Во-первых, с 1986 по 1989 г., несмотря на то, что таможенная служба стала самостоятельной отраслью государственного управления, функции таможенных органов фактически остались прежними, так как почти не изменился порядок экспортно-импортных операций. Как и раньше, главной задачей таможен был контроль за соблюдением государственной монополии внешней торговли. В этот период система таможенных органов развивалась в основном в организационно-правовом направлении. Правовой аспект этого развития заключался главным образом в принятии ряда нормативных актов, определяющих правовой статус и порядок деятельности органов таможенной системы (Положение о ГУГТК при СМ СССР, Инструкция о порядке подготовки нормативных актов ГУГТК при СМ СССР). В организационном плане происходило структурное переустройство органов управления таможенным делом: отделы, входившие в состав ГТУ МВТ, были преобразованы в управление ГУГТК; увеличилась сеть местных таможенных учреждений. Постановление Совета Министров СССР от 28 февраля 1989 г. № 191 юридически закрепило отход от принципа государственной монополии внешней торговли и поставило задачу формирования новой таможенной политики, современного механизма таможенного контроля. Это обусловило изменения в функциональной направленности таможенных органов в последующий период.
Во-вторых, и после 1989 г., когда перешли к новым формам управления внешней торговлей и функции таможенных органов стали постепенно меняться, из-за недостаточно радикальной и последовательной реформы внутреннего хозяйства новый механизм регулирования внешнеэкономических связей на практике не действовал. Поэтому новые юридически закрепленные функции таможенных органов имели декларативный характер и, в частности, функции, связанные с институтом таможенно-тарифного регулирования.
В-третьих, отсутствовала законодательная база для перестройки системы управления таможенным делом. Таможенный кодекс 1964 г., принятый по стандартам командно-бюрократической системы, не только перестал соответствовать существующим реалиям, но и противоречил принимаемым министерствами и ведомствами подзаконным актам.
Развитие таможенного дела вплоть до принятия в 1991 г. нового Таможенного кодекса и Закона СССР о таможенном тарифе определялось подзаконным нормотворчеством - постановлениями Совета Министров СССР и ведомственными актами. Общее руководство таможенными вопросами осуществлял высший исполнительно-распорядительный орган - Совет Министров, который определял также основные направления дальнейшего развития таможенной системы.
Координацией деятельности таможенного ведомства с другими управленческими структурами, а также непосредственным оперативным руководством таможенным делом занималась Государственная внешнеэкономическая комиссия Совета Министров СССР.
Во главе таможенной системы стояло Главное управление государственного таможенного контроля при совете Министров СССР - центральный таможенный орган. Положение о нем, утвержденное постановлением Совета Министров СССР от 13 июля 1987 г. № 775, определяло функции и порядок его деятельности. ГУГТК отвечало за таможенный контроль, борьбу с контрабандой и нарушениями таможенных правил, за эффективное применение таможенного тарифа. ГУГТК был обязан: разрабатывать предложения и принимать меры по совершенствованию государственного таможенного контроля; устанавливать в соответствии с Таможенным кодексом и иными актами законодательства порядок пропуска через государственную границу предметов, их декларирования и досмотра, личного досмотра лиц, следующих через государственную границу, порядок совершения иных таможенных операций; разрабатывать и проводить мероприятия по борьбе с контрабандой и нарушениями таможенных правил; участвовать в разработке таможенного тарифа на товары; утверждать ставки таможенных пошлин на предметы личного потребления. ГУГТК имело право: участвовать в разработке предложений о создании на государственной границе пунктов пропуска, через которые осуществляется автомобильное, морское, речное, воздушное и иное сообщение; разрешать ввоз и вывоз имущества, не являющегося предметом операций по внешней торговле; создавать, реорганизовывать и ликвидировать таможенные учреждения в установленном порядке и др.
