Интенсивное освоение Алтае-Саянского региона привело к существенным изменениям инженерно-геологических условий значительной части его территории, особенно в зоне непосредственного влияния техногенного воздействия. Произошли определённые изменения состояния пород, гидрогеологичеких условий, рельефа, активизировались природные геологические и возникли новые инженерно-геологические процессы.
Наиболее существенные изменения рельефа на значительных территориях связаны с разработкой месторождений полезных ископаемых, в первую очередь, угольных. Так, на всей территории Кузбасса сформировался своеобразный техногенный рельеф, основные формы которого – карьерные выемки, провалы и проседания земной поверхности. Площадь, занятая карьерными выемками, составляет более 40% общей площади нарушений.
Характер современных геологических процессов Алтае-Саянского региона определяется морфоструктурными территории, широким распространением скальных пород, залегающих непосредственно на дневной поверхности или под маломощным покровом обломочных образований, широким развитием многолетнемёрзлых пород.
В целом Алтае-Саянский регион относится к областям повышенной тектонической активности: землетрясения возможны на всей его территории. Здесь часты землетрясения различной силы, достигающие иногда 8 – 10 баллов. Наибольшая частота и мощность землетрясений приурочены к субширотной полосе, проходящей вдоль южной части территории. По мере продвижения на северо-восток частота и интенсивность землетрясений убывает. Наиболее опасны по частоте и силе возможных землетрясений зоны, примыкающие к глубинным разломам, и участки, расположенные на пересечении тектонических зон, возникших в каледонскую и герцинскую эпохи.
Криогенные процессы и явления, тесно связанные с слоем сезонного промерзания и оттаивания или с протаиванием многолотнемёрзлых горных пород, т.е. на площадях, где мерзлота неустойчива. Высотное положение рельефа – ведущий фактор, определяющий районы проявления криогенных процессов. Верхняя граница пояса располагается примерно на уровне среднемноголетней снеговой границы, а положение нижней изменяется в разных районах и улавливается с трудом.
Условия развития и вид доминирующих криогенных процессов зависят также от крутизны горных склонов и наличия на них рыхлых образований. На самых крутых склонах, лишённых, как правило рыхлого покрова, развиваются преимущественно морозное растрескивание и криогенное выветривание пород.
Лавины и сели наиболее характерны для высокогорных районов, но довольно часты и в среднегорье. Закономерна сравнительно низкая поражённость ими западных частей региона по сравнению с восточными: на Горном Алтае районы с высокой лавинной и селевой опасностью распространены ограниченно, а на Восточном Саяне их очень много. Основные части питания селей расположены в нивальной зоне, главным источником питания являются морены, а в среднегорье и продукты выветривания коренных пород. В селевых потоках доля твёрдого материала составляет от 10 – 15 до 60 – 70 %, объём разового выноса в низовья селевых русел составляет десятки и сотни тысяч кубических метров твёрдого материала.
Мощности осыпей и обвалов зависят от состава пород, условий их залегания и характера рельефа. Наиболее активны склоновые процессы в зоне тектонических нарушений, особенно на узлах пересечения разломов. В долинах крупных рек в пределах межгорных впадин наряду с обвально-осыпными явлениями известны оползни
Широко распространены карстовые явления, встречающиеся практически повсюду, где развиты карбонатные формации. Карстовые пещеры и воронки во многих случаях представляют собой безусловно докайнозойские образования: в некоторых из них найдены раннекайнозойские отложения. Это позволяет считать, что преобладающим развитием в Алтае-Саянском регионе пользуется древний карст, но развитие карстовых форм продолжается и в настоящее время. Широкое развитие мерзлоты в горных районах несколько снижает скорость выщелачивания карбонатных пород, но не прекращает процесса карстования.
Эоловые процессы наиболее широко развиты в межгорных впадинах. Они приводят к выдуванию почв и пыльным бурям. Просадочные явления известны в лёссовидных покровах Кузнецкой и Минусинской впадин. Во впадинах Горного Алтая развито Засоление почв и грунтов.
В числе геологических процессов надо отметить современное оледенение: на территории Алтае-Саянского региона установлено более 1300 ледников общей площадью 980 км2.
Помимо рассмотренных на территории Алтае-Саянского региона развиваются антропогенные процессы, особенно в районах интенсивной хозяйственной деятельности. Наиболее часты нарушения криогенной обстановки, приводящие к деградации или новообразованиям многолетнемёрзлых пород и активизации всевозможных криогенных процессов и явлений. Наибольшие изменения на поверхности вызывают горные работы: проседания и провалы, породные отвалы, разнос техногенных грунтов временными и постоянными водотоками. Строительные работы в горных районах часто вызывают активизацию гравитационных процессов. По берегам водохранилищ происходит переформирование берегов, развиваются обвалы, осыпи и оползни, подтопляются и заболачиваются прилегающие долины.