Наиболее серьезный упрек критиков структурного функционализма состоял в том, что он представляет собой “макросоциологию политической стабильности”. Интерпретации процессов изменения сводятся здесь либо к тому, что политическая система возвращается, после периода нестабильности, в прежнее состояние, либо происходит установление некоего нового равновесия. «Ни в коем случае мы не можем считать теорию Истона теорией политических изменений, писал, в частности Томас Торсон, - теорией, которая давала бы ответы на вопросы о том, почему происходят те или иные конкретные политические изменения». Рассматривая это как проявление исходно идеологической, консервативной установки, критики заявляли, что в рамках структурного функционализма невозможно описать и проанализировать конфликты и переходные политические процессы. Социолог Дон Мартиндейл следующим образом суммировал недостатки структурного функционализма: консервативное идеологизированное пристрастие и предпочтение статус-кво; отсутствие методологической ясности; чрезмерный акцент на роли закрытых систем в социальной жизни; неспособность к изучению социальных изменений.
Однако в рамках структурно-функционального анализа были достигнуты и явные успехи. Приверженцы этого подхода привнесли в политическую науку богатый, строгий и политически нейтральный язык системного анализа. Понятие “политическая система” позволило более четко очертить границы политической власти и выделить властные отношения на всех уровнях. Структурный функционализм позволил включить в поле сравнительного политического анализа страны “Третьего мира”, что привело, в частности, к выдвижению в политической науке на первый план (с 60-х гг.) теорий политической модернизации, а это, в свою очередь, позволило осуществить прорыв в изучении новых независимых государств. Весьма важным был и поворот к изучению неформальных механизмов принятия политических решений и функционирования государства.