Для того, чтобы определиться с типом философского мировоззрения к которому относится Дарвинизм Данилевский проводит систематизацию и классификацию существующих мировоззрений по естественному признаку их отношения к окружающему миру. Основой отнесения Данилевским философского взгляда на мир к тому или иному типу является то, как отвечает та или иная философская система на вопрос о разумности мироздания, об источнике этой разумности и об отношении источника к произведённому миру.
То, что мир разумен, не может отрицать никакая философская система. Хотя бы потому, что только благодаря этому возможно существование науки вообще. Всякий разумный человек осознает это.
В зависимости от мнений по вопросу о разумности источника мироздания Н. Я. Данилевский подразделяет мировоззрения на два основных вида: идеалистическое и материалистическое. Идеалистическое мировоззрение признает наличие идеального духовного начала, господствующего над материальным. Материалистическое мировоззрение отрицает существование духа и причина существования мироздания в соответствии с ним носит механический характер. Материалистическое мировоззрение рассматривает весь мир, включая разум, как продукт некоторых простейших, самих по себе существующих данных (например, материи и движения, действующих чисто механически). Некоторые ревностные сторонники Дарвинизма (например, Геккель) утверждали, что происхождение разнообразия органических форм подведено Дарвиным под законы механистической необходимости.
Проблемой механистического объяснения, по мнению Н. Я. Данилевского, является то, что, во-первых, оно неприложимо к органическому миру, поскольку его разумность и целесообразность обнаруживаются в его приспособленности к неорганическому миру, в приспособленности объектов органического мира, в приспособленности отдельных частей организмов друг к другу и органов к целому. Во-вторых, с его помощью невозможно объяснить формы органического мира. И, в-третьих, оно не объясняет происхождение органического мира.
Хотя Геккель утверждал, что Дарвин представил такое механистическое объяснение (заметим, что Дарвин сам не был согласен с этим утверждением Геккеля), но Данилевский пишет о том, что это является лишь следствием непонимания Геккелем смысла и значения механистического объяснения и легкомыслия Геккеля.
На основании изложенного Данилевский делает вывод, что учение Дарвина не столь зоологическое или ботаническое, но философское и пишет о его мировоззренческой значимости: "Дарвинизм изменяет, переворачивает наши ходячие и наши научные биологические взгляды и аксиомы, но вместе с тем и все наше мировоззрение до самого корня и основания, и притом как мировоззрение идеалистическое, так и материалистическое".
До появления Дарвинизма материализм основывал взгляд на природу не на строгом основании научных данных (ибо не мог дать механистического объяснения всем явлениям), а вопреки им, отворачивая глаза от важнейшей категории явлений органического мира. Вместо имевшей место надежды на прогресс науки Дарвин, казалось, дал возможность подвести и органический мир под материалистические воззрения. Сама тайна происхождения разнообразия органических форм объяснялась до очевидности простыми (или кажущимися таковыми) явлениями. Верховному разуму более не остается места в природе. Сам Дарвин, как отмечает Данилевский, не отверг Бога, Его творческой деятельности, состоявшей, по мнению Дарвина, в сотворении первой органической ячейки. Высказываясь по поводу совершенства глаза, он писал: "Пусть этот процесс будет происходить в течение миллионов лет; и в течение каждого года на миллионах особей разных видов;- не можем ли мы поверить, что живой оптический инструмент мог бы этим путем стать на столько совершеннее стекла, на сколько дела Создателя совершеннее дел человеческих". Однако, отдавая должное личному благочестию Дарвина, Данилевский отмечает пагубность философского учения Дарвина. Благодаря Дарвину укреплялись позиции материалистического мировоззрения, в рамках которого люди оставались при одной случайности, не требующей Творца.
