| FAT | FAT32 | NTFS | |
| Системы, её поддерживающие | DOS, Windows9Х, NT всех версий | Windows98, NT5 | NT4, NT5 |
| Максимальный размер тома | 2 Гбайт | практически неограничен | практически неограничен |
| Макс. число файлов на томе | примерно 65 тысяч | практически не ограничено | практически не ограничено |
| Имя файла | с поддержкой длинных имен - 255 символов, системный набор символов | с поддержкой длинных имен - 255 символов, системный набор символов | 255 символов, любые символы любых алфавитов (65 тысяч разных начертаний) |
| Возможные атрибуты файла | Базовый набор | Базовый набор | всё, что придет в голову производителям программного обеспечения |
| Безопасность | нет | нет | да (начиная с NT5.0 встроена возможность физически шифровать данные) |
| Сжатие | нет | нет | да |
| Устойчивость к сбоям | средняя (система слишком проста и поэтому ломаться особо нечему :)) | плохая (средства оптимизации по скорости привели к появлению слабых по надежности мест) | полная - автоматическое восстановление системы при любых сбоях (не считая физические ошибки записи, когда пишется одно, а на самом деле записывается другое) |
| Экономичность | минимальная (огромные размеры кластеров на больших дисках) | улучшена за счет уменьшения размеров кластеров | максимальна. Очень эффективная и разнообразная система хранения данных |
| Быстродействие | высокое для малого числа файлов, но быстро уменьшается с появлением большого количества файлов в каталогах. результат - для слабо заполненных дисков - максимальное, для заполненных - плохое | полностью аналогично FAT, но на дисках большого размера (десятки гигабайт) начинаются серьезные проблемы с общей организацией данных | система не очень эффективна для малых и простых разделов (до 1 Гбайт), но работа с огромными массивами данных и внушительными каталогами организована как нельзя более эффективно и очень сильно превосходит по скорости другие системы |
Хотелось бы сказать, что если ваша операционная система - NT (Windows 2000), то использовать какую-либо файловую систему, отличную от NTFS - значит существенно ограничивать свое удобство и гибкость работы самой операционной системы. NT, а особенно Windows 2000, составляет с NTFS как бы две части единого целого - множество полезных возможностей NT напрямую завязано на физическую и логическую структуру файловой системы, и использовать там FAT или FAT32 имеет смысл лишь для совместимости - если у вас стоит задача читать эти диски из каких-либо других систем.