Во вспыхнувшем конфликте Сталина поддерживали Каменев и Зиновьев. Столкновения проявились еще при обсуждении последних ленинских работ. Именно Троцкого просил Ленин о защите монополии внешней торговли на пленуме ЦК, о поддержке группы грузинских коммунистов против линии Сталина-Орджоникидзе. Надо сказать, что сам Троцкий реагировал на эти просьбы достаточно уклончиво, ссылаясь на нездоровье. Эта позиция проявилась и в подписании им вместе с другими членами Политбюро, Оргбюро и Секретариата ЦК 25 января 1923 г. (на другой день после публикации ленинской статьи «Как нам реорганизовать Рабкрин», вызвавшей недовольство аппаратчиков) секретного циркуляра губкомам партии, в котором подчеркивались болезнь Ленина и его отход от повседневной партийной жизни.
Между тем в партии разворачивалась дискуссия. Учитывая авторитет Троцкого, Политбюро предложило создать согласительную комиссию для разработки резолюции о партийном строительстве. 5 декабря комиссия в составе Зиновьева, Сталина и Троцкого после долгих споров приняла согласованный текст. Несмотря на болезнь (простудился на охоте в конце октября и проболел до весны 1924 г.), Троцкий опубликовал в «Правде» четыре статьи под общим названием «Новый курс». Здесь он развивал свои мысли о проблеме внутрипартийной демократии в условиях советской системы, пытаясь опереться на резолюцию Политбюро. Признавая необходимость недопущения других партий в период диктатуры пролетариата, Троцкий вместе с тем доказывал, что сам запрет фракции не решает существо вопроса. Главную опасность он видел в бюрократизме, в аппаратном режиме, поэтому настаивал на том, что «руководящие партийные органы» должны прислушиваться «к голосу широких партийных масс, не считать всякую критику проявлением фракционности», что не партия для аппарата, а аппарат «ею избирается и от нее не должен отрываться».
Новый этап дискуссии вспыхнул осенью 1924г.,после выхода в свет третьего тома сочинений Троцкого, где были собраны статьи и речи 1917 г., а в качестве предисловия предлагалась статья «Уроки Октября». Автор доказывал свое единство с Лениным в тот период, а главными противниками в партии называл Каменева и Зиновьева.
Безусловно, эта историческая работа имела «прозрачную» политическую сверхзадачу. Поэтому немедленно после ее выхода из печати началась широкомасштабная кампания, в которой подавляющее большинство участников интересовало не выяснение исторической истины, а возможность нанести ответный удар. Особенно усердствовали Каменев и Зиновьев. Они организовывали требования исключить Троцкого из руководящих органов и даже из партии. Против этого выступил Сталин, «гений аппаратных игр», представший перед партией в ореоле миротворца и получавший политическую выгоду от взаимных обвинений трех других партийных вождей. В январе 1925 г. Троцкий согласился подать заявление пленуму ЦК об освобождении его «от обязанностей председателя Революционного военного совета». Троцкий был снят с поста наркомвоенмора и председателя Реввоенсовета, Его сторонник К. Б. Радек прокомментировал дискуссии шутливой эпиграммой: «Опасные делишки — писать в России книжки. Ты, Лева, тиснул зря «Уроки Октября». В мае 1925 г. Троцкого сделали председателем концессионного комитета, председателем научно-технического управления ВСНХ.
Но жизнь готовила еще один поворот. Одержав победу, раскалывается «тройка». Сталин поддерживает в это время Бухарина, считавшего возможными новые уступки крестьянству, преимущественное развитие в ближайшие годы легкой промышленности. Каменев и Зиновьев обвиняют их, прежде всего Бухарина, в недооценке «кулацкой опасности», в «правом уклоне». Вместе с тем они ставят под сомнение возможность победы социализма в одной стране, «последовательно социалистический» характер государственных предприятий, вспоминают о требовании Ленина снять Сталина с поста генсека. Открытое столкновение происходит в декабре 1925 г. на XIV съезде ВКП(б).
Теперь Сталин меняется. Сначала осторожно, а потом все смелее и смелее сбрасывая с себя маску "скромного" старого большевика, которого партия "заставила" нести тяжелое бремя генсека, он все более явно проявлял стремление пробраться в пантеон великих людей, не брезгуя никакими средствами. Уже свой пятидесятилетний юбилей он превратил в настоящее "коронование на царство". Тысячи самых подлых, гнусных, холуйски-раболепных резолюций, приветствий от масс, состряпанных вымуштрованным партийным, профсоюзным и советским аппаратом, адресованных "дорогому вождю", "лучшему ученику Ленина", "гениальному теоретику". Десятки статей в "Правде", в которых многие авторы объявляли себя учениками Сталина –таков основной фон юбилея.
Наконец, "историческая" статья Сталина в "Пролетарской революции" окончательно и со всем цинизмом обнаруживает его истинные намерения. Переделать историю так, чтобы Сталин занял в ней "подобающее" ему место великого человека – вот сокровенный смысл статьи Сталина.
