В 1989 году широкое распространение получили вирусы DATACRIME, которые начиная с 12 октября разрушали файловую систему, а до этой даты просто размножались. Эта серия компьютерных вирусов начала распространяться в Нидерландах, США и Японии в начале 1989 года и к сентябрю поразила около 100 тысяч ПЭВМ только в Нидерландах (что составило около 10 % от их общего количества в стране). Даже фирма IBM отреагировала на эту угрозу, выпустив свой детектор VIRSCAN, позволяющий искать характерные для того или иного вируса строки (сигнатуры) в файловой системе. Набор сигнатур мог дополняться и изменяться пользователем.
В 1989 году появился первый «троянский конь» AIDS.Вирус делал недоступными всю информацию на жёстком диске и высвечивал на экране лишь одну надпись: «Пришлите чек на $189 на такой-то адрес». Автор программы был арестован в момент обналичивания чека и осуждён за вымогательство.
Также был создан первый вирус, противодействующий антивирусному программному обеспечению — TheDarkAvenger. Он заражал новые файлы, пока антивирусная программа проверяла жёсткий диск компьютера.
Начиная с 1990 года проблема вирусов начинает принимать глобальный размах.
В начале года выходит первый полиморфный вирус — Chameleon. Данная технология была быстро взята на вооружение и в сочетании со стелс-технологии (Stealth) и бронированием (Armored) позволила новым вирусам успешно противостоять существующим антивирусным пакетам. Во второй половине 1990 года появились два стелс-вируса — Frodo и Whale. Оба вируса использовали крайне сложные стелс-алгоритмы, а 9-килобайтный Whale к тому же применял несколько уровней шифровки и антиотладочных приёмов.
В Болгарии открывается первая в мире специализированная BBS, с которой каждый желающий может скачать свежий вирус. Начинают открываться конференции Usenet по вопросам написания вирусов. В этом же году выходит «Маленькая чёрная книжка о компьютерных вирусах» Марка Людвига.
На проблему противостояния вирусам были вынуждены обратить внимание крупные компании — выходит SymantecNortonAntivirus.
Начало 1991 года отмечено массовой эпидемией полиморфного загрузочного вируса Tequila. Летом 1991 появился первый link-вирус, который сразу же вызвал эпидемию.
1992 год известен как год появления первых конструкторов вирусов для PC — VCL (для Amiga конструкторы существовали и ранее), а так же готовых полиморфных модулей (MtE, DAME и TPE) и модулей шифрования. Начиная с этого момента, каждый программист мог легко добавить функции шифрования к своему вирусу. Кроме того, в конце 1992 появился первый вирус для Windows 3.1 — WinVer.
В 1993 году появляется всё больше вирусов, использующих необычные способы заражения файлов, проникновения в систему и т. д. Основными примерами являются: PMBS, работающий в защищённом режиме процессора Intel 80386. Shadowgard и Carbuncle, значительно расширившие диапазон алгоритмов компаньон-вирусов. Cruncher — использование принципиально новых приёмов сокрытия своего кода в заражённых файлах.
Выходят новые версии вирусных генераторов, а так же появляются новые (PC-MPC и G2). Счёт известных вирусов уже идёт на тысячи. Антивирусные компании разрабатывают ряд эффективных алгоритмов для борьбы с полиморфными вирусами, однако сталкиваются с проблемой ложных срабатываний.
В начале 1994 года в Великобритании появились два крайне сложных полиморфик-вируса — SMEG.Pathogen и SMEG.Queeg. Автор вирусов помещал заражённые файлы на станции BBS, что явилось причиной настоящей эпидемии и паники в средствах массовой информации. Автор вируса был арестован. В январе 1994 года появился Shifter — первый вирус, заражающий объектные модули (OBJ-файлы). Весной 1994 был обнаруженоSrcVir, семейство вирусов, заражающих исходные тексты программ (C и Pascal). В июне 1994 года началась эпидемия OneHalf.
