В мае-июне 1999 в руководстве АПР наметились серьезные разногласия по поводу формы участия партии в выборах: группа Н.Харитонова настаивала на присоединении АПР к избирательному списку КПРФ, а группа М.Лапшина по-прежнему выступала за самостоятельное участие в выборах. В начале июля 1999 в Центральный Совет АПР по инициативе М.Лапшина был кооптирован бывший министр сельского хозяйства, крупный аграрный бизнесмен В. Семенов (основатель процветающей агрофирмы «Белая дача», член АПР с 1993 года, но не афишировавший своего членства до лета 1999) и избран заместителем председателя партии (десятым по счету). Тогда же экс-премьер министру Е.Примакову было сделано негласное предложение возглавить список АПР на выборах в Думу. В свою очередь Е.Примаков заявил, что хотел бы видеть аграриев «в составе блока здоровых сил».
В конце июля 1999 руководство КПРФ пришло к выводу об ошибочности тактики похода «народно-патриотических сил» в Думу «тремя колоннами» и предложило АПР войти в единый лево-патриотический блок под условным названием «За победу!». М.Лапшин отрицательно отнесся к этой идее. После отставки в августе 1999 премьер-министра С.Степашина министром сельского хозяйства в новом правительстве В.Путина стал член АПР Александр Гордеев, вице-премьером по сельскому хозяйству – близкий к АПР Владимир Щербак. На внеочередном VIII съезде АПР 27 августа – 24 сентября 1999 было принято решение войти в блок Е.Примакова и Ю.Лужкова «Отечество – Вся Россия» (ОВР). У Лапшина и Лужкова имелись давние партнерские отношения, в частности мэр Москвы помогал Лапшину на довыборах в Госдуму по Горному Алтаю. Несогласная с вхождением в блок ОВР группа Н.Харитонова покинула заседание съезда 27 августа и заявила о намерении идти в Думу по списку КПРФ или блока «За победу!».
На совместном съезде ряда организаций 28 августа 1999 в Москве был учрежден избирательный блок «Отечество – Вся Россия» (ОВР) был учрежден. В объединенный избирательный штаб ОВР во главе с Г.Боосом («Отечество») и В.Медведевым («Вся Россия») вошли также представители АПР. На VI съезде КПРФ 4 сентября 1999 было принято решение идти на выборы под своим собственным названием, несколько членов АПР, в том числе Н.Харитонов и председатель ЦК профсоюзов агропромышленного комплекса А.Давыдов получили места в списке КПРФ.
4 сентября 1999 Центризбирком РФ зарегистрировал избирательный блок ОВР, одним из пяти учредителей которого стала АПР (наряду с ОПОО «Отечество», движениями «Регионы России» и «За равноправие и справедливость» и Союзом христианских демократов России). На втором заседании VIII съезда АПР 24 сентября был утвержден список кандидатов-одномандатников, выдвигаемых партией в список блока ОВР.
В результате выборов 16 членов АПР были избраны депутатами Госдумы по списку ОВР (некоторые по списку КПРФ), а также по одномандатным округам. Прошло 9 человек, выдвинутых ОВР (М.Лапшин, Г.Кулик, Б.Семенов, В.Семенов, Н.Чуприна, В.Гуков, В.Литвинов, А.Голубков, Н.Сухой), 5 – выдвинутых от КПРФ (Н.Харитонов, А.Давыдов, А.Ткачев, П.Бурдуков, Б.Данченко), 2 баллотировались как независимые – В.Плотников и Г.Чуркин. Депутатами по списку ОВР стали бывшие министры сельского хозяйства В.Семенов и Г.Кулик, лидер Белгородской региональной организации АПР Н.Чуприна и лидер Курской региональной организации АПР В.Гуков. М.Лапшин вновь был избран депутатом от Горно-Алтайского округа, Н.Харитонов также победил в одномандатном округе. После выборов предпринималось две параллельных попытки создать в Госдуме третьего созыва аграрные группы – организованная Лапшиным при помощи ОВР и организованная Харитоновым при помощи КПРФ. В результате была образована близкая к КПРФ Агропромышленная депутатская группа (АПГ) во главе с Харитоновым. Лапшину свою группу образовать не удалось. Вскоре М.Лапшин вышел из состава фракции ОВР, став независимым депутатом. В декабре 2001 М.Лапшин был избран главой Республики Алтай, сохраняя пост председателя АПР.
