полки були створені в середині 50-х років XVII ст. Гетьману вони фактично не підпорядковувалися, а залежали від бєлгородських воєвод, а також Розрядного і Посольського приказів у Москві. Проіснували до 1765 р., коли Катерина ІІ своїм маніфестом ліквідувала слобідське козацтво.
В Лівобережній Україні після Андрусівського перемир’я 1667 р. залишилося 10 полків — Гадяцький, Київський, Лубенський, Миргородський, Ніжинський, Переяславський, Полтавський, Прилуцький, Стародубський та Чернігівський. Вони існували до остаточної ліквідації царським урядом на початку 80-х років XVIII ст. полкового устрою в Україні.
1775 року відповідно до “Учреждения о губерниях” Лівобережна та Слобідська Україна були поділені на намісництва на чолі з намісниками, які здійснювали адміністративно-поліцейські функції, функції губернатора, віце-губернатора і двох радників. 1796 року указом “Про новий поділ держави на губернії” намісництва були ліквідовані.
Необхідно зазначити, що Запорозька Січ також зазнала змін у правовому становищі. Формально за умовами Андрусівського договору 1667 р. вона підпорядковувалася Росії і Речі Посполитій. 1686 року Польща відмовилася від своїх прав на Запорожжя відповідно до умов договору — “Вічного миру”. Москва визнала права Запорозької Січі на самоврядування та на прийняття втікачів. Запорожжя зберегло давні традиції. Найвищим органом влади та управління була Військова рада, в якій брали участь усі козаки. Головним виконавчим органом був Кіш на чолі з кошовим отаманом. До складу кошової старшини входили писар, суддя, осавул, обозний і хорунжий.
Зверніть увагу на етапи скасування царизмом Запорозької Січі. В травні 1709 року царський уряд вирішив ліквідувати Запорозьку Січ за “зраду”. 14 травня російські війська захопили Січ, зруйнували січові укріплення, вивезли артилерію. На р. Кам’янка частина запорожців заснувала Січ, але царські війська зайняли і цю територію і витіснили запорожців.
1711 року частина запорожців з дозволу кримського хана заснувала Олешківську Січ. Того ж, 1711 р. запорожцям було дозволено заснувати Нову Січ на р. Підпільній, яка стала центром запорозького війська, місцем перебування військової старшини.
Контроль за Запорожжям здійснював київський генерал-губернатор.
У руслі загальної тенденції наступу на українську автономію 1753 року вийшов царський указ про заборону виборів кошового отамана та старшини на Січі. Після завершення російсько-турецької війни 1769—1774 рр. Запорожжя втрачає значення російського форпосту від нападів татар. За наказом Катерини ІІ у травні 1775 року російські війська на чолі з угорським генералом Текелі вдерлися на Січ. Запорозька Січ була ліквідована, а її територія приєднувалася до Новоросійської губернії. Катерина ІІ 3 серпня 1775 року підписала маніфест про ліквідацію Запорозької Січі. Навіть сама назва “запорозький козак” віднині заборонялася.
Адміністративний розподіл півдня України розвивався відповідно до загальноросійської політики уніфікації місцевого управління. Царський уряд залучає сюди іноземців для освоєння земель. З’являються територіальні утворення: Нова Сербія, Слав’яносербія, Новослобідський козацький полк. Указом царя від 22 березня 1764 року Нова Сербія в Новослобідський козацький полк були перетворені у Новоросійську губернію. Управління губернією складалося з двох департаментів — військового та цивільного.
З 1775 року все Північне Причорномор’я поділялося на дві губернії — Новоросійську та Азовську. 1783 року на землях кримського ханства було створено Таврійську область з центром у Сімферополі, а з Азовської та Новоросійської губерній було утворене Катеринославське намісництво. У січні 1795 р. було створено Вознесенську губернію, яка в листопаді стала намісництвом. Але намісництва незабаром були ліквідовані указом Павла І “Про новий поділ держави на губернії” від 12 грудня 1796 р[8].
Зазначимо, що суспільний лад українських земель у складі Росії також зазнав змін.
В умовах покозачення української шляхти під час національно-визвольної війни українського народу соціальне відокремлення козацької старшини привело до створення такого аристократичного прошарку, як знатне військове товариство. Його верхівку складало бунчукове товариство — генеральна старшина.
Значкове товариство також входило до “знатних товаришів”. Це — полкова старшина. Ще одна привілейована верства — військове товариство, до якого належали ті, хто не потрапив у перші дві категорії. Це товариство було підпорядковане військовій канцелярії.
Всі ці категорії верхівки козацтва мали привілеї у підсудності, володінні великими земельними ділянками, у можливості отримувати різні посади в Генеральному уряді, мали виключне право на заняття промислами, на оптову торгівлю, на звільнення від сплати податків, повинностей, мита тощо. В Глухівських статтях 1669 р. цар підтвердив вольності і привілеї української верхівки, які вона отримала від Богдана Хмельницького.
1764 року генеральна козацька старшина царським указом отримала права російського дворянства, а 1783 р. вся українська шляхта була зрівняна в правах з російським дворянством, що було підтверджено жалуваною грамотою дворянству у 1785 році.
До знатного товариства за соціальним статусом наближалося біле духовенство, величезні привілеї мало й чорне духовенство. Зростали земельні володіння монастирів, які швидко багатіли. 1685 року Київська митрополія підпорядковується Московському патріарху, але це не порушило наданих привілеїв.
Для козацтва правовою основою його стану була військова служба. Постійну службу несли реєстрові козаки, якими почали вважати всіх козаків після 1654 року.
Рядові козаки також мали певні привілеї: звільнялися від податків, військових постоїв, підлягали тільки козацькій адміністрації, а також мали права на промисли, на виготовлення алкогольних напоїв для власного споживання. У XVIII ст. почалося інтенсивне розшарування козацького стану. З’являються такі категорії: підпомічники — козаки, які втратили своє господарство. Вони виконували повинності, як і селяни, хоча й менші. Підсусідники — вихідці зі збіднілих козаків, селян і городян. Вони не мали власності і наймитували в заможних козаків. У разі, коли хтось із підсусідників розбагатів, то закон дозволяв переходити такому до заможної верстви.
У Запорозькій Січі також відбувалася майнова диференціація козацтва. Старшина перетворювалася на великих землевласників. Козацькі низи — голоту і сіромах — після ліквідації Запорозької Січі було переведено в розряд селян-однодворців, на яких покладався подушний податок і яким заборонялося переселятися з місця на місце.
В становищі селян відбуваються значні зміни. Якщо після 1654 року правове становище селян і козаків було майже однаковим, навіть дозволявся перехід з одного стану до іншого, то поступово селяни закріплюються за землею і виконують повинності на користь власника. Гетьманськими універсалами козацькій старшині, монастирям надавалися земельні володіння разом з селянами. Універсали підтверджувалися царською адміністрацією і зобов’язували селян віддавати або частину врожаю, або сплачувати податки (“чинш”) за користування землею. 1701 року Мазепа видав універсал, яким поряд з існуючим порядком вводилася вже панщина. Селяни мусили також сплачувати податок на користь державі — “стацію”, — який йшов на утримання війська і сплачувався або грошима, або в натуральній формі. При цьому не встановлювалася конкретна одиниця оподаткування. Окремо сплачувався податок на утримання гетьманської адміністрації — “показенщина”. Це — встановлене мито на виробництво і продаж горілки, продаж тютюну, дьогтю тощо[9].