Идеализм же, по мнению Данилевского, с появлением Дарвинизма, "потерял всякую фактическую почву, лишился главной - фактической, положительно-научной точки опоры. Из последовательного он сделался непоследовательным…. Опорой ему оставался лишь субъективный духовный мир". Но "во что обращается этот духовный мир, когда главный и даже единственный наличный представитель его - человек, со всеми его свойствами и дарами, происходит от обезъяновидных животных, без привнесения, при этой медленной, постепенной метаморфозе, чего бы то было нового, особенного, - когда человек отличается от своих родоначальников только количественно, а не качественно, и когда эти родоначальники сами, нисходя или восходя (как угодно смотря по смыслу, который будет придаваем этим словам) со ступени на ступень, в конце концов происходит от наипростейшей органической клеточки?" Такое разрушительное воздействие теории Дарвина на идеалистическое мировоззрение, по мнению Данилевского, не смягчает признание Дарвиным того факта, что сама клеточка не столь проста и что она сотворена Богом. По выражению Дарвина: "Есть величие во взгляде на жизнь с её различными силами, по которым она была первоначально вдохнута Творцом в немногие или в одну форму". (Стр.10). Далее Данилевский размышляет по поводу того, насколько величествен взгляд на мир, при котором Творцу осталось вообще только два дела (Стр.10):
1. дать первоначальный толчок материи и 2. вдохнуть жизнь в крошечные пузырьки или комочки. Для всего прочего можно было и без Него обойтись. : "Но и при таком взгляде, от первого Творец отстранен гипотезой вечности и прирожденности движения веществу, а от второго Его грозит удалить тот факт, что на аэролитах найдены следы органического вещества… Правда, до сих пор не удавалось еще получить в лаборатории протоплазмы - носителя жизни…. Да мало ли для каких ещё веществ не удалось, но, однако удалось уже для многих." Говоря о разрушительном влиянии Дарвинизма на идеализм Данилевский имеет в виду философский деизм, или идеализм вообще. Следует отличать его от религиозного деизма, основой которого служит внутреннее, непосредственное, а не логическое убеждение. При этом лично Дарвина Данилевский считает деистом. Данилевский не считает Дарвина атеистом, материалистом и признает благородство его души.
Принципиальной ошибкой теории Дарвина является нарушение естественной системности. Дарвин предположил, что онтогенезис (закономерное развитие отдельных индивидуумов) есть сокращенное повторение филогенезиса (развитие органических форм нисхождением одних от других путем накопления случайных индивидуальных различий, оказавшихся полезными в борьбе за существование).
Данилевским приводится сравнение учения Дарвина как филогенетического (об органических формах отличных друг от друга) с онтологическим учением (развитием органического индивидуума в отдельности), т.е. фактически проводится анализ источника заблуждения Дарвина. Для филогенетической теории характерно отсутствие фактов о переходах вида в вид и процесс как это может происходить фактически совершенно неизвестен. В этом процессе наблюдается полнейшее отсутствие закономерности (486). И только с заменой филогенеза появляется понятность и ясность. Хотя проблема и здесь существует: мы недостаточно понимаем: каким образом раз возникшее изменение передается потомству (это не может быть задачей филогенетической теории, которая объясняет только различия между организмами (сродство и тождество – дело онтогенезиса).
Различия подобны двум негативам одной фотографии – их существование понятно. Онтогенетическая теория не имеет недостатка в фактах и наблюдениях. В ней существует полная возможность уменьшить промежутки между двумя последовательными формами развития до желаемого минимума. В ней найдена строжайшая закономерность в ходе развития, которая имеет двоякий характер: в строгой последовательности явлений в развитии того же существа и в связи, с открывающейся в ходе развития существ, принадлежащих к разным группам. Закономерность была указана Бэром, положившим начало сравнительной эмбриологии, и открытые им законы подтверждаются увеличивающимся числом наблюдений над животными разных групп.
"Эта закономерность хода развития в животных разных групп проявляется в том, что оно идет логически дедуктивным путем от общего к частному и частнейшему. Сначала появляется характер типа, ибо в начале развития можно только сказать, что развивающийся зародыш принадлежит, например позвоночному вообще; за тем появляются признаки класса, далее порядка семейства, рода, вида и наконец индивидуума, ибо как это всякому известно, новорожденные младенцы гораздо похожее друг на друга, чем имеющие из них выйти взрослые люди… общечеловеки… даже без расовых признаков (негры – белые)".
"Бэр в особенности настаивает на том, что животные не проходят в фазах своего развития через формы низших животных, а только последовательно принимают общие, так сказать отвлечённые характеры систематических групп, начиная с более общих и,доходя до более частных, пока не явятся вполне конкретными индивидуумами. И это не какое-нибудь личное мнение Бэра, а столь общепризнанный научный факт, что я считаю даже излишним подкреплять его цитатами из разных авторитетных ученых, факт,который вполне признает и Дарвин и приводит в подкрепление его цитату из Бэра о том, что два зародыша в спирту, этикетки которых были потеряны, оказались столь неотличимыми друг от друга, что он не знал к какому классу позвоночных их отнести".