Если в самом начале пребывания св. Макария на Хиосе его почти никто не беспокоил, то со временем к нему стало приходить все больше и больше людей. Ища покоя, он решил оставить остров и перебраться на о. Патмос. Однако и здесь он не нашел желанного уединения, и был вынужден вернуться назад, на Хиос. Он решил предаться еще более строгим подвигам. С этой целью он нашел неподалеку от все той же часовни св. Петра небольшую расщелину, расширил ее и поселился в ней, предавшись более строгим подвигам.
Однако вскоре и сюда стало приходить множество людей, отрывая св. Макария от молитвы. Тогда он решил перебраться в другую пещеру - в 150-ти метрах от первой. Теперь он попеременно жил то в одной, то в другой пещере. Помимо прочего, в этом был также следующий смысл. По замечанию проф. Пападопулоса, подвижники часто строили себе по две келии, на небольшом расстоянии одна от другой. Они это делали с той целью, чтобы, когда один и тот же вид из одной келии начинал утомлять их взгляд, можно было сменить вид и отдохнуть от однообразия пейзажа. В том числе с этой целью св. Макарий, как знаток тонкостей подвижнического искусства, жил в двух келиях.
В 1784-м году св. Макарий ездил на Святую Гору. Здесь он встретился со св. Никодимом Святогорцем, которому передал для редактирования труды Симеона Нового Богослова. Эти труды были изданы в Венеции в 1790 году под следующим заголовком: "Преподобного… отца нашего Симеона Нового Богослова известные труды, разделенные на две части, из которых первая содержит слова Преподобного,… переведенные на разговорный язык… духовником Дионисием Загореем… Вторая же часть содержит другие его поэтические слова… В Венеции, 1790. Издано … В Венеции, 1790. Издано Николаем Гликисом из Иоаннины". Таким образом, согласно титула издания, прозаические слова преп. Симеона, составившие первую часть издания, были переведены на разговорный язык Дионисием Загореем. Между тем, Дионисий был лишь переписчиком и сотрудником преп. Никодима Святогорца. Львиную же долю труда, если не весь труд по переводу трудов св. Симеона Нового Богослова взял на себя преп. Никодим, как об этом свидетельствует его биограф Евфимий. Дионисий, по всей видимости, помогал св. Никодиму исправлять текст. Почему, тем не менее, только его имя упомянуто в титуле издания, можно объяснить либо тем, что св. Никодим по смирению не желал, чтобы его имя фигурировало в издании, либо ошибкой типографии. Как и в случае с другими святоотеческими изданиями, текст трудов преп. Симеона Нового Богослова был предоставлен св. Никодиму св. Макарием, который собрал его из различных рукописей и свел в один сборник. Он также нашел деньги для издания трудов в Венеции. Об этом существует два верных исторических свидетельства. Первое - Георгия Завираса (†1805), который сообщает, что Макарий "дал деньги на издание... и Симеона Нового Богослова". Другим важным свидетельством является уже упомянутое письмо преп. Паисия Величковского болгарскому старцу Феодосию. Здесь он, в частности, сообщает: "По времени же малом (Макарий) имеет намерение печати предати и книгу великую святого Симеона Нового Богослова".
Живя на Хиосе, Макарий не изменил своему обычаю, которому следовал еще будучи управляющим отцовских имений, помогать нищим и обездоленным. Так, его современник Георгий Завирас сообщает: "Скольких пленников освободил (Макарий), скольким голодным и больным помог.., почти невозможно посчитать".
Приведем только несколько случаев его щедрой благотворительности. Так, например, он оказал существенную поддержку деятелю греческого Просвещения, Адамантису Кораису (1748-1833), когда тот юношей учился в Montpellier.
Он помог старцу Нифону-колливаду (1736-1809) построить на острове Икария монастырь Благовещения. В 1779-м году он посетил этот монастырь и провел в нем некоторое время.
Также, живя на Хиосе, св. Макарий принял важное служение "наставника мучеников". В Османской империи христиане за свои христианские убеждения не преследовались. Им позволялось держаться своей веры, не опасаясь за свою жизнь. Под угрозой смертной казни было запрещено лишь переходить из ислама в христианство. Этот закон был основной причиной мученической смерти греческих новомучеников. Их история во многом типична. В какой-то момент они совершали преступление против законов Османского государства: воровство, грабеж, прелюбодеяние и т.п. Единственной возможностью для них избежать законного наказания был переход из христианства в ислам. Многие, таким образом, принимали ислам и освобождались от наказания. Некоторые со временем раскаивались в измене своей вере и хотели вернуться в христианство. Однако, по турецким законам, за это им грозила смертная казнь. Многие, желая избежать ее, перебирались в отдаленные места, где их никто не знал, и жили там как христиане. Некоторые же, тем не менее, желая сполна искупить вину отречения, решались публично объявить о своем переходе назад в христианство. Судья, перед которым они объявляли о своем решении, мог присудить им только один приговор - смерть. Перед казнью они некоторое время содержались в тюрьме, куда к ним относительно свободно могли приходить родственники, знакомые и священник, для напутствования перед смертью. Такие священники-наставники мучеников избирались из самых достойных клириков. Они исповедовали и причащали приговоренных, укрепляя их на мученический подвиг. В греческом языке для них есть даже специальное слово: "алиптис" (aleiptis martyron).
