1 января 1869 г. Александр2 утвердил новое «Положение о Военном министерстве», в котором верховное начальство над всеми сухопутными силами империи сосредоточивалось в особе государя-императора.
Военное министерство по новой структуре состояло из Императорской Главной квартиры и Военно-походной канцелярии его величества, Военного совета, Главного военного суда, Канцелярии Военного министерства, Главного штаба, 7 главных управлений (вместо отдельных департаментов) – интендантского, артиллерийского, инженерного, военно-медицинского, военно-учебных заведений, и регулярных войск, военно-судного. В состав министерства вошли также Военно-ученый комитет, управления генерал инспектора кавалерии, инспектора стрелковых батальонов и комитета о раненых. При военном совете было образовано 5 главных комитетов: военно-кодификационный, по устройству и образованию войск, военно-учебный, военно-госпитальный и военно-тюремный. К Военному министерству был причислен также главный священник армии и флота.
Реформы, начатые в 60-х гг., коснулись и Генерального штаба. Основная цель преобразования его состояло в том, чтобы Генеральный штаб охватил все отрасли штабной службы. В 1864 г. был упразднен гвардейский генеральный штаб.
Ранее служба офицеров, причисленных к Генеральному штабу, не давала им преимуществ. Самое большее, на что могли рассчитывать генштабисты, - это должность обер-квартирмейстера корпуса. В большинстве же случаев они назначались дивизионными квартирмейстерами (обер-офицерская должность, на которую допускались сначала подполковники, а затем полковники). Офицеры Генерального штаба были оторваны от войск и не могли претендовать на высшее должности в армии. Переход их в строевые части, где оклады были выше, представлял определенные трудности.
Ввиду этого желающих служить в Генеральном штабе становилось все меньше. Необходимо было изменить ситуацию.
В 1865 г. вышло «Положение для Генерального штаба», дававшее право причисленным к нему офицерам занимать должности, не только относящиеся по штабу к Генеральному штабу.
По положению устанавливалось правило: прежде чем получить назначенное командиром полка, необходимо не менее года командовать отдельными частями. Это, с одной стороны приближало к войскам, а с другой, - давало более широкую возможность продвижения по службе.
В свою очередь предъявляли повышенные требования к подготовке офицеров Генерального штаба.
Д.А. Милютин добился уравнения в чинах между гвардейскими и армейскими офицерами, причисленных к Генеральному штабу.
После некоторого колебания Александр 2 утвердил представление военного министра о том, чтобы все офицеры Генерального штаба, при каких бы войсках они не стояли, имели одну общую линию производства, одинаковую гвардию чинов и носили одинаковый мундир.
Такие меры подняли значение офицера Генерального штаба, увеличилось количество желающих служить в нем, а армия, в свою очередь, получила высокообразованных офицеров в области военного дела.
Одновременно с преобразованием в центральном военном управлении проходила и реорганизация местного военного управления.
В период 1862 – 1867 г.г. была осуществлена военно-окружная реформа. Целью ее было устранить главный недостаток существовавшей в то время системы военного управления – чрезмерной централизации, сковывающей инициативу и самостоятельность руководства на местах в решении даже мелких вопросов. Приказом военного министра Милютина от 6 июли 1862г. в виде опыта в августе того же года были созданы Варшавский, Виленский, Киевский, в декабре 1862 г. Одесский и в 1864 г. Рижский военные округа.
Практически результаты создания этих первых четырех военных округов полностью предвидели целесообразность применения в России территориальной системы военного управления. 6 августа 1864 г. Александр 2 утвердил «Положение о военно-окружных управлениях», наиболее активную роль в составлении которого играли граф Гейден, тайный советник Устрялов, полковник Обручев, Якимович и Аничков. «Этим пяти лицам, - писал Милютин в своих «воспоминаниях», - считаю я себя наиболее обязанным удачным осуществлением давнишней моей мысли о военных округах».
В августе 1864 г. были образованы Казанский, Московский, Петербургский, Харьковский и Финляндский, в 1865 г. – Восточно – Сибирский, Западно – Сибирский, Кавказский и Оренбургский, в 1867 г. – Туркестанский военные округа. Таким образом вся территория империи была разделена на 15 военных округов (кроме Области войска Донского, которая находилась на особом положении). Во главе округа стоял командующий (он же генерал-губернатор).
