Наиболее глубокие изменения претерпевает социальная ангажированность ученых научного центра. В условиях начавшегося со второй половины 60-х годов неоконсервативного реванша в политике давление на научное сообщество Академгородка резко возросло. Удивление вызывает тот факт, что ученые смирились с этим достаточно легко. Особых протестов в научном центре не было слышно. В результате место социальной ангажированности или, если использовать одну из идеологем того времени, "активной жизненной позиции", занял профессиональный эскапизм. Еще недавно жившие интересами общества исследователи предпочитали теперь с головой уйти в профессиональную деятельность, где, по их мнению, было проще сохранить традиционные для научного сообщества принципы морали и нормы поведения. Желание построить "башню из слоновой кости" и скрыться за ее высокими стенами было настолько естественной, насколько и сюрреалистичной реакцией на внешнюю угрозу. Исключение, в основном, составляли лишь те ученые, которые пытались построить административную карьеру. Для них сохранение активной социальной ориентации стало правилом игры, условия которой они принимали вполне сознательно, хотя и понимали все ее негативные стороны, в том числе и опасность потерять лицо в глазах коллег. По данным Управления кадров СО АН СССР, число тех, кто в советские времена уходил из научного сообщества Академгородка на работу в структуры государственного и партийного аппарата, составляло до 10% от выбывавших из числа сотрудников СО РАН.
Параллельно в городке формировалась своеобразная "кухонная культура" — типичный феномен жизни советских интеллигентов конца 60-х — начала 80-х годов. Кухни тесных городковских "хрущоб" стали суррогатом прежних общественных клубов. Различие между ними носило качественный характер: если клубы были ориентированы, кроме всего прочего, на зондаж и формирование общественного мнения, то "кухонная культура" была способом самовыражения и самоуспокоения старших и младших научных сотрудников, позволявшим им в реальной жизни мирно сосуществовать с властями. Параллельно усиливалась и страсть к доносительству. Использование "органов" для решения собственных проблем и устранения неугодных лиц принимало все более широкий характер. В некоторых случаях "доброжелатели" представляли в органы целые исторические сочинения. Весьма показателен в этом отношении документ, который педалирует вновь обретающую популярность антисемитскую тему. 24 декабря 1968 г. в приемную КГБ в Москве обратился один из сотрудников ИЭиОПП СО АН СССР с письмом следующего содержания:
"Докладная записка о чрезвычайном положении с подбором, расстановкой, использованием и воспитанием научных кадров-экономистов в Институте экономики и организации промышленного производства Сибирского отделения АН СССР. В новосибирском Академгородке в 1957 г. под руководством члена-корреспондента АН СССР Г.А. Пруденского был создан ИЭиОПП. На пустом месте за 9 лет был построен новый большой корпус для института и организован коллектив в составе 200 чел. За короткий срок институт получил широкую известность в разработке проблем труда, трудовых ресурсов, в организации и управлении общественным производством, по размещению производительных сил Сибири и стал головным учреждением по этим проблемам.
В результате сильного нажима хорошо организованной группы, состоящей из еврейского большинства, прочно обосновавшейся сначала в НГУ, был доведен до тяжелого болезненного состояния директор института Г.А. Пруденский. В июне 1966 г. он был вынужден подать заявление об освобождении его от обязанностей директора, но длительная и тяжелая травля не прошла бесследно, и 27 июля 1967 г. он умер в г. Москве.
В 1966 г. пост директора института принял член-корреспондент АН СССР А.Г. Аганбегян. Он решил ликвидировать коллектив научных сотрудников. За 66–67 гг. из института было уволено 184 чел., в 68 г. — более 40 чел. (из них более 30 кандидатов наук и 4 доктора наук). Среди уволенных большинство коммунисты, опытные экономисты, уроженцы Сибири и почти все они русские.
Вначале Аганбегян распустил Ученый совет института, партийную и профсоюзную организации. В новом составе Ученого совета стали преобладать ученые еврейской национальности. На первом заседании Ученого совета якобы по конкурсу были избраны на заведование секторами Вальтух (немец), Зархин (еврей), Казакевич (еврей), Мироносецкий (еврей), Свердлик (еврей), Сипляровский (еврей), Шляпентох (еврей), Шнипер (еврей). В институте экономики, видимо, стала работать хорошо законспирированная и четко организованная сионистская организация. Аганбегян имел строгий выговор за действия во время заграничной командировки, причинившие ущерб государственным интересам СССР, по этому вопросу было принято специальное решение ЦК КПСС" [24, ф. 5, оп. 60, д. 44, л. 96–105 об.].
На все это власть реагировала вполне адекватно. С отставкой Н.С. Хрущева Академгородок сразу был вынужден вступить в жесточайшую борьбу за ресурсы с подрастающими конкурентами из других регионов страны. При этом позиции городка оказывались заведомо ослабленными из-за той поддержки, которую научный центр получал от прежнего руководства. Академгородок был детищем "оттепели", о которой теперь было не принято вспоминать.