В 1995 году появляется несколько достаточно сложных вирусов (NightFall, Nostradamus, Nutcracker). Появляются первый «двуполый» вирус RMNS и BAT-вирус Winstart. Широкое распространение получили вирусы ByWay и DieHard2 — сообщения о заражённых компьютерах были получены практически со всего мира. В феврале 1995 года случился инцидент с beta-версией Windows 95, все диски которой оказались заражены DOS-вирусом Form.
В 1995 году официально вышла новая версия Windows 95. На пресс-конференции, посвящённой её выходу, Билл Гейтс заявил, что с вирусной угрозой теперь покончено. Действительно, на момент выхода Windows была весьма устойчива к имеющимся DOS вирусам. Однако уже в августе появляется первый вирус для MicrosoftWord (Concept), который за несколько недель распространился по всему миру.
В 1996 году появился первый вирус для Windows 95 — Win95.Boza. В марте 1996 года на свободу вырвался Win.Tentacle, заражающий компьютеры под управлением Windows 3.1. Эта была первая эпидемия, вызванная вирусом для Windows. Июль 1996 отмечен распространением Laroux — первого вируса для MicrosoftExcel. В декабре 1996 появился Win95.Punch — первый резидентный вирус для Win95. Он загружается в систему как VxD-драйвер, перехватывает обращения к файлам и заражает их.
В феврале 1997 года отмечены первые макровирусы для Office97. Первые из них оказались всего лишь «отконвертированными» в новый формат макровирусами для Word 6/7, однако практически сразу появились вирусы, ориентированные только на документы Office97. Март 1997: ShareFun — макровирус, поражающий MSWord 6/7. Для своего размножения использует не только стандартные возможности MSWord, но также рассылает свои копии по электронной почте MS-Mail. Он по праву считается первым mail-червём. В июне появляется и первый самошифрующийся вирус для Windows 95.
В апреле 1997 года появляется и первый сетевой червь, использующий для своего распространения FileTransferProtocol (ftp). Так же в декабре 1997: появилась новая форма сетевых вирусов — черви mIRC.
Начало 1998 года отмечено эпидемией целого семейства вирусов Win32.HLLP.DeTroie, не только заражавших выполняемые файлы Win32, но и способных передать своему «хозяину» информацию о заражённом компьютере.
Февраль 1998: обнаружен ещё один тип вируса, заражающий формулы в таблицах Excel — Excel4.Paix. В марте 1998 года появился и AccessiV — первый вирус для MicrosoftAccess, также в марте был обнаружен и Cross — первый вирус, заражающий два различных приложения MSOffice: Access и Word. Следом за ним появились ещё несколько макровирусов, переносящих свой код из одного Office-приложения в другое.
В феврале-марте 1998 отмечены первые инциденты с Win95.HPS и Win95.Marburg, первыми полиморфными Win32-вирусами. В мае 1998 началась эпидемия RedTeam, который заражал EXE-файлы Windows, и рассылал заражённые файлы при помощи электронной почты Eudora.
В июне началась эпидемия вируса Win95.CIH (из-за даты активации 26 апреля также известного как «Чернобыль»), ставшая самой разрушительной за все предшествующие годы. Вирус уничтожал информацию на дисках и перезаписывал FlashBios, что вызвало физические неисправности у сотен тысяч компьютеров по всему миру.
В августе 1998 появилась широко известная утилита BackOrifice (Backdoor.BO), применяемая для скрытого администрирования удалённых компьютеров и сетей. Следом за BackOrifice были написаны несколько других аналогичных программ: NetBus, Phase и прочие.
Также в августе был отмечен первый вирус, заражающий выполняемые модули Java — Java.StangeBrew. Этот вирус не представлял какой-либо опасности для пользователей Интернет, поскольку на удалённом компьютере невозможно использовать необходимые для его размножения функции. Вслед за ним в ноябре 1998 появился и VBScript.Rabbi. Интернет-экспансия скриптовых вирусов продолжилась тремя вирусами, заражающими скрипты VisualBasic (VBS-файлы), которые активно применяются при написании Web-страниц. Как логическое следствие VBScript-вирусов стало появление полноценного HTML-вируса (HTML.Internal).
