Как известно, после революции 1917 года сношения Японской Церкви с Церковью-Матерью были прерваны, но с 1927 года, с возобновлением официальных почтовых связей с Московской Патриархией, обе Церкви, хотя и редко (за три года всего семь раз), но обменивались письмами и телеграммами. При этом, как подчеркивал Владыка Сергий (Тихомиров), Японская Церковь не интересовалась политической ориентацией Московской Патриархии или ее отдельных членов. Однако ему приходилось выслушивать много упреков за то, что он продолжает общаться с Москвой, несмотря на то, что уже всему миру было известно о тех гонениях, которым подвергается Церковь в Советской России.
В докладе о положении Церкви в Японии, сделанном архиепископом Сергием в 1928 году в связи с указом Московской Патриархии о награждении его бриллиантовым крестом для ношения на клобуке (через три года он был возведен Москвой в сан митрополита), подчеркивалось, что "Японская Православная Церковь является не одной из епархий Православной Церкви Русской, но совершенно самостоятельной Церковью, чисто японской религиозной организацией, подчиняющейся юрисдикции японского министерства народного просвещения по департаменту религиозных дел и в нем зарегистрированной".
В Японии знали о появлении в России так называемой Живой церкви, обновленчества, знали о гонениях и преследованиях священнослужителей со стороны советских властей. Но нельзя забывать, что многие японские пастыри сами многократно сидели в тюрьмах, готовые полагать жизнь свою за овец, и того же они ждали и от своих учителей - русских архипастырей. Японские христиане знали о существовании Русской Зарубежной Церкви. О ней свидетельствовал Владыка Сергий, говоря, что перенесение ее на японскую почву стало бы "смертельным ядом" и убило бы в японцах "всякую веру в Православие, как беспримесное учение Господа Иисуса Христа".
Итак, по статистике, в 1929 году православных японцев, рассеянных всюду - и в Америке, и в Москве, и в других местах, насчитывалось 38 665 человек (для сравнения: в то время в Японии на 70 000 000 населения приходилось 300 000 христиан). Но оседло живущих в Японии, посещающих церковь, говеющих, несущих все церковные расходы было только 15 772 человека. Несмотря на период "безлюдья", происходили Крещения, и естественным путем Церковь увеличивалась на 250-300 человек в год, причем половина крещеных были дети.
Японская православная община, сумевшая впервые за время своего существования собрать в особо крупных размерах пожертвования на возрождение кафедрального собора, подтвердила тем самым свою жизнеспособность как самостоятельная национальная Церковь.
После освящения Воскресенского собора Японская Православная Церковь вступила в период относительного спокойствия, так как в предшествующие "смутные времена" те, кто должен был уйти из Церкви, ушли, а те, кто должен был остаться в ней, остались. Но, к несчастью, в Японии вскоре стали подниматься милитаристские настроения и начала развертываться политика экономической и военной агрессии в отношении Китая.
В 1930 году архиепископ Сергий был возведен в сан митрополита. На состоявшемся в том же году Соборе Японской Православной Церкви было внесено предложение об избрании епископа из японцев, о независимости Японской Церкви, об изменениях в проведении Соборов. Выдвигавшие предложения о полной независимости Церкви увязывали это с государственной политикой Японии, а Соборы должны были стать органом, принимающим постановления, как тогдашний парламент страны. Более того, велись дебаты о том, что на следующем Соборе должно присутствовать равное число делегатов от священнослужителей и верующих. Можно сказать, ситуация в Церкви стала отличаться от той, какой она была при святителе Николае Японском.
Обстановка в стране становилась мрачной. Людей, посещавших иностранные посольства, обыскивали и нередко арестовывали. Японское правительство ввело ограничения на основные права и свободы граждан. И хотя на Соборе 1936 года митрополит Сергий заявил, что в Японии, в отличие от Советской России, конституцией гарантируется свобода религии, но на самом деле Церковь подвергалась различным регламентациям со стороны контрольного органа, каким для нее являлось министерство просвещения. Христианство считалось религией врагов, нередко можно было увидеть расклеенные по городу плакаты с призывами убивать верующих. В такой обстановке в 1936 году, в год 75-летия прибытия в Японию архиепископа Николая, в память об этом событии в "Николай-до" была издана книга "Жизнеописание Николая" с приложением проповедей Апостола Японии. Эта книга имела особый смысл для Японской Православной Церкви, напоминала о подвиге ее Первосвятителя.
В 1939 году парламент Японии принял закон, по которому всем религиозным организациям страны предписывалось до апреля 1941 года пройти регистрацию в министерстве просвещения для оформления статуса юридического лица. Без изменений зарегистрировали Англиканскую Церковь Японии, адвентистов седьмого дня, однако восемнадцать других протестантских деноминаций, чтобы пройти регистрацию, вынуждены были слиться в "Объединенную церковь Христа", все католические приходы прошли под наименованием "Японская общая церковь Отца Небесного". Из множества нехристианских объединений получили регистрацию 13 синтоистских и 28 буддийских. Японская Православная Церковь была зарегистрирована отдельно как "Религиозная организация Японская Православная Церковь Христова".
