Разом з теоретичними дослідженнями Н.Д. Кондратьєву належить заслуга безпосередньої участі в складанні перших планів. Як вже наголошувалося, протягом багатьох років він очолював Управління сільськогосподарської економіки і планових робіт Наркомзама РРФСР, був директором Кон'юнктурного інституту при Наркомфіну СРСР Молодий директор (Кондратьєву не було тоді і сорока років) ставив перед інститутом завдання створення макроекономічної теорії планування і прогнозування в рішенні питань кон'юнктурних досліджень (динаміка цін, індекси обсягів виробництва в промисловості, сільському господарстві і так далі) Кондратьєв і його співробітники стояли на передових рубежах світової науки.
Як вже наголошувалося, до середини 1920-х рр. у вітчизняній економічній думці склалися два основні підходи до планування.
Перший (генетичний) будувався на основі екстраполяції в майбутнє (на величину планового періоду) тих основних тенденцій в розвитку економіки, які були в сьогоденні. Другим (телеологічний) робив головний упор на постановку певного завдання плану для того, щоб потім з'ясувати способи її реалізації. Н.Д. Кондратьєв, як і більшість найбільших економістів того часу, виступав за розумне поєднання обидва. методи. Ним, зокрема, підкреслювалося, що «облік об'єктивної обстановки настільки ж необхідний при побудові планів промисловості, як і при побудові планів розвитку сільського господарства. І генетичний і телеологічний методи мають бути, очевидно, використані як при побудові одних, так і при побудові інших. Відмінність же між першими і другими планами обумовлюється зовсім не тим, що в одному випадку ми користуємося генетичним методом, а в іншому – телеологічним методом. Відмінність ця лежить в іншому, а саме в межах можливого впливу держави на промисловість і на сільське господарство».
Будучи переконаним прихильником поєднання «телеології» і «генетики», Н.Д. Кондратьєв багато робив для вивчення об'єктивних характеристик і тенденцій ринкової економіки. Для нього ринок був не просто символом стихійного початку, але розглядувався як сполучна ланка між націоналізованим, кооперативним і приватним секторами, а також як важливе джерело господарської інформації. Призначення ж плану учений бачив в тому, щоб забезпечити швидший, ніж при спонтанному розвитку, темп зростання продуктивних сил. Крім того, завдання планерування Н.Д. Кондратьєв вбачав в забезпеченні не лише швидкого, але збалансованого зростання виробництва. Концепція розумного поєднання ринкових і планових початків (так само як і одночасного використання принципів «генетики» і «телеології») представлялася йому придатної для всіх секторів економіки.
Разом з тим, як показав Н.Д. Кондратьєв, вказана концепція модифікувалася залежно від того, який саме сектор розглядувався як об'єкт планерування. Так, у сфері сільського господарства, заснованого тоді на приватній власності селян, з потреби повинні були переважати методи непрямої дії на ринок, план тут повинен був приймати переважно генетичний характер. Навпаки, в націоналізованій промисловості елементи свідомого, планового впливу здатні були знайти набагато більшу вагу. Відповідно зростало значення прийомів телеологічного планерування. Але у будь-якому випадку побудувати науковий план, а головне, втілити його в життя можна було, згідно Кондратьєву, тільки погодившись з реальною обстановкою, об'єктивними законами ринку, прагнучи до рівноваги попиту і пропозиції, стійкості грошового звернення.
Велику роль в забезпеченні реалістичного характеру планерування Н.Д. Кондратьєв додавав економічним прогнозам. Він був проти зайвої деталізації перспективних планів, виступав проти «фетишизму цифр, при якому розробка слабо обґрунтованих цифрових завдань перетворювалася на самоціль планової діяльності. Виходячи з даних міркуванні, Н.Д. Кондратьєв і його прихильники піддали критиці первинний проект п'ятирічного плану на 1926/27–1930/31 рр., розроблений під керівництвом С.Г. Струміліна Н.Д. Кондратьєв, зокрема, пропонував прибрати з планових документів надмірно докладні цифрові розрахунки і замінити їх ретельнішим аналізом початкового рівня господарства, кращим опрацьовуванням методів економічної політики.
Переконання Н.Д. Кондратьєва на цілі і напрями планерування не залишалися незмінними. Спочатку він, разом з іншими видними ученими (Ст Р.Г.роман, Н.П. Макаров), вважав, що через аграрний характер країни основу народногосподарського планерування в СРСР повинен складати переважно генетичний план розвитку сільського господарства. Згодом «під впливом змін в економічному житті і політиці учений став у все більшому ступеню зв'язати завдання народногосподарського плану з цілями індустріалізації.
