Немало было противников у московских князей. У западной стены собора, рядом с Владимиром Храбрым, захоронены Юрий Галицкий и его сын Василий Косой, затеявшие распрю, которая вы лилась в местную феодальную войну при московском князе Василий II. Его могила находится у южной стены собора.
Свободной, сильной и единой Россия стала лишь спустя 100 лет после Куликовской битвы. Великое стояние на реке Угре в 1480 году положило конец золотоордынскому игу, длившемуся более двух веков. Это было время правления Ивана III, основной итог которого — создание политического единства русских земель. Выдающийся государственный деятель, дипломат, он также замыслил и успешно осуществил генеральную перестройку Кремля. Захоронение «государя всея Руси» — среднее из трех на солее. В алтарной части Архангельского собора располагается гробница Ивана Грозного и двух его сыновей — царевичей Федора и Ивана. В 1547 году московский князь Иван Грозный принял титул царя и устроил свою усыпальницу в наиболее почетном месте. В 1963—1964 годах во время архитектурно-археологических работ, проводимых в соборе, по решению комиссии эти погребения были вскрыты. По найденным остаткам черепных костей известному антропологу М. М. Герасимову удалось создать скульптурный портрет Ивана Грозного. Подтвердилась и дата смерти царя (18 марта 1584 г.), а по остаткам одежды удалось восстановить его погребальное облачение.
Ко времени правлёния Ивана Грозного относится несколько захоронений в северо-западном углу собора, в том числе захоронения князей Старицких, сильного рода, противостоявшего централистским устремлениям царя. Все они трагически погибли — были казнены, однако удостоены положенной по роду чести быть захороненными в Архангельском соборе.
В алтарной части собора, в приделе Иоанна Предтечи, находится захоронение известного полководца начала ХVII века князя Михаила Скопина-Шуйского, организатора разгрома войск польских интервентов и «тушинского вора» Лжедмитрия II. Это было тяжелое для России время смуты, экономического и политического кризиса, иностранной интервенции, которой было нанесено поражение народным ополчением во главе с Мининым и Пожарским в 1612 году, спустя два года после внезапной смерти Скопина-Шуйского (1610). Со Смутным временем связано и имя «боярского царя» Василия Шуйского, чье захоронение находится у северо-западного столпа Архангельского собора.
После изгнания из Москвы польских интервентов борьба за престол завершилась (в 1613 г.) избранием на царство Михаила Романова, сына будущего патриарха Филарета Никитича. У юго-восточного столпа захоронены первые цари из династии Романовых.
После перенесения столицы Российского государства из Москвы в Петербург в Архангельском соборе больше никого не хоронили. Императорский некрополь расположился в Петропавловском соборе. Исключение составляет захоронение Петра II у северо-восточного столпа, умершего в Москве в 1730 году.
Кроме захоронений в соборе находятся также две раки с мощами Михаила Черниговского, убитого в Золотой Орде в 1245 году,— она стоит в алтаре, и царевича Дмитрия, младшего сына Ивана Грозного,— в центральном нефе собора. Канонизация малолетнего Дмитрия была связана с событиями вражеской интервенции начала ХVII века, а в 1606 году рака с его мощами была перенесена в Кремль из Углича. Раку поместили под белокаменной резной сенью и за ажурной решеткой, выполненной Дмитрием Сверчковым, создателем великолепного шатра в Успенском соборе. Раку покрывала крышка с чеканным изображением царевича Дмитрия в рост, которая сейчас украшает экспозицию Оружейной палаты.
Всего в Архангельском соборе насчитывается 54 захоронения, из которых 52 находятся под плитами пола, а две раки стоят на полу. Над захоронениями в интерьере храма располагаются 46 белокаменных надгробий ХVII века с резными растительными орнаментами и надписями вязью. Во время подготовительных работ к празднованию 300-летия династии Романовых надгробия были заключены в металлические застекленные футляры.
О многих памятных и важных страницах отечественной истории напоминает Архангельский некрополь. Пышные церемонии и торжественные коронации, опустошительные набеги и разрушения. Торжества и беды, взлеты и падения...
В старину был такой обычай: перед военными походами и после успешных сражений московские князья приходили в свой родовой некрополь и поклонялись праху предков, а также славили «мужество, храбрость, тщание и старание всего воинства». Особо почитались захоронения Дмитрия Донского и Владимира Храброго.
Героическая тема, отраженная в художественной форме, нашла выражение и в храмовой иконе собора — «Архангел Михаил с деяниями» конца ХIV — начала ХV века. По легенде, икона была написана по заказу великой княгини Евдокии, вдовы Дмитрия Донского, в память о муже, о победе на Куликовом поле для дворцовой церкви Рождества Богоматери. Затем она стала храмовой иконой в соборе ХIV века, а оттуда была перенесена в нынешнее здание собора. Среди памятников живописи этой иконе принадлежит особое место.
В среднике иконы — Архангел Михаил, изображенный в рост, в воинских доспехах, с мечом в руке. Его гибкая мужественная фигура полна напряжения и готовности к стремительному действию. Его стан изогнут как натянутый лук, плащ развевается. Он пленяет воображение как видение необычное, запечатлевшее романтику победы на Куликовом поле.
Икона хранится в местном чине иконостаса Архангельского собора, выполненного в 1680-х годах. Одновременно с деревянной рамой и с резными украшениями в виде цветов, листьев, картушей, вьющейся виноградной лозы были написаны иконы живописцами Дорофеем Ермолаевым, Михаилом Милютиным и другими.
Сегодня Архангельский собор сохранил целостность своего средневекового интерьера во многом благодаря труду исследователей. Научное планомерное изучение памятника началось еще в ХIХ веке, а в конце 1970-х — начале 1980-х годов в соборе завершился очередной этап реставрационных работ. Объем их был весьма значителен: они коснулись внешнего облика здания и его интерьера. Реставраторы воссоздали первоначальный облик фасадов, расписных белокаменных порталов и четырех глав. В интерьере исследовалось также состояние белого камня надгробий, укреплялась конструкция иконостаса» (Московский Кремль. Путеводитель. М.: Московский рабочий, 1990. С. 61-67.).