Окремою цінністю в іконостасі були виготовлені із срібла та позолочені царські врата, виготовлені відомими київськими золотарями Петром Волохом, Іоанном Завадовським та Петром Тараном у 1747—1750 роках.
Врата простояли в Соборі 184 роки, аж до 1934 року, коли більшовики розпорядилися розрізати їх на шматки (що б легше було винести з Собору та переплавити) та відправити в резервний фонд дорогоцінних металів.
Випадково кілька фрагментів воріт 1977 році знайшли у запасниках Києво-Печерської лаври, де в сталінські роки було розміщене т.зв. Музейне містечко. Туди зі всієї України звозили конфісковані церковні цінності, які в основному переплавляли на метал.
Вдалося з'ясувати, що уцілілі частини врат потрапили туди з резервного фонду дорогоцінних металів у 40-і роки минулого століття. Інші, ймовірно, були переплавлені.
В радянські роки реставрувати врата не вдалося, бо Москва не дала дозволу на купівлю 2,2 кг. срібла необхідних на реставрацію вцілілих частин.
Зараз реставраційні роботи ведуться з залученням спонсорських коштів, і в майбутньому Собор поверне собі вкрадені та знищені врата.