У спільній концепції планерування Кондратьєва посилювалася роль телеологічних методів, свідомої дії на економіку. Разом з тим учений справедливо указував, що збалансований розвиток народного господарства, швидке зростання промисловості немислимі без стійкості сільськогосподарського виробництва. Він пропонував направляти частку капіталовкладень в аграрний сектор економіки (на землеустрій, меліорацію, місцеву переробну промисловість). Ці заходи у поєднанні з виробничою і іншими формами кооперації повинні були, на його думку, забезпечити довготривалий економічний ефект. Учений застерігав, що інакше недостатній темп зростання сільськогосподарської продукції може стати одній з причин зриву програми індустріалізації.
Заслуга Н.Д. Кондратьєва полягала в тому, що він розробив досить струнку концепцію наукового планерування, свідомої дії на економіку, причому в умовах непу, при збереженні механізмів ринкового регулювання і ринкової збалансованості. Недивно, що ця концепція опинилася «не за смаком» сталінському керівництву, що намічало форсований, але без врахування реальних умов, перехід до адміністративного державного соціалізму. У своїй промові на конференції аграріїв-марксистів, тобто в тому самому виступі, де він пообіцяв «відкинути неп до біса», Сталін грубо розкритикував теорію рівноваги (рівноважного розвитку), розвинену Кондратьєвим і його однодумцями, назвавши її одним з «буржуазних забобонів». Для Сталіна, як і для інших ідеологів «вольового», командного планерування, були неприйнятні науково зважені, помірно реформаторські концепції Кондратьєва і його школи. Але сьогодні можна об'єктивно оцінити заслуги російського ученого в критиці теоретичних передумов «планового» волюнтаризму.
Звичайно, концепція планерування Н.Д. Кондратьєва з потреби містила компромісні положення. Так, він вважав, що план є керівним завданням для державних органів, провідних економічну політику держави. Проте для самих державних підприємств контрольні цифри перспективного плану, згідно його уявленням, носили швидше рекомендаційний характер і не ув'язувалися з обов'язковими рішеннями про обсяги виробництва. Фактично Кондратьєв вже в кінці 1920-х рр. підійшов до концепції індикативного планерування, реалізованої в багатьох країнах Заходу після другої світової війни.
Ця частка переконань Н. Д Кондратьєва, піддана тоді жорстокій критиці, вельми актуальна в наші дні, коли підприємства функціонують в умовах становлення ринкової економіки, потребуючи допомоги державного регулювання. Вельми актуальними сьогодні представляються і багато інших ідей Кондратьєва – про поєднання наукового регулювання і прогнозування, облік ринкової ситуації як чинник реалістичності загальнонаціональних програм, про поєднання механізмів ринкової рівноваги з довгостроковим планеруванням і так далі
Світовій економічній науці Н.Д. Кондратьєв відомий перш за все як автор теорії великих циклів господарської кон'юнктури. У ряді своїх робіт, серед яких виділяються монографія «Світове господарство і його кон'юнктура в час і після війни» (1922) і доповідь «Великі цикли економічної кон'юнктури» (1925), учений розвивав ідею множинності циклів, виділяючи різні моделі циклічних коливань: сезонні (тривалість менше року), короткі (тривалість 3–3,5 року), торговельно-промислові (середні) цикли (7–11 років) і, нарешті, великі цикли, триваючі 4й – 55 років.
Концепція великих циклів Н.Д. Кондратьєва розпадалася на три основні частки:
· емпіричний доказ існування «великої моделі циклу»
· деякі емпірично встановлені закономірності, супроводжуючі тривалі коливання кон'юнктури
· спроба їх теоретичного пояснення, або власне теорія великих циклів кон'юнктури.
Щоб встановити, чи існують великі цикли, Н.Д. Кондратьєв опрацював значний фактичний матеріал. Їм були вивчені статистичні дані по чотирьох провідних капіталістичних країнах – Англії, Франції, Німеччині і США. Кондратьєв аналізував динамічні лави цін, відсотка на капітал, заробітної плати, обсягу зовнішньої торгівлі, а також виробництва основних видів промислової продукції. Динаміка виробництва вугілля і чавуну враховувалася також по індексах загальносвітового виробництва.
Більшість узятих даних (за рідким виключенням) виявила наявність циклічних хвиль тривалістю в 48–55 років. Причому періоди в коливаннях окремих показників збігалися між собою вельми близько. Період статистичних спостережень і аналізу складав максимально 140 років (за деякими даними менше). На цей відрізок часу – до середини 1920-х гг. – довелися всього два з половиною великі цикли, що закінчилися. «Очевидно, – писав Н.Д. Кондратьєв, – що якщо доступний нашому вивченню відрізок часу і достатній, щоб вирішити питання про існування великих хвиль кон'юнктури, то він не достатній, щоб з повною категоричністю визнати і циклічність цих хвиль. Проте ми вважаємо наявні дані за достатні, щоб визнати велику вірогідність цієї циклічності».