25 червня 1776 р. конвой з семи чоловік, секунд-майор А. Пузирев-ський, унтер-офіцер і п'ятеро солдатів — повезли Калнишевського з Москви до Архангельська. Вони прибули туди 11 липня 1776 р. і, най-нявши за двадцять карбованців пароплав у купця Вороніхіна, переправилися на Соловки — разом з додатковою охороною; сержантом і трьома рядовими, котрих виділив архангельський губернатор Є. Головцин для посилення нагляду за в'язнем. Отже, Петра Калнишевського охороняли в морському плаванні, крім екіпажу, десять військовослужбовців царської армії.
ЗО липня настоятель Соловецького монастиря Досифей доповів у Синод, що він прийняв арештанта Калнишевського для утримання його згідно з царським указом. Тут, у нелюдських умовах, судилося останньому кошовому проіснувати 27 років,
Не може бути, що Калнишевський повернувшись до Гетьманки після того, як було зруйновано Січ, подався згодом до цариці, як сказано в легенді. Стосовно Катерини II у нього не було ілюзій, він добре знав ціну «монаршої ласки». Зрештою, вже арештований, він міг би звернутися до неї з проханням про помилування, з каяттям, і ймовірно, що цариця могла б зайвий раз продемонструвати своє «людинолюбне серце», «простила б» 86-річного дідугана. Калнишевський не зробив цього ані під час арешту, ані під час 25-річного ув'язнення. Ймовірно, що він був заарештований восени 1775 р. за спробу відродити Січ десь в іншому місці. Ні, не покірною жертвою царської сваволі був Петро Калнишевський, а мужнім і свідомим борцем за кращу долю України, і це, на мою думку, вивищує його героїчну постать у наших очах. Про нього можна сказати словами Т. Шевченка:
«Караюсь, мучусь, але не каюсь!»
Звичайно, він був дитям свого часу, обстоював інтереси козацької верхівки, ігноруючи вимоги сіроми, про це свідчать кілька повстань і заворушень на Січі під час його правління і замах на його життя козаків Щарбинівського куреня 1770 р. Важко було догодити всім та ще й керувати свавільною волелюбною громадою, яку являв собою Кіш Запорозький.
Петро Калнишевський був багатою людиною, володів 16 тис. голів худоби. Під час арешту в його зимівниках та хуторах було описано 639 коней, 1076 голів великої рогатої худоби, 14045 овець, 2175 пудів збіжжя. За своє життя він фінансував будівництво п'яти церков на Роменщині, в Межигірському монастирі біля Києва, на Запорожжі, робив їм та монастирям багаті дарунки.
Є в Роменському краєзнавчому музеї коштовне Євангеліє, яке Петро Калнишевський подарував церкві свого рідного села Пустовійтівка. Про цей подарунок останнього кошового отамана Запорозької Січі знає цілий світ.
Свого часу вартість його була 600 карбованців золотом (за коня давали не більше п'яти). Більше пуда срібла пішло на оправу, довжина якої понад 62 см, ширина—32 см, товщина—10 см. Виготовив його київський майстер Іван Равич. Ось як описує цей шедевр у книзі «Українське золотарство» М. 3. Петренко: «Споріднену з народним мистецтвом орнаментику має срібна оправа Євангелія з дарчим написом останнього кошового отамана Запорозької Січі Петра Калнишевського, яке зберігається в Роменському краєзнавчому музеї (інвентарний номер 8803). Тут ми бачимо орнаментальні мотиви (розетки, пагінці рослин), дуже близькі до прикрас Покровської церкви села Сорочинці, а також Преображенського собору в селі Мгар на Полтавщині. Наріжники чільної сторони оправи Євангелія зроблені у формі овальних вінчиків, характерних для київських оправ. Простір між клеймами орнаментований оригінальними стеблами стилізованої трави й аканта. Дуже цікаві прикраси спідньої дошки. Наприклад, пуклі тут виконані у вигляді майолікових розеток, типових для будов України XVIII ст. Між дрібненьким стилізованим листям розсипані купками сніжинки. Корінець прикритий орнаментальною сіткою з густого плетива лози».
А дарчий напис вигравійовано в нижній частині передньої обкладинки: «Сія книга Євангелія іздєлана коштом войска Запорожского низового судії військового Петра Івановича Калнишевського». 1760 р., коли виготовлено пам'ятку, Калнишевеький ще був суддею — вперше кошовим отаманом він став 1762 р., а до «судійства» він тривалий час був військовим осавулом.
Будучи кошовим, він збудував на батьківщині в Пустовійтівці церкву Святої Трійці. Збереглися документи: «В духовну протопопію роменську управу доповідь. Війська запорозького низового пан кошовий отаман Петро Іванович Калниш, в селі відомства протопопи роменської Пустовійтівці, в якому він, пан кошовий, народився, від свого кошту власного знову дерев'яну, в ім'я пресвятої Трійці церкву на місті вольному збудували...» «...В духовну роменську управу доповідь. Відомства протопопії роменської, в приході троїцькім пустовійтівськім закладена в минулому 1773 р. дерев'яна церква, на місці напівзруйнованої, знову будувалася всім коштом до єдиної останньої потреби цього села Пусто-війтівки уроженця, Січі кошового отамана Петра Калниша і збудована вже до самих верхів».
