В конце 60-х гг. Андропов восстановил систему спецотделов в вузах и на предприятиях, которые следили за общественными настроениями. В аппарате ЦК были ликвидированы отделы по борьбе с идеологическими диверсиями, и их функции возлагались на КГБ. Это не означало возвращения к монопольной роли КГБ, подобной сталинскому НКВД— МГБ, но усиливало его значение. КГБ курировался одним из отделов ЦК КПСС, который разрабатывал директивы для всех правоохранительных органов. В то же время усиливалось обратное влияние КГБ на систему власти. Сам Андропов стал кандидатом в члены Политбюро ЦК КПСС.
При Андропове репрессии против диссидентов несколько уменьшились в количественном отношении, но усилились качественно. Прошли уголовные процессы по делу А.Гинзбурга, Ю.Галанскова, А.Литвинова, Л.Богораз, П.Григоренко, Н.Горбаневской, Р.Пименова, Б.Вейля, А.Амальрика, В.Буковского. Расширялась география репрессий — аресты и процессы шли на территории Прибалтики, Украины, Грузии и т.п. Хотя процессы были закрытые, сведения об их ходе просачивались в западную прессу и доводились до населения СССР через радиостанции ЦРУ и др. В этот период стали применять психиатрическое «лечение», которому подверглись В.Буковский, П.Григоренко, Ж.Медведев, Л.Плющ. Андропов направил в ЦК письмо с планом более активного использования сети психиатрических лечебниц в целях изоляции активных диссидентов. При этом Андропов в отличие от своих предшественников в госбезопасности стремился отправить антисоветски настроенных интеллигентов не в сибирские ссылки и лагеря, а в страны Европы. При этом практиковалось давление на диссидентов и их родственников с целью ускорения их выезда за границу. В этот период усилилась эмиграция советских евреев в Израиль, в ходе которой покинула СССР значительная группа диссидентов-неевреев. Из эмигрантов и различных невозвращенцев в Европе. США и Израиле образовалась «третья эмиграция», которая стала сливаться с первой — послеоктябрьской и частично второй — послевоенной. Тех диссидентов, которых нельзя было по различным причинам осудить и которые не желали покидать страну, высылали из СССР почти насильно (А.И.Солженицын), обменивали на советских разведчиков или репрессированных лидеров зарубежных компартий (например, Буковского на Луиса Корволана).
Андропов был знаком со всеми произведениями теоретиков правозащитного движения и лично составлял аналитические записки для Политбюро о настроениях среди интеллигентских оппозиционных кругов, на основании которых готовились те или иные решения.
Андропов сам не встречался с диссидентами, за одним исключением, связанным с нашумевшим делом П.Якира и В.Красина. Эти активные диссиденты были сыновьями репрессированных крупных большевиков, провели много лет в лагерях и стали лидерами движения. Они подверглись репрессиям со стороны КГБ, в ходе которых следователям удалось без применения незаконных методов сломить их волю к сопротивлению и создать условия для сотрудничества с КГБ. Их капитуляция и дальнейшее поведение во многом деморализовали диссидентов. После суда, приговорившего Якира и Красина к трем годам лишения свободы, КГБ запланировал пресс-конференцию с участием иностранных журналистов, которая должна была убедить общественность в правоте политической власти в ее споре с инакомыслящими. Во время подготовки данной акции Андропов встретился с осужденными. На встрече он заявил, что возвращения к сталинизму не будет, но никто не допустит легальной и тем более нелегальной борьбы с советской властью. Пообещав различные поблажки и уступки, кстати впоследствии реализованные. Андропов склонил Якира и Красина к сотрудничеству. Пресс-конференция, проведенная с большой помпой в московском кинозале «Октябрь», нанесла сильнейший удар по авторитету правозащитного движения, которое численно заметно сократилось.
Андропов в официальных речах утверждал, что диссиденты в СССР являются порождением не советского образа жизни, а следствием деятельности западных спецслужб, использующих обычных для любой страны отщепенцев. Однако он понимал, что был еще один реальный и самый главный источник сопротивления — глобальные политические недостатки советского строя и крупные просчеты во внешней и внутренней политике, разложение номенклатурной элиты, попытка реабилитации Сталина.
