Подобно другим сооружениям афинского Акрополя, Эрехтейон неоднократно подвергался разрушениям и перестройкам. В византийское время в нем был устроен христианский храм во имя Богоматери. После захвата города турками Эрехтейон был превращен в гарем турецкого правителя Афин.
Первая реставрация храма была осуществлена сразу после завоевания Грецией независимости, в 1837-1847 годах. Повторно храм реставрировался в 1902-1909 годах. Были восстановлены портик кариатид, северная и южная стены, западный фасад храма.