З наведених документів видно, що Петро Калниш вдруге фондував будівництво церкви.
Після Великої Вітчизняної війни церкву перебудували на клуб. Нині залишки її перебувають у занедбаному стані, вона конче потребує відбудови й реставрації.
1929 р. доктор мистецтвознавства професор С. Таранушенко дослідив Троїцьку церкву в Пустовійтівці — змалював і зробив креслення, сфотографував (на сьогодні збереглося 5 фотокарток). Фахівці вважають цей храм, споруджений 1773 р., одним з шедеврів української архітектури.
На кошти Петра Калнишевського збудовано й грандіозну дерев'яну Покровську церкву в Ромнах, освячену 1770 р. Як встановив краєзнавець Ф. І. Сахно, її споруджували, починаючи з 1764 р., майстри теслярського цеху містечка Смілого І. Босик, М. Руденко, С. Дзюба, Т. Тертишник, Т. Лихола з помічниками — цих зодчих нарадив Петру Кални-шевському його брат Семен, священик Миколаївської церкви в Смілому, котру вони перед цим спорудили. Покровську церкву будували шість років, датування її 1764 р. викликає сумнів, бо на той час Петро Калнишевеький кошовим не був, а став ним наступного року. Як вважає головний архітектор Філадельфійського університету (США), куратор виставки і автор її каталогу «Дерев'яні храми України. Шедеври архітектури» (Нью-Йорк, 1987) Тит Геврик: «Найвизначнішою спорудою Полтавщини була церква св. Покрови, ЗО метрів заввишки, в Ромнах (1764), збудована на замовлення останнього кошового Запорозької Січі Петра Калнишевського і Д. Чорного (над головними дверима церкви було вирізано напис: «...сооружен храм се во имя Покрова Богоматері коштом й старанием воиск запорожским кошевого благородного гидина Петра Калнишевського й Давида Чорного в лето...»). Побоюючись, що російська царська адміністрація її зруйнує, 1908 р. стародавню церкву перенесли до Полтави, де вона згоріла 1941 р. під час другої світової війни.
На будову церкви св. Покрови вплив мала архітектура тодішніх київських мурованих церков. Провідний спеціаліст у галузі народного й професійного українського зодчества Тит Геврик із США так оцінює цей шедевр: «Одним з найкращих зразків іконостасів був у церкві св. Покрови в Ромнах (скульптор С. Шалматов, 1768—1773). Він був виконаний винятково розкішно в стилі рококо, типовому для українського сницарства (різьблення по дереву), середини XVIII ст. Іконостас з чотирьох рядів був настільки високий, що деталі його верхівки, увінчаної скульптурною композицією Отця небесного серед хмар і путтів, ледве можна було розглядіти з землі. В третьому ряді цього іконостасу були дерев'яні статуї на консолях св. Захарії, св. Аарона, св. ІоаннаХрестителя і св. Євангеліста. В першому (намісному) ряді були чотири статуї з липового дерева, розміром на три чверті повного зросту; Там були св. Миколай, Діва Марія, Ісус Христос і Покрова Пресвятої Богородиці. На половинках царських воріт було вирізьблено сцену Благовіщення, а над нею — голуба, символ святого Духа. Цю композицію завершувало зображення міста з лівобережною дерев'яною церквою та Розп'яття, увінчане короною. Над бічними дверима іконостасу також були вміщені корони».
Про унікальність цього витвору можна судити хоча б з того, що видатний майстер С. Шалматов працював над ним майже п'ять років, тоді як у середньому робота над великим бароковим іконостасом забирала від двох до трьох років. Чому ж російсько-царська адміністрація і церковні власті мали намір знищити Покровську церкву в Ромнах? Либонь тому, що була вона надто вже українська, козацька — такий собі символ славного минулого краю. Під керівництвом урядовців єпархії Російської Православної церкви ще до 1917 р. було знищено або перероблено багато старих храмів. Ще 1803 р. Синод РПЦ заборонив будівництво рублених церков українського типу. Російська церковна влада також заборонила прикрашати іконостас скульптурами, коронованою Дівою Марією (це стосувалося й придорожніх каплиць) — ці особливості української церкви були, на думку царських і церковних властей, неправославними, схизматичними, отже, небажаними.
Петро Калнишевський мав що втрачати, однак усе одно не примирився з царською сваволею і підступністю.
А в Україні тим часом окупанти ділили здобич — загарбані землі Коша Запорозького. По 100 тис. десятин пожалувала цариця Потьомкіну і князю Прозоровському, генерал-прокурор князь Вяземський, один з авторів антикозацького маніфесту, одержав 200 тис. десятин землі, на якій колись знаходилася і сама Запорозька Січ, перейменована на Покровську фортецю. Згодом ці землі стали власністю німецького барона Штігліца. Решту земель поділили між новоспеченими й «столбовими» дворянами, офіцерами царської армії, поміщиками та іноземними переселенцями-колоністами.
Доля ж Калнишевського стала таємницею для всіх, за винятком царського двору, причетного до його арешту і ув'язнення. Колишні запорожці склали легенду про те, що їхній останній кошовий втік до Туреччини, там одружився і навіть мав сина. Інша ж легенда розповідає, що Калнишевський оселився на Дону, про це ж свідчить і тогочасна пісня: