Всі рішення АПУ приймаються на засіданнях простою більшістю голосів при наявності двох третин її членів, але рішення з питань затвердження Статуту, внесення змін та доповнень до нього приймаються двома третинами голосів, від загальної кількості членів АПУ. При рівності голосів перевага надається рішенню, за яке проголосував головуючий, який веде засідання. Функції головуючого виконують по черзі всі члени АПУ в алфавітному порядку їх прізвищ. Порядок проведення засідань визначається Регламентом. Існує можливість на підставі письмової пропозиції не менше п'яти чоловік прийняття рішення шляхом письмового опитування усіх членів АПУ.
Ведення поточних справ в АПУ здійснює Секретаріат, який очолює завідуючий. Завідуючий Секретаріатом призначається за рішенням АПУ, а його права та обов'язки визначаються Положенням про Секретаріат. Завідуючий несе персональну відповідальність за ефективне використання майна та коштів АПУ і створення належних умов для виконання функціональних обов'язків її членів.
Контроль за діяльністю Секретаріату здійснює Спостережна Рада, яка формується із членів АПУ. Також на Спостережну Раду покладається виконання представницьких та організаційних функцій .
Спостережна Рада виконує наступні повноваження:
1. контроль за виконанням рішень АПУ та з’їздів аудиторів України, що скликаються АПУ;
2. представництво АПУ в державних, міжнародних та інших органах;
3. організація зв'язку з громадськістю;
4. підготовка та організація роботи з’їздів аудиторів України, що скликаються АПУ, здійснення розробки та пропонування на затвердження АПУ строків та порядку денного з'їздів аудиторів України, підготовка звіту АПУ до з'їзду;
5. контроль ведення та оприлюднення реєстру аудиторів та аудиторських фірм;
6. підготовка та внесення на затвердження АПУ планів роботи та звітування про їх виконання;
7. пропонування на затвердження АПУ кошторису витрат, штатного розкладу та заробітної плати експертів та інших працівників, які виконують роботу в АПУ за договорами;
8. контроль використання фінансів секретаріатом АПУ;
9. контроль за діяльністю секретаріату по виконанню відповідних рішень АПУ;
10. контроль за діяльністю регіональних відділень, за їх ротацією, доцільністю формування, функціонування та фінансовим станом;
11. має право призупинять діяльність регіональних відділень до прийняття рішення АПУ на найближчому засіданні;
12. пропонування на розгляд АПУ пропозиції щодо призупинення повноважень окремих членів АПУ та порушення клопотання про їх заміну;
13. внесення пропозиції щодо підготовки та перепідготовки аудиторів;
14. внесення на розгляд АПУ структури та особистого складу секретаріату;
15. прийняття рішення про залучення до роботи в АПУ експертів та інших працюючих за договорами;
16. розробка та затвердження порядку денного засідань АПУ [3].
Рада звітує перед АПУ про свою діяльність не рідше ніж один раз на рік. Члени Ради несуть особисту відповідальність за виконання своїх функцій в Раді та в комісії і звітують в складі Ради та позачергово окремо за вимогою не менше п'яти членів АПУ. Засідання Ради проводяться не рідше одного разу на місяць. Рішення, які прийняті Радою вважаються дійсними якщо на засіданні були присутні не менше трьох членів Ради. У разі рівності голосів приймається та пропозиція за яку проголосував Голова або його заступник у разі відсутності Голови. Ведення протоколів засідань Ради здійснює секретаріат АПУ та доводить їх інформацію до всіх членів АПУ. Позачергові засідання Ради скликаються за ініціативою Голови, або письмової заяви не менше як трьох її членів.
На Голову Спостережної Ради покладено такі функції:
1. виконання без довіреності представницьких функцій від імені АПУ у всіх органах влади, громадських, міжнародних та інших організаціях;
2. підписання всіх документів, які прийняті АПУ;
3. ведення засідань Ради.
Голова Ради, його заступник та члени Ради можуть бути достроково перевибрані за власним бажанням, при достроковому вибутті з членів АПУ або складання повноважень голови постійної комісії, а також по письмовій заяві не менше як десяти членів АПУ.
Кошти АПУ формуються шляхом надходжень від сертифікації, добровільних внесків або відрахувань Спілки аудиторів України та інших громадських організацій. Майно АПУ формується за рахунок власних коштів і становить її власність. Вона не може безпосередньо одержувати майно та кошти від аудиторів та аудиторських фірм, окрім плати за сертифікацію. Ефективне використання коштів та майна забезпечує Секретаріат, а напрямки та обсяги використання визначаються кошторисами та планами, які складаються завідуючим Секретаріатом і затверджуються рішенням АПУ.
Аудиторська палата України може створювати свої регіональні відділення в Республіці Крим, областях та містах Києві та Севастополь. Рішення про створення регіонального відділення приймається при наявності клопотання професійної громадської організації аудиторів регіону, регіональних органів Міністерства фінансів України, Головної державної податковій інспекції України, Національного банку України, Міністерства статистики України, Міністерства юстиції України, а також при наявності в регіоні територіального відділення Спілки аудиторів України, яка налічує не менше 20 членів. Регіональне відділення може бути створене на базі однієї або декількох адміністративно-територіальних одиниць [4].
Регіональне відділення є структурним підрозділом АПУ, підзвітне останній і свою діяльність здійснює відповідно до рішень і наданих їм повноважень. Таке відділення створюється без надання йому статусу юридичної особи.
Як і Аудиторська палата регіональне відділення створює Спостережну Раду, на яку покладається здійснення контролю за діяльністю Секретаріату, виконання представницьких та організаційних функцій. Кожне регіональне відділення має в відділеннях банків поточний рахунок, печатку та штампи, веде бухгалтерський облік та складає і подає звітність.
Головним завданням усіх регіональних відділень є сприяння розвитку аудиту в регіонах, виконання та впровадження рішень АПУ на місцях.
На регіональне відділення покладено такі повноваження:
1. здійснення сертифікації суб'єктів, що мають намір займатися аудиторською діяльністю;
2. ведення регіонального реєстру аудиторських фірм та аудиторів, що самостійно надають аудиторські послуги, а також філій, відділень та представництв аудиторських фірм з інших регіонів, зареєстрованих на території регіону;
3. подання даних реєстру до АПУ і оприлюднення його в пресі;
4. підготовка пропозицій з питань розвитку аудиту в Україні та винесення їх на розгляд АПУ.
Члени регіонального відділення набувають своїх повноважень з дня їх затвердження Аудиторською палатою України. Повноваження члена регіонального відділення не можуть передаватися іншим особам, а термін їх дії не повинен перевищувати п'яти років.
Усі члени регіонального відділення Аудиторської палати України мають право:
1. приймати участь в засіданнях регіонального відділення та обговоренні винесених на розгляд питань;
2. вносити пропозиції та проекти рішень для розгляду на засіданнях;
3. одержувати від Секретаріату (секретаря) інформацію про діяльність відділення;
4. користуватися матеріально-технічною базою відділення для виконання своїх функціональних обов'язків.
5. звертатися безпосередньо до АПУ (через Секретаріат) при незгоді з рішеннями регіонального відділення, якщо проти цього рішення проголосувало не менше чотирьох членів, але звернення до АПУ не звільняє членів регіонального відділення від виконання прийнятих ним рішень.
В процесі роботи члени регіонального відділення зобов'язані додержуватися Закону України “Про аудиторську діяльність”, Статуту АПУ, Положення Про регіональні відділення, рішень АПУ та регіонального відділення. Члени регіонального відділення мають бути присутніми на його засіданнях, бо пропуск більше трьох засідань підряд без поважних причин розглядається як підстава для клопотання про дострокове припинення повноважень. Виконання ними своїх обов’язків здійснюється на громадських засадах, а витрати на службові відрядження покриваються на підставі рішень регіонального відділення.
Загальна кількість членів регіонального відділення становить десять осіб. Формування його складу відбувається шляхом делегування п'ятьох представників від регіонального відділення (відділень) професійної громадської організації аудиторів України та по одному представникові від регіональних органів Міністерства фінансів, Головної державної податкової інспекції України, Національного банку України, Міністерства статистики України, Міністерства юстиції України. Порядок делегування визначається вищим керівним органом (для професійної громадської організації аудиторів) та вищими посадовими особами Міністерства фінансів Республіки Крим і обласних (міських) управлінь Міністерства фінансів України, Державної податкової інспекції Республіки Крим і державних податкових інспекцій областей (міст Київ і Севастополь), Кримського республіканського управління Національного банку України і обласних (міських) управлінь НБУ, Управління статистики Криму і обласних (міських) управлінь Міністерства статистики України, Міністерства юстиції Республіки Крим і обласних (міських) управлінь Міністерства юстиції України.
Всі рішення регіонального відділення приймаються на засіданнях простою більшістю голосів при наявності двох третин його членів. При рівності голосів перевага надається рішенню, за яке проголосував головуючий. Головуючий веде засідання, а його функції виконують по черзі усі члени в алфавітному порядку прізвищ. В окремих випадках, на підставі письмової пропозиції не менше трьох членів відділення, рішення можуть прийматися шляхом письмового опитування усіх членів.