1999 год прошёл под знаком гибридного вируса Melissa, побившего все существовавшие на тот момент рекорды по скорости распространения. Melissa сочетал в себе возможности макровируса и сетевого червя, используя для размножения адресную книгу Outlook. Правоохранительные органы США нашли и арестовали автора Melissa. Им оказался 31-летний программист из Нью Джерси, Дэвид Л. Смит. Вскоре после ареста Смит начал плодотворное сотрудничество с ФБР и, учтя это, федеральный суд приговорил его к необычно мягкому наказанию: 20 месяцам тюремного заключения и штрафу в размере 5 000 долл. США.
В апреле был найден и автор вируса CIH (он же «Чернобыль»), которым оказался студент Тайваньского технологического института Чень Инхао (CIH — его инициалы). Однако, из-за отсутствия жалоб на действия вируса со стороны местных компаний, у полиции не было оснований для его ареста.
Также в 1999 году был отмечен первый macro-вирус для Corel — Gala. в начале лета 1999 грянула эпидемия Интернет-червя ZippedFiles. Этот червь интересен тем, что являлся первым упакованным вирусом, получившим широкое распространение в «диком» виде.
Начало нового тысячелетия принесло с собой новые глобальные эпидемии сетевых вирусов. Так в 2001 году было зафиксировано свыше 37000 хакерских атак (для сравнения в 2000 - около 22000) и несколько крупных сетевых эпидемий. Особо крупные эпидемии спровоцировали вирусы AnnaKournikova, SirCam, CodeRed и Nimda, ущерб от них перевалил за отметку в 13 миллиардов долларов.
В 2002 году цифра ущерба удвоилась и составила по некоторым оценкам от 20 до 30 миллиардов. В этом году было зафиксировано 12 крупных и 34 менее значительных вирусных эпидемии. В абсолютном большинстве из них были виноваты "почтовые черви" (96,4% всех зарегистрированных инцидентов) - вредоносные программы, способные самостоятельно распространяться в компьютерных сетях при помощи электронной почты. По данным аналитической компании MessageLabs, в 2002 году количество вирусов, пересылаемых по электронной почте, удвоилось и вирус содержался в каждом 200-м письме. Глядя на такие темпы развития событий, некоторые специалисты в сфере компьютерной безопасности, в частности руководитель антивирусных исследований " Лаборатории Касперского" Евгений Касперский, предсказывали в 2003 году конец интернета: "Современный Интернет находится на завершающей стадии своего жизненного цикла, еще немного - и он просто умрет", - говорил Евгений Касперский. Такие слова известного компьютерного вирусолога были подкреплены не только статистикой динамики сетевых эпидемий, но и появлением в этом году алгоритмов, позволяющих создавать сетевых червей с очень высокой скоростью распространения (flash-червей) - настолько высокой, что порог эпидемии мог достигаться за несколько секунд. И все же интернет выжил, хотя и пережил в 2003 году 9 крупных вирусных эпидемий и 26 менее значительных. Именно в этом году произошли 2 крупнейшие эпидемии в истории тогдашнего интернета. Первая - атака червя Slammer (Helkern), который 25 января 2003 года в течение нескольких минут заразил сотни тысяч компьютеров по всему миру и вывел из строя несколько отдельных национальных сегментов интернета. Этот призрачный вирус не создавал тела на диске, а лишь присутствовал в памяти машины. Финансовый ущерб от Slammer составил 1,25 миллиарда долларов. Другой нашумевший червь - Lovesan (Blaster) - появился в сети 12 августа. Он проникал через брешь в системе безопасности Windows, а это говорит о том, что в те дни практически каждый пользователь интернета подвергался атаке со стороны Lovesan. Эта эпидемия обошлась миру в 400 миллионов долларов. Но Helkern и Lovesan не долго носили корону лидерства среди сетевых вирусов. В 2004 году произошли две эпидемии, которые смело можно назвать крупнейшими за всю историю сети интернет - распространение почтового червя MyDoom.a (январь-февраль 2004 г.) и сетевого червя Sasser.a (май 2004 г.).