Как Луи Бонапарт клялся перед палатой в верности конституции и одновременно подготовлял провозглашение себя императором, так и Сталин в борьбе с Троцким, а потом и с Зиновьевым и Каменевым заявлял, что он борется за коллективное руководство партии, что "руководить партией вне коллегии нельзя, что "руководить партией без Рыкова, Бухарина, Томского невозможно", что "крови Бухарина мы вам не дадим", что "политика отсечения противна нам", и одновременно подготовлял бескровный переворот, производя отсечение одной группы за другой и подбирая в аппарат ЦК и в секретари губкомов и обкомов лично верных ему людей.
Постепенно организационные меры в отношении Троцкого становились все жестче. 23 октября 1926 г. объединенный Пленум ЦК и ЦКК вывел его из состава Политбюро, где тот давно уже не играл активной роли. Ровно через год новый пленум исключил Троцкого и Зиновьева из членов ЦК. К борьбе с оппозицией Сталин привлекает органы ОГПУ.
14 ноября 1927 г. Троцкий и Зиновьев были исключены из партии. Через пять дней покончил самоубийством многолетний друг Троцкого А. А. Иоффе. На его похоронах на Новодевичьем кладбище Троцкий произнес последнюю публичную речь. Со 2 по 19 декабря проходил XV съезд ВКП(б). Выступления представителей оппозиции — Раковского, Каменева, Муралова — сопровождались неумолчным шумом зала, негодующими выкриками. Парадокс состоял в том, что завтрашние антисталинцы, такие как А. И. Рыков, М. Н. Рютин, предлагали выбросить оппозицию в «мусорную яму истории», угрожали «в ближайшее время... увеличить... население тюрем». Съезд исключил из партии около ста ведущих оппозиционеров, дав сигнал к расправе на местах. В различные города страны были высланы крупнейшие деятели оппозиции. Оправдалось предсказание одного из сторонников Троцкого (расстрелянного в августе 1936 г.) С. В. Мрачковского: «Сталин обманет, а Зиновьев убежит». Уже через несколько месяцев Каменев и Зиновьев полностью признали свою вину перед партией и были возвращены в Москву. Их примеру последовали и многие другие. Это не спасло их всех от новых поношений в ближайшие годы, а затем и уничтожения.
Наряду с некоторыми другими несгибаемыми оставался Троцкий. 17 января 1928 г. его с женой и сыновьями доставили на Ярославский вокзал.Поокружной дороге поезд вышел на среднеазиатское направление. Конечной целью была Алма-Ата. Здесь Троцкий провел около года. В январе 1930 г. его знакомят с постановлением коллегии ОГПУ (от 18 января 1929 г.), которое предусматривало высылку Троцкого из СССР за провоцирование антисоветских выступлений и подготовку вооруженной борьбы против Советской власти.
Между тем Сталин предпринимает новый этап политических репрессий. Начавшись в 1928 г. прежде всего с ударов по старой интеллигенции, теперь репрессии все сильнее обрушиваются на бывшую партийную оппозицию. Троцкий, его деятельность становятся для ОГПУ—НКВД необходимым компонентом для предъявляемых обвинений. Всех арестованных обвиняли, как правило, в «троцкизме», в пропаганде его идей, связях с Троцким, выполнении его указаний, замыслах контрреволюционного переворота. В советской печати Троцкий становится зловещим символом самых гнусных замыслов империализма и фашизма в отношении СССР. Политики, журналисты, карикатуристы соревнуются между собой в поисках самых уничижительных эпитетов, должных показать ничтожество и черноту души Троцкого. Нет преступления, в котором бы его не обвинили. К этой травле привлекаются зарубежные коммунистические партии, используются дипломатические каналы. В 1932 г. Троцкого лишают советского гражданства.
Все 30-е годы Троцкий не прекращал политической деятельности в тех пределах, которые были ему доступны. Прежде всего это была литературная работа. Как журналист и публицист он был необычайно плодовит. Кроме автобиографической книги «Моя жизнь» он пишет «Что же такое перманентная революция?» (вышла в 1930 г. в Берлине). Тогда же выходит двухтомная «История русской революции». Появляются работы «Сталинская школа фальсификаций», «Преданная революция», «Их мораль и наша», биографии Ленина и Сталина. С 1929 г. выходит «Бюллетень оппозиции», с которым он постоянно сотрудничает.
Если в 1932 г. он писал, что главное — «убрать Сталина», то в 1936 г. приходит к выводу, что проблема гораздо серьезнее: «Устранение Сталина лично означало бы сегодня не что иное, как замену его одним из кагановичей, которого советская печать в кратчайший срок превратила бы в гениальнейшего из гениальных». И далее: «Дело идет... о том, чтобы изменить самые методы управления хозяйством и руководства культурой», подчеркивая необходимость «второй... революции». Он указывал на то, что «сталинизм и фашизм, несмотря на глубокое различие социальных основ, представляют собой симметричные явления».