По общему мнению историков и современников, Андропов воспринимался интеллигенцией как более свободомыслящий политик, чем все остальные члены партийного руководства. Но в 70-е гг. он не только не выступал с критикой режима, но и сам активно содействовал его укреплению и ужесточению. Что это было — коварство, интриганство, чрезмерная осторожность, ожидание своего времени иливсе вместе взятое? Ответ на этот вопрос позволяет дать дополнительная информация: во-первых, преследование диссидентов направлялось из Политбюро ЦК КПСС, которое принимало персональные решения относительно Солженицына, Сахарова и других лидеров движения; во-вторых, заместителями Андропова в КГБ были абсолютно преданные Брежневу бдительные генералы С.К.Цвигун и Г.К.Цинев; в-третьих, Андропов находил возможность помогать или смягчать удар КГБ в отношении таких деятелей, как Р.Медведев, Э.Неизвестный, Е.Евтушенко, В.Высоцкий, М.Бахтин. Председатель КГБ посоветовал Рою Медведеву продолжать работу над книгой о Сталине «К суду истории» и только предупреждал против издания ее за рубежом: Кроме того, Андропов был категорическим противником незаконных ежово-бериевских методов следствия и дознания, политических убийств в особенности. Хотя отдельные акции подобного характера все-таки проводились, надо иметь в виду, что вне личного контроля Андропова было Главное раз-ведуправление Генштаба, а в КГБ действовали почти независимо названные ставленники Брежнева.
При самом непосредственном участии Андропова было принято решение Политбюро о разрешении интеллигентской «Литературной газете» иметь отличную от официальной позиции собственную точку зрения.
Андропов поддержал требования лидеров репрессированных при Сталине крымских татар, не реабилитированных в 50-х гг. В 1967 г. он провел переговоры, в результате которых крымско-татарский народ был реабилитирован и ему в основном были возращены основные гражданские права, за исключением массового возвращения на историческую родину — в Крым. В то же время КГБ вел самую решительную борьбу с националистическими течениями в Прибалтике, на Украине, на Кавказе. В это время особую активность стали проявлять еврейские националистические организации, которые действовали в двух направлениях: создавали диссидентские правозащитные группы и организовывали выезд евреев в Израиль.
По требованию КГБ в Уголовный кодекс были введены специальные статьи, в которых расширительно толковались понятия «антисоветская пропаганда» и «клевета на советский общественный строй», а также статьи, позволяющие продлевать и устанавливать новые сроки уже осужденных по этим мотивам. Андропов проводил работу целенаправленно и систематически и никогда не выказывал даже тени раскаяния или сожаления.
Известна переписка Андропова и физика Л.Капицы относительно судьбы А.Д.Сахарова. В ней Андропов объясняет, что Сахаров преследуется КГБ за то, что распространил на Западе более 200 материалов, которые содержат «фальсификации» политики СССР и используются противниками СССР для разжигания антисоветизма. Это, по мнению Андропова, уже не инакомыслие, а конкретная деятельность, несущая угрозу политической безопасности СССР. При всех симпатиях к академику Сахарову следует признать, что в позиции Андропова как защитника существовавшего политического режима был известный политический смысл.
Серьезным оправданием позиции Андропова, на наш взгляд, была успешная деятельность возглавляемого им КГБ по защите национальной безопасности СССР. Эта сторона деятельности КГБ не только не уступала, но значительно превосходила по значению «работу» по борьбе с диссидентами, поскольку последней занималось только одно из девяти главных управлений Комитета — 5-е по охране Конституции, на долю которого приходилось только 0,5% личного состава КГБ. Кроме того, это управление помимо своих прямых функций занималось более конкретными задачами, например, локализацией холеры в Астрахани и Одессе в 1972 г.
Успешно противостояли ЦРУ и другим разведорганам Запада 1-е и 2-е главные управления КГБ, которые занимались внешней разведкой и контрразведкой. Особую роль сыграла научно-техническая разведка (управление «Т»), которая сэкономила стране значительные материальные и финансовые средства по таким важнейшим направления, как компьютеризация, медицина, оборонные отрасли экономики. В 1980 г. советской разведке было поручено собрать за рубежом секретные технические данные по 3167 темам, и к 1985 г. это задание было выполнено. В качестве примера можно назвать получение технической документации для производства лекарства — инсулина, для создания завода по производству нового поколения компьютеров и др.
Излагая собственную концепцию национальной безопасности, Андропов рисовал четыре концентрических круга — пояса безопасности: «Первый круг и — главный — это внутреннее единство, экономическое благополучие и моральное здоровье нашей собственной страны — СССР, второй круг — это надежность наших собственных союзников по мировоззрению, по оружию, третий круг — международное коммунистическое движение, четвертый — это остальной мир».