Еропкина несколько раз допрашивали без применения пыток, все-таки он был слишком уважаем и безгрешен в глазах большинства членов следственной комиссии. Сначала Петр Михайлович говорить отказывался. Дыба и плеть сделали свое дело: полковник-архитектор рассказал, что и когда он писал по просьбе Волынского.
Анна Иоанновна выслушала итоговое мнение следственной комиссии и 26 июня 1740 года вынесла приговор: Волынского живьем посадить на кол, Еропкина, Мусина-Пушкина, Хрущова и Соймонова четвертовать, Де ля Судэ и Эйхлеру отрубить голову, остальных сослать навечно в Сибирь. Всего по делу князя Волынского и «новой русской партии» проходило около 30 человек.
После вынесения приговора Петру Еропкину сенатор Алексей Нарышкин разрыдался в зале: «Я погубил невиновного человека! Я чудовище!»
Уже на эшафоте зачитали указ императрицы о замене меры наказания. Волынского избавили от кола, отрубив прежде руку, потом голову. Еропкина и Хрущова не четвертовали, а обезглавили. Прочим даровалась жизнь - их выпороли и отправили в Сибирь. Казненных захоронили без всяких обрядов в ограде кладбища монастыря Сампсония-Странноприимца.
Эта история имела продолжение. В 1765 году Екатерина II приказала поднять из архива дело «новой русской партии». Внимательно изучив его, она начертала на конверте с тремя увесистыми томами: «Сыну моему и всем моим потомкам советую и постановляю читать сие Волынского дело от начала и до конца, дабы они видели и себя остерегали от такого беззаконного примера в производстве дел».
На общей могиле Еропкина, Хрущова и Волынского впоследствии был поставлен памятник работы А. М. Опекушина. Самого Волынского возвели в ранг защитника отечества и избавителя России от иноземной скверны. После революции и до 1991 их называли «борцами с самодержавием». И за всей помпезностью этих слов пропала суть того, что произошло ранним июньским утром 1740 года на Сытном рынке Санкт-Петербурга: Россия потеряла великого архитектора, писателя, ученого Петра Михайловича Еропкина. Он один мог претворить в жизнь мечты Петра I о великом водном граде на Неве, о Северной Венеции, но... не успел.