Оставаясь формально одной из "священных коров" социализма, Академгородок стал быстро утрачивать свои позиции как в структуре организации науки, так и в системе идеологических приоритетов. Теперь ему приходилось добиваться того, что ранее было возможно получить for granted. Это имело самые серьезные последствия для развития комплекса научных учреждений в Сибири. Терял свой авторитет у властей лидер, бывший одним из отцов-основателей сибирской академической Атлантиды. Планы создания научного центра в Иркутске, аналогичного Новосибирскому, а затем и тиражирования комплексного подхода к организации научных исследований в других городах Сибири и Дальнего Востока так и не были реализованы в полном объеме. Более того, вскоре СО АН СССР потеряло Дальневосточный научный центр, несмотря на активные попытки удержать его в своей структуре. Неудачей окончились и усилия, направленные на формирование так называемого "пояса внедрения". Этому аспекту развития научного комплекса придавалось очень большое значение, именно он должен был стать логическим завершением воплощения в жизнь знаменитой триады М.А. Лаврентьева "Наука. Кадры. Производство". Соответственно, и неудача воспринималась особенно остро. Противоречия с центром явно нарастали, и для того, чтобы хоть как-то гармонизировать и поддерживать прежний имидж научного комплекса, его руководству требовалось прикладывать немало сил и энергии.
Реакция местных властей на вольности научного сообщества в Академгородке была также вполне предсказуемой и адекватной изменившимся политическим условиям в стране. Партийные власти области стали предпринимать все более интенсивные попытки распоряжаться в городке, как в своей вотчине, чего не могли себе позволить раньше из-за имевшейся у руководства научного центра возможности апеллировать непосредственно к Кремлю. Теперь Академгородку надлежало помнить, что он — не "государство в государстве", а всего лишь один из городских районов индустриального Новосибирска. Наиболее ярким проявлением таких изменений стала уже упоминавшаяся ликвидация в 1965 г. парткома научного центра и передача его партийной организации в ведение одного из райкомов города, где был создан отдел науки. Административные функции в Академгородке стали в большей степени осуществляться партийными структурами, возглавляемыми отныне номенклатурными работниками. Жизнь научных учреждений и их сотрудников, в том числе и вне рамок профессиональной деятельности, оказывалась под усиливающимся контролем партийных органов.
Отношения между руководством СО АН СССР и Новосибирским обкомом КПСС к 70-м годам сильно усложнились. Несмотря на то что Ф.С. Горячев, весьма жесткий руководитель, старался придерживаться разумных границ во взаимодействии с учеными, у него явно не складывались личные отношения с М.А. Лаврентьевым. По воспоминаниям современников, Горячев и Лаврентьев во многом были антиподами и относились друг к другу без особого уважения, чего, однако, не наблюдалось в отношениях секретаря обкома и Г.И. Марчука, который впоследствии сменит М.А. Лаврентьева на посту председателя СО АН СССР. По воспоминаниям Г.С. Мигиренко, М.А. Лаврентьев был рад тому, что удалось "вовремя" закончить работы по формированию научного центра [18, p. 269].
Одним из первых признаков наступивших перемен в Академгородке стало осуждение так называемых "подписантов" и тех, кто осмелился присоединиться к ним и выступить против произвола властей в отношении творческой интеллигенции. Эта история в настоящее время известна. 19 февраля 1968 г. группа научных сотрудников СО АН СССР и преподавателей НГУ подписала письмо с протестом против закрытого суда над Александром Гинзбургом, Юрием Галансковым, Алексеем Добровольским и Верой Лашковой, получившее название "Письмо 46-ти". Письмо было отправлено в Верховный суд РСФСР и Генеральному прокурору СССР (копии Председателю Президиума Верховного Совета СССР Н.В. Подгорному, Генеральному секретарю ЦК КПСС Л.И. Брежневу, Председателю Совета Министров СССР А.Н. Косыгину, редакции газеты "Комсомольская правда"). 23 марта 1968 г. содержание письма было изложено в американских газетах, а 27 марта его текст передан радиостанцией "Голос Америки". По утверждению многих, последняя акция была, скорее всего, провокацией, поскольку имелось лишь шесть копий данного письма. Общее количество "подписантов" составило, по подсчетам А. Амальрика, 738 человек, из них 45% были людьми научных профессий. Среди 46 "подписантов" из ННЦ 35 работали в научно-исследовательских институтах Академгородка (4 доктора наук, 10 кандидатов), 19 являлись преподавателями Новосибирского госуниверситета, трое работали в Физико-математической школе. 6 "подписантов" были членами КПСС (В.А. Конев, И.С. Алексеев, Л.Г. Борисова, Э.С. Косицына, С.П. Рожнова, Г.С. Яблонский) причем двое последних в разное время были членами РК ВЛКСМ.