Нужно заметить, что как подвиг новомучеников, так и наставничество приходивших к ним священников далеко не всегда находили должное понимание как среди простого народа, так и среди церковной иерархии и клира, многие представители которого не только препятствовали мученичеству, но и избегали напутствовать тех христиан, которые были уже приговорены к смерти. Так, св. Афанасий Париос упоминает случай, когда один желавший вернуться из ислама в лоно Церкви пришел в одну митрополию, чтобы спросить, что ему делать, и ушел оттуда ни с чем.
Негативное отношение как к тем из христиан, которые решались на мученический подвиг, так и к священникам, которые их наставляли, было даже в кругах Константинопольской патриархии. Так, например, Мануил Гедеон, историк нового периода Греческой Церкви, выражая отношение некоторых кругов патриархии, называет новомучеников "неразумными", а их наставников - "фанатиками".
Итак, наставником мучеников был и св. Макарий. В связи с этим ему приходилось не только подвергаться постоянной опасности со стороны турецких властей, но и испытывать либо непонимание, либо откровенное осуждение со стороны некоторых церковных кругов. Несмотря на все это, он продолжал приходить в темницы к приговоренным на смерть христианам. Зачастую власти, зная намерения Макария, не пускали его к приговоренным. Тогда ему приходилось оговаривать себя как, например, неплательщика налогов, чтобы его посадили в тюрьму, и он мог общаться с новомучениками.
Как сообщает св. Афанасий Париос, он "не только говорил им пять-десять слов для ободрения и разрешал их от грехов, но также много дней держал их рядом с собой, подготавливая их постом, молитвами, коленопреклонениями, слезами и стенаниями, пока в их душах не возгорался огонь божественной любви".
В некоторых случаях такое наставничество было решающим. Так, например, новомученик Феодор Византиец (†1795), несмотря на первоначальное желание пострадать за Христа, впоследствии был одолеваем страхом перед смертью. Однако, укрепленный св. Макарием, он "как жаждущий олень устремился, чтобы сподобиться смерти за Христа". В другом случае, с новомучеником Дмитрием Пелопоннесским (†1803), св. Макарий также приложил немало усилий, чтобы возжечь в нем желание пострадать за Христа. Дмитрия, ко всему прочему, ему пришлось наставлять даже в основах веры. Кроме указанных двоих, св. Макарий подготовил к мученичеству также св. Полидора Киприота (†1794) и "других, в которых возжег желание подвига за веру", имена которых мы не знаем.
Будучи наставником мучеников, св. Макарий был свидетелем их героизма и мужества, которые часто не были видны другим. Кроме внешней решимости пострадать за Христа, он видел их внутреннюю брань, в результате которой они принимали трудное решение пожертвовать своей жизнью ради Христа. Мужество мучеников он описывает в своих письмах их родным, утешая их и убеждая со стойкостью и верой переносить потерю близкого человека. Таких писем сохранилось пять.
Подвиг новомучеников был описан св. Макарием также в их житиях, которые он сам и составлял. Причина, по которой св. Макарий составлял жития новомучеников, состояла не только в том, чтобы прославить их страдания, но, наверное, в первую очередь, чтобы дать христианам пример верности Христу и Церкви, попытаться хотя бы в какой-то степени предотвратить процесс омусульманивания православного населения Османской империи, который и в эпоху св. Макария шел полным ходом.
Написанные им жития новомучеников вошли в сборник, которому он дал название "Новый Лимонарий" (Neon Leimonarion). Это название было заимствовано у Иоанна Мосха (545 (552) - 619) - автора книги, на русском языке известной как "Луг духовный". В оригинале, однако, она называлась "Лимон" (Leimon), а позже получила название "Духовный лимон" (Pneumatikos leimon) и "Лимонарий" (Leimonarion).
Для написания житий новомучеников святой Макарий пользовался сведениями, полученными от них самих, напутствуя их перед смертью. Также он пользовался рассказами знавших их людей, записями, сохранившимися в различных архивах и т.п.
Кроме житий новомучеников, в "Новый Лимонарий" вошли жития других Святых, не публиковавшиеся ранее. Св. Макарий отыскивал рукописи с этими житиями в библиотеках Афона, Патмоса, Хиоса, одновременно с аскетическими трактатами. Также в сборник вошли душеполезные рассказы из житий Святых, которые могли бы назидать верных.