14 марта 2000 Центральный совет АПР принял решение о поддержке кандидатуры В.В.Путина на президентских выборах 26 марта 2000.
Внутри АПР существует несколько течений, лидерами которых являются М.Лапшин, Н.Харитонов и А.Назарчук (председатель Алтайского краевого Законодательного собрания). Устойчивое большинство (примерно 2/3 на последних съездах АПР) имеет группа М.Лапшина, занимающая в целом левоцентристские и лояльные по отношению к правительству позиции (ее основа – организации АПР Центральной России). Н.Харитонов возглавляет ортодоксально-прокоммунистическое крыло, А.Назарчук занимает промежуточные позиции. При этом в составе АПР есть обособленная группа высокопоставленной аграрной номенклатуры, занимающей гораздо более правые, чем М.Лапшин позиции и выступающая за «обновление» партии с новыми фигурами. К этой группе относятся бывший вице-премьер Г.Кулик, бывший министр сельского хозяйства В.Семенов и министр сельского хозяйства А.Гордеев. Под руководством А.Гордеева в 2001–2002 было создано Российское аграрное движение (РАД), формально не претендующее на участие в выборах, но ведущее активные переговоры с АПР и предлагающее заменить М.Лапшина на посту председателя АПР.
На IX съезде Аграрной партии России (АПР) 24 марта 2001 было распространено заявление, подписанное руководителями 14 региональных отделений АПР, в котором выражено несогласие с нынешним политическим курсом руководства АПР. В документе критикуется позиция АПР в части отказа от сотрудничества с Народно-патриотическим союзом России (НПСР), в том числе КПРФ, Агропромсоюзом и профсоюзом работников АПК. Подписавшие документ подчеркивают, что намерены оставаться в рядах АПР с тем, чтобы партия «вновь стала защитником интересов трудового крестьянства». Среди подписавших документ – председатель Новосибирской областной организации АПР Н.Харитонов и председатель Волгоградской областной организации АПР Владимир Плотников. В ответ М.Лапшин заявил: «Аграрная партия выступает категорически против купли-продажи земель сельскохозяйственного назначения». Он также заявил, что «АПР намерена сотрудничать с левоцентристскими организациями на условиях равноправия» и «ресурс доверия крестьян к президенту В Путину сохраняется». Присутствовавший на съезде министр сельского хозяйства РФ, член АПР А.Гордеев заявил, что в «АПР нет раскола, а существуют только разногласия». Он отметил, что для объединения обеих конфликтующих сторон «их лидерам необходимо отрешиться от личных амбиций, поскольку зачастую трибуны съездов используются для осуществления меркантильных политических планов».
Руководство АПР во главе с М.Лапшиным склоняется к самостоятельному участию партии в выборах Государственной думы 2003 года. Группа Харитонова, находящаяся в меньшинстве, выступает за участие в блоке с КПРФ. А.Назарчук занимает двоякую позицию: «В отмежевании от НПСР нет никакой необходимости… Поэтому у Лапшина нет права говорить об отмежевании до тех пор, пока такое решение не примет съезд, пленум или правление партии».
Тем не менее А.Назарчук уверен, что на предстоящие выборы 2003 АПР должна идти самостоятельно. Такую позицию лидер алтайских аграриев объясняет прежде всего тем, что ни одна из политический партий, декларируя заботу о сельском хозяйстве, реально не отстаивает его интересы.