Сам факт такой регистрации лишний раз подтвердил, что Православная Церковь в Японии жизнеспособна, самостоятельна и является неотъемлемой частью японского общества.
Новый закон вступал в действие с осени 1940 года. Он запрещал иностранцам стоять во главе всякой религиозной общины, поэтому Владыка Сергий лишился права руководить Японской Православной Церковью и был вынужден покинуть свое место, передав на Соборе 1940 года временное управление Церковью одному из кандидатов в епископы, Арсению Ивасава Хэйкити. Стали пророческими слова митрополита Санкт-Петербургского Антония, напутствовавшего в 1908 году Владыку Сергия: "Считайте себя будущим преемником архиепископа Николая и последним русским епископом в Японии. Поэтому подготовляйте себе преемника из японцев".
Арсений Ивасава после православной семинарии в Токио в 1884 году поехал учиться в Московскую Духовную семинарию, а затем в Санкт-Петербургскую Духовную академию, которую окончил в 1888 году. Возвратившись в Японию, в 1888-1918 годах преподавал философию и нравственное богословие в семинарии "Николай-до" и работал в переводческом отделе Миссии, а затем ушел преподавать русский язык в военную школу сухопутных войск. Он не был священнослужителем, и это вызвало недовольство верующих, расколовшихся на многочисленные группы, каждая из которых выдвигала своего кандидата в епископы. Группа, поддерживавшая Ивасаву, а это были в основном военные, после того, как он наотрез отказался стать Предстоятелем Церкви, выдвинула кандидатом в епископы протоиерея Иоанна Оно. В адрес временного управляющего делами Японской Церкви Арсения Ивасавы пришла телеграмма из Югославии от митрополита Анастасия (Грибановского), в то время первоиерарха Русской Зарубежной Церкви, о необходимости скорейшего назначения им главы Японской Церкви и беспромедлительного посвящения для этого должного кандидата. Митрополит Анастасий был однокашником Арсения Ивасавы по Санкт-Петербургской Духовной академии и, по-видимому, поддерживал с ним связь. Следует иметь в виду, что Владыка Сергий (Тихомиров), митрополит Японский, неизменно держался канонического общения с Матерью - Русской Православной Церковью.
В июне 1931 года глава Русской Зарубежной Церкви митрополит Антоний (Храповицкий) обратился к архиепископу Сергию (Тихомирову) и под угрозой запрещения в служении предложил ему подтвердить свою принадлежность к Собору русских иерархов за рубежом, но получил решительный отказ. Церковный комитет подготовил документы для хиротонии, и 27 февраля 1941 года Иоанн Оно в сопровождении диакона Эндо выехал в Харбин. Там 14 марта иерархами Русской Зарубежной Церкви во главе с митрополитом Харбинским и Манчжурским Мелетием (Заборовским) и была совершена его епископская хиротония. Епископ Николай (Оно; † 1956) стал первым архиереем японцем в Японской Православной Церкви.
В 1941 году, впервые в истории "Николай-до", в нем не служили на Пасху. Верующие, не приемлющие Русскую Православную Церковь Заграницей, заперли ворота и не пропустили епископа Николая (Оно) и пришедших с ним прихожан на территорию собора. Новому епископу ничего не оставалось делать, как проводить пасхальное богослужение в доме диакона.
Постепенно острота конфликта спала. Повседневная жизнь прихожан "Николай-до" стала такой же, как та, которую вели жители Токио в условиях военного времени: они шили мешочки и посылали в них подарки на фронт, было создано общество по сбору пожертвований на нужды государства, каждое первое воскресенье месяца отправляли специальное богослужение за здравие воинов. С ухудшением положения на фронте и из-за нехватки продовольствия стали нерегулярно служить Литургию, потому что трудно было достать вино и пшеничную муку для просфор. Из-за участившихся воздушных налетов на Токио Воскресенский собор выкрасили в черный цвет, что помогло пережить ожесточенные бомбардировки в 1945 году, из-за которых погибла почти половина токийских приходов.
Владыка Сергий во время войны нашел приют в англиканской церкви в токийском районе Сэтагая, где продолжал служить Литургию для русских и немногочисленных японских верующих. В апреле 1945 года он был арестован жандармерией по подозрению в шпионаже в пользу СССР и подвергнут пыткам. Когда его освободили после сорокадневного заключения, его здоровье было необратимо подорвано, и через три месяца, 10 августа 1945 года, за пять дней до окончания войны, митрополит Сергий в одиночестве скончался в однокомнатной квартире в Итабаси, на окраине Токио. Ему было семьдесят четыре года, из них половину - тридцать семь лет он посвятил служению Японской Православной Церкви. Митрополит Сергий покоится на кладбище Янака рядом с архиепископом Николаем (Касаткиным).