Основными структурными единицами ГУГТК при СМ СССР были управления и отделы. В составе центрального аппарата действовали: Управление организации таможенного контроля, Управление по борьбе с контрабандой и нарушениями таможенных правил, Техническое управление, Управление кадров и учебных заведений, Управление таможенного права, Управление таможенной политики и внешних связей, Экономическое управление, Отдел контроля за печатными и аудиовизуальными материалами. ГУГТК имел и множество административно-хозяйственных подразделений (Управление делами, Управление материально-технического снабжения и социального развития, Управление эксплуатации контрольно-пропускных пунктов). Такая сложная организация центрального аппарата явилась результатом определенного структурного развития. Например, Отдел таможенного права и международных связей был преобразован в Управление таможенного права и международного сотрудничества, из которого затем выделились два самостоятельных управления - Управление таможенного права и Управление таможенной политики и внешних связей. Введение в практику таможенного контроля новых современных технических средств обусловило появление Технического управления. В связи с созданием в системе ГУГТК собственной учебной базы вместо отдела кадров (как было в ГТУ МВТ) в его структуре стало действовать Управление кадров и учебных заведений.
В целом компетенция каждого из управлений носила комплексный характер. Полномочия одного управления тесно переплетались с полномочиями других. Так, Управление таможенного права в большей степени, чем другие управления, несло ответственность за подготовку проектов международных соглашений по таможенному делу. Управление по борьбе с контрабандой и нарушениями таможенных правил при разработке международных соглашений по борьбе с контрабандой в силу своей компетентности в указанных вопросах во многом могло влиять на определение конкретных направлений сотрудничества в этой сфере.
Наряду с функциональным определенное значение в деятельности структурных подразделений ГУГТК имел и территориальный принцип. На его основе происходило, например, распределение обязанностей в организационно-инспекторском секторе Управления организации таможенного контроля, каждый сотрудник которого отвечал за положение дел в таможенных учреждениях, расположенных на определенном участке территории СССР.
Статус таможен определялся рядом актов. Основным нормативным актом, регулирующим деятельность местных таможенных учреждений, являлось Положение о таможнях и таможенных постах, утвержденное приказом ГТУ МВТ от 9 сентября 1982 г. В структуру местных таможенных учреждений могли входить отделы: оперативный, пассажирский, почтово-грузовой, дипломатических грузов, контроля за грузами иностранных выставок, контроля за грузами советских выставок, контроля за грузами инофирм, технических средств контроля, по борьбе с контрабандой, оперативно-технического обеспечения и др.
Таможни и таможенные посты по их дислокации делились на пограничные и внутренние. По специфике деятельности местные таможенные учреждения можно было подразделить на сухопутные, воздушные, морские (речные). Зоны деятельности таможен были неодинаковы по размерам, поэтому и число таможенных постов, входивших в ту или иную таможню, было различным. Например, Иркутская и Керченская таможни вообще не имели таможенных постов. В составе Чопской таможни, в зону деятельности которой входили три пограничных района Закарпатской области, действовали пять таможенных постов (Батеево, Звонковский, Лужайка, Тисса, Косинский).
Увеличение числа международных перевозок и рост объема международного пассажирского сообщения обусловили в 1987-1990 гг. значительный рост числа местных таможенных учреждений. Только с марта по август 1989 г. число таможен увеличилось с 87 до 95.
В это время ясно наметился переход от чисто территориального принципа построения местных таможенных учреждений к созданию сети таможен по федеративному принципу. Ряд крупных таможен, зоны деятельности которых почти полностью совпадали с территориями союзных республик, были переименованы в республиканские. Так, Тбилисская таможня была преобразована в Грузинскую республиканскую. В Таджикистане, Узбекистане, Казахстане, Азербайджане, Армении, Латвии, Литве, Эстонии также учреждались республиканские таможни. Интересно, что в республиканскую была преобразована Дальневосточная таможня, зона деятельности которой ограничивалась Приморским краем.
В ходе реформы внешнеэкономической деятельности многим предприятиям и организациям было предоставлено право самостоятельно проводить экспортно-импортные операции. Чтобы увеличить пропускную способность таможен и таможенных постов, а также освободить местные таможенные учреждения от существенного объема работ по оформлению грузов, предусматривалась возможность проведения досмотра и таможенного оформления грузов непосредственно в месте расположения участника внешнеэкономических связей. Для этого заинтересованное предприятие (организация) могли вызвать за свой счет сотрудника таможни, обратиться в таможенное управление с просьбой об организации досмотровой комиссии или о назначении постоянного таможенного уполномоченного.