До 2005 года доходы от уплаты минимального налога в соответствии со статьей 48 Бюджетного кодекса Российской Федерации (далее БК РФ) распределялись органами федерального казначейства по уровням бюджетной системы РФ по следующим нормативам отчислений:
1) в бюджет Пенсионного фонда РФ - 60%;
2) в бюджет Федерального фонда обязательного медицинского страхования - 2 процента;
3) в бюджеты территориальных фондов обязательного медицинского страхования - 18%;
4) в бюджет Фонда социального страхования РФ - 20%.
Но согласно статье 1 Федерального закона от 20 августа 2004 года №120-ФЗ "О внесении изменений в Бюджетный кодекс Российской Федерации в части регулирования межбюджетных отношений" (далее Закон №120-ФЗ) с 1 января 2005 года статья 48 БК РФ утратила силу.
В соответствии со статьей 146 БК РФ, введенной Законом №120-ФЗ, доходы от минимального налога в связи с применением УСН подлежат зачислению:
1) в бюджет Пенсионного фонда РФ - по нормативу 60%;
2) в бюджет Федерального фонда обязательного медицинского страхования - по нормативу 2 процента;
3) в бюджеты территориальных фондов обязательного медицинского страхования - по нормативу 18%;
4) в бюджет Фонда социального страхования РФ - по нормативу 20%.
Минфин Российской Федерации в Письме от 15 июля 2004 года №03-03-05/2/50 "О минимальном налоге при упрощенной системе налогообложения" дает разъяснение, что в случае возникновения у налогоплательщиков обязанности по уплате минимального налога по итогам налогового периода суммы ранее уплаченных ими квартальных авансовых платежей единого налога подлежат по согласованию с территориальными органами федерального казначейства зачету в счет предстоящих платежей минимального налога в порядке, предусмотренном статьей 78 НК РФ. Согласно статье 78 НК РФ, сумма излишне уплаченного налога подлежит зачету в счет предстоящих платежей по этому или другим налогам, погашения недоимки либо возврату налогоплательщику. При этом зачет суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей осуществляется на основании письменного заявления налогоплательщика по решению налогового органа. Такое решение выносится при условии, что эта сумма направляется в тот же бюджет (внебюджетный фонд), в который была направлена излишне уплаченная сумма налога. Возврат суммы излишне уплаченного налога производится за счет средств бюджета (внебюджетного фонда), в который произошла переплата, в течение одного месяца со дня подачи заявления о возврате. Таким образом, у налогоплательщиков есть возможность зачесть перечисленные в бюджет авансовые платежи по единому налогу в счет предстоящих налоговых платежей.
Кроме того, в Письме Минфина Российской Федерации от 28 марта 2005 года №03-03-02-04/1/92 также сообщается:
"в случае возникновения у налогоплательщиков обязанности по уплате минимального налога по итогам налогового периода суммы ранее уплаченных ими за истекшие отчетные периоды квартальных авансовых платежей по единому налогу подлежат возврату этим налогоплательщикам, либо зачету в счет предстоящих им авансовых платежей по единому налогу за следующие отчетные периоды, или по согласованию с территориальными органами Федерального казначейства - зачету в счет предстоящих платежей минимального налога в порядке, предусмотренном ст.78 Кодекса".