Каждый военный округ являлся одновременно органом строевого управления и органом военно-административного устройства, сосредотачивая в своих руках все функции военного управления.
Учреждение военных округов устранило многие неудобства, тянувшиеся многие годы. При существовавших ранее порядках по каждому отделу военного хозяйства – инженерному, артиллерийскому, комиссариатскому, провиантскому, и т.д. – имелись специальные округа, обладавшие на местах незначительной властью и утверждавшие всякие мелочи в столице.
Полномочия командующего округом позволили устранить существовавшею раньше волокиту, несогласованность и споры между строевыми начальниками и хозяйственными инстанциями.
Вместе с задачами децентрализации военного управления и создания условий для оперативного развертывания частей во время войны на командующих округов возлагалось содействие гражданским властям «для сохранения порядка в крае».
В случае войны штаб округа становился штабом действующей армии.
Между тем эти преобразования встретили яростное сопротивление со стороны ряда военных деятелей. В частности, А.И. Барятинский, великий князь Николай Николаевич (старший), А.Н. Лидерс, М.Н. и Н.Н. Муравьевы выступила против введения военно-окружной системы. Они считали, что такая система приведет к подчинению «общих стратегических соображений» интересам военных округов, а в случае оборонительной войны – к кордонной стратегии.
Тем не менее в результате проведенных преобразований в 1862-1869 гг. система управления значительно приблизилась к войскам. В ведении Воинского министерства остались лишь те вопросы управления, которые имели значение для всей армии. Аппарат Военного министерства сократился почти на тысячу человек, а канцелярская переписка уменьшилась на 45%.
Сроки мобилизации армии были сокращены на 6 месяцев в 1850г. до 9 – 26 дней в 1877г. Вопросы, связанные с обороной страны, в целом решились временно создаваемыми комитетами, которые согласовывали их между Военными и морскими министерствами. В 1868 г. было утверждено новое «Положение о полевом управлении войск в военное время», позволившее устранить многие недостатки прежней организации. Оно уточняло функции главнокомандующего, освобождало его от руководства второстепенными административными вопросами и более четко определяло обязанности начальников отдельных управлений. Вместе с тем недостаточно разработан был вопрос об устройстве тыла армии, что проявилось вскоре в ходе русско-турецкой войны 1877 – 1878гг.
В начале 1873 г. Александр 2 учредил под своим личным руководством Особое совещание о стратегическом положении России и об организации армии.
Военно-судебная реформа.
Для подготовки военно-судебной реформы в конце 1862 г. бала создана комиссия из представителей военного и морского ведомств под представительством генерал-адъютанта Н.А. Крыжановского.
Разработанный этой комиссией проект основных положений военно-уголовного судопроизводства в конце 1863 г. был рассмотрен в особом совещании под представительством генерал-адмирала великого князя Константина Николаевича и в ноябре 1865 г. утвержден царем.
В течении полутора лет до мая 1867 г. разрабатывался и обсуждался военно-судебный устав. 15 мая 1867 г. устав был утвержден Александром 2 и получил силу закона. В том же году введено «Положение о военно-исправительных ротах».
Главный смысл военно-судебной реформы заключался в создании постоянных военно-судебных органов в соответствии с новой структурой армии и введении современных правил военного судопроизводства и судоустройства.
Ее основы строились на началах судебной реформы 1864 г. и Военно-судебного устава 1867 г., на принципах гласности и состязательности военного суда, на отказе от порочной системы телесных наказаний. Устанавливались три судебные инстанции: полковой, военно-окружной и Главный военный суды. Полковые суды назначались командирами частей и состояли из председателя и двух членов. В их ведении находились дела рядовых и унтер-офицеров. Предварительное следствие в этих судах не проводилось, а защитник не полагался. Приговор утверждался командиром полка. Военно-окружные суды рассматривали дела офицеров и особо важные дела рядовых и унтер-офицеров. В их состав входили председатель, постоянные и временные члены. Председатель и постоянные члены суда назначались военным министром, а временные – командующим войсками военного округа сроком на 4 месяца. Аналогичным был состав и Главного военного суда (открыт 1868 г.) с той лишь разницей, что временные члены этого суда назначались лично императором из генералов столичного гарнизона. На флоте, соответственно, вводились экипажные, военно-морские суды (при главных портах) и Главный военно-морской суд. Определялся также порядок действия военно-полевых судов в условиях военного времени.