Достаточно скоро в обители с особой торжественностью стали отмечаться дни тезоименитства Святейшего Патриарха: дни памяти преподобно-мученика Никона (23 марта/5 апреля) и преподобного Никиты, Переяславского столпника (24 мая/6 июня). В эти дни после литургии совершались еще соборные панихиды, на которых у гроба Патриарха полагался особый отпуст: молитва о Святейшем Никоне соединялась с молитвой самому Никону.
Тем не менее, несмотря на многочисленные свидетельства почитания Патриарха Никона и записи чудес, свершившихся у гроба и по молитвам, до канонизации дело не дошло (впрочем, общецерковных прославлений долгое время вообще почти не было, даже наоборот — при Патриархе Иоакиме фактически аннулировали незадолго до того установленное почитание Анны Кашинской — из-за того, что правая рука святой сложена в двуперстном крестном знамении). Для официальной российской историографии Патриарх Никон до середины XIX века продолжал оставаться «персоной нон грата», чуть ли не в ряду с Разиным, Пугачевым и Лжедмитриями. Начало осмысления реальной роли его в русской истории совпало с началом возвращения церковной мысли к идее патриаршества, отнятого у Церкви при императоре Петре Алексеевиче.
Когда в 1917 году собрался Поместный Собор, призванный восстановить патриаршество, выяснились некоторые изменения в чине поставления Патриарха, произошедшие после осуждения Никона. Созданная на Соборе особая комиссия, которая разрабатывала новый чин «настолования», обнаружила, что Древняя Русь своего подобного чина не имела. До Никона у нас над новопоставляемыми Патриархами просто вторично совершали чин архиерейской хиротонии. Но после него чин поставления был сведен к очень немногим обрядам, причем уж слишком сильно подчеркивалось значение московского царя, из рук которого Патриарх получал и жезл митрополита Петра. Поэтому комиссия выработала особый чин, объединив в нем древний (XIV века) Александрийский чин патриаршего поставления, современную Константинопольскую практику и некоторые древнерусские особенности.
Неудивительно, что участники Собора посетили Новый Иерусалим, отслужили панихиду на гробнице Святейшего Патриарха Никона, а поставление Тихона Патриархом совершалось под митрой его «бунташного» предшественника.
Кстати, и старообрядцы, при всем своем в целом негативном отношении к Никону, признают его как последнего «истинноставленного» предстоятеля Церкви.
Больше десятилетия прошло с тех пор, как Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь был передан Русской Православной Церкви, но только сейчас по-настоящему начинается возрождение обители.
За все годы, прошедшие с момента возобновления богослужений и иноческой жизни, не столь уж много случилось в обители внешних изменений. Но под силу ли было двум насельникам сделать больше? Для них важно было, чтобы вновь затеплилась здесь лампада монастырской жизни, чтобы тихое и незаметное делание вернулось в измученные бурным веком стены. Руины колокольни, аварийный собор, рассыпающийся шатер, заиленные Кедрон и пруды, «плывущий» холм под монастырем... Это могут осилить лишь энергичные специалисты, объединившиеся для общего дела.
Несправедливо будет сказать, что в советское время здесь все только разрушалось. Огромную работу провели реставраторы по восстановлению монастырских строений, взорванных фашистскими захватчиками. Так, знаменитый Петр Барановский работал над воссозданием колонн в том виде, какими они были во времена Патриарха Никона. Была налажена работа изразцовой мастерской. Но монастырь — не только памятник архитектуры.
Возрождение Воскресенского монастыря стало едва ли не самой последней в жизни заботой почившего в Боге Патриарха Алексия ІІ. В октябре 2008 года при непосредственном его участии в Кремле состоялось учредительное заседание Попечительского совета благотворительного фонда по восстановлению монастыря. Фонд поддерживается государством, и предполагается, что половина его средств будет поступать из федерального бюджета, а половину составят пожертвования.
Летом прошлого года был назначен настоятелем обители игумен Феофилакт (Безукладников), благочинный Всехсвятского округа города Москвы. Если не ограничиваться косметическим ремонтом, как это было раньше, а браться за настоящее воссоздание, то начинать придется даже не со стен собора, дающего трещины, а с укрепления самого насыпного холма, с заполнения пустот, образовавшихся на месте сгнивших дубовых свай, с чистки заиленных водоемов.
В реставрации стен будет использован знаменитый бело-золотистый известняк, добываемый в каменоломнях Святой Земли, дарованный обители палестинским послом, и не менее знаменитый мячковский, благодаря которому Москву когда-то называли Белокаменной, — именно этот белый камень шел в дело при возведении стен и башен Кремля.
Совсем недавно, 13 января 2009 года, стал доступен официальный сайт Воскресенского монастыря, на котором можно найти уникальную коллекцию фотографий, интерактивную карту обители, развернутый исторический очерк, трехмерные модели архитектурных сооружений, расписание богослужений в монастырских храмах. Безвозмездную помощь в разработке сайта оказали издательство «Святая Гора» (предложившее дизайн, а также подготовившее текстовое и графическое наполнение), компания «Техно-серв» (которая взяла на себя администрирование проекта) и «Группа компаний СТЕК» (предоставившая своих программистов). Активное участие в работе приняли и сотрудники историко-художественного музея «Новый Иерусалим».