На Запоріжжі склалася своя адміністрація. Найважливішими її ланками у другій половині XVI — на початку XVII ст. були військові начальники — кошовий отаман, військовий суддя, військовий отаман, військовий писар, курінний отаман; військові чиновники — булавничий, хорунжий, довбиш, пушкар, гармаш, тлумач, шафар, канцеляристи; похідні і паланкові начальники-полковник, писар, осавул.
Після запорізької військової старшини йшли курінні отамани. Посада курінного отамана також була виборною. Курінними отаманами обирали людей здібних, хоробрих, рішучих. Обрання курінного отамана було внутрішньою справою певного куреня і виключало втручання у цей процес козаків інших куренів. Курінний виконував в Січі функції інтенданта: його прямим обов'язком було забезпечення козаків усім необхідним (продовольством, паливом тощо), збереження грошей і майна козаків у курінній скарбниці.
За військовою старшиною йшли військові чиновники, головною метою яких було надання допомоги службовим особам військової старшини у виконанні їх обов'язків. Військовий довбиш відав полковими литаврами, якими збирали козаків на раду. Крім того, він був присутній при виконанні судових вироків, забезпечував стягнення податків і торгового мита. Військовий пушкар завідував всією запорізькою артилерією. Під його началом знаходилася військова в'язниця. Військовий тлумач виконував обов'язки перекладача. Інколи він відряджався у прикордонні райони для здійснення військової розвідки. Військовий кантаржій був охоронцем військових мір та ваг, які були однакові для всього Запоріжжя. Військові шафарі збирали мито ("перевозне") на переправах через річки Дніпро, Буг, Самару. Військовий булавничий, бунчужний і хорунжий відповідно зберігали булаву, бунчуки як символ влади кошового отамана, а також військове знамено — хоругву. Військові чауші виконували функції посланників.
Безпосередньо за військовою старшиною стояла старшина похідна і паланкова. Вона вважалась вище за рангом від військових чиновників, але на відміну від них діяла за межами Січі в паланках. Похідну старшину складали полковник, осавул і писар. Вони діяли під час війни. Паланкову старшину складали полковник, осавул, писар, підосавул і підписарій. їх влада поширювалась на козаків, які мешкали за межами Січі, у слободах і зимівниках. Усі представники паланкової старшини обирались на свої посади і залишали їх після загальної військової ради, тобто рівно через рік. Влада паланкового полковника у межах його паланки була досить широкою: він фактично виконував функції отамана, зрозуміло, в межах території паланки.
В організації козацького самоврядування, яке склалося в Запоріжжі, можна знайти зародки майбутньої української державної організації. Характерно, що ця своєрідна за структурою система органів військово-адміністративної влади мала можливість виконувати складні функції внутрішньої і зовнішньої політики, притаманні лише державній владі. Ось чому деякі автори вважають за можливе оцінювати Запорізьку Січ, як "своєрідне державне утворення" в низов'ях Дніпра або "республіку з яскраво вираженими демократичними рисами", підкреслюючи, що "в конкретно-історичних умовах XVI—XVII ст. Запорізька Січ, як військово-політичне утворення українського козацтва, в силу специфічної тодішньої ситуації виконувала функції державного об'єднання і мала риси ранньобуржуазних республік.
Військова старшина, спираючись на багате козацтво, намагалися використати цю суспільно-політичну організацію у власних і речах. Вона досить часто не звітувала перед козаками про свою політичну діяльність, всупереч звичаям, що склалися, утримувала у своїх руках виборні посади протягом кількох років. У знаряддя класового впливу старшина перетворила також військовий суд. Однак засилля старшини не взмозі було зруйнувати основні демократичні принципи побудови органів військово-адміністративної влади, скасувати притаманні цій системі риси демократизму. Запорізьке лицарське братство мало великий вплив на процеси державотворення. Мабуть, саме це мав на увазі К.Маркс, коли характеризував Запорізьку Січ як християнську козацьку республіку.
Багатий досвід самобутньої козацької організації самоврядування був використаний у ході визвольної війни українського народу 1648—1654рр.
Історія здійснення правосуддя в Запорізькій Січі радянськими юристами спеціальним дослідженням не піддавалась, а серед дореволюційних авторів необхідно мати на увазі роботи Грушевського, Яворницького, Скальського, Ригельмана, Скальковського, Слабченко, Міллера, Наріжного, Лазаревського, Кістякова, Теліченко, Багалея та інших.
Особливе значення для розвитку української державності мало формування звичаєвого права в житті тих українських селян, які тікали від панського гніту на віддалені від властей простори середнього і нижнього Піддніпров’я, Лівобережжя і називали себе козаками. Виникло навіть нове поняття - «козацьке право» сукупність правових звичаїв, більшість з яких склалася в Запорізькій Січі. Звичаєве право запорозьких козаків залишається мало дослідженим.
Як відомо, існують різні форми перетворення звичаїв у правові норми: мовчазна згода держави, фактичний розгляд справ у судах на підставі норм звичаєвого права і, нарешті, закріплення існуючих звичаїв у законі.
Українські землі у ХІ\/ - Х\/ІІІ ст. входили до складу різних держав (Великого князівства Литовського, Речі Посполитої, Російської держави), зберігаючи за собою певну автономію. Однією з ознак цієї автономії було визнання литовськими князями, польськими королями, російськими царями та імператорами існування звичаїв на цих землях (в тому числі і на Запоріжжі) і можливості розгляду справ у судах на підставі звичаєвого права. Так. Статут Великого князівства Литовського 1529 р. зобов’язував усі суди вирішувати справи «подлє давнего обычая, одно судити мают с тем писаным правом».
У жалуваній громоті, наданій Б. Хмельницькому і старшині 27 березня 1654 р., російський цар Олексій Михайлович закріпив право українського народу судитися за своїми звичаями: «Их права и вольности войсковіе, как издавна бывали при великих князех руских и при королех полских, что суживали и вольности свои имели в добрах и судах, и чтоб в те их войсковіе суди некто не уступался, но от своих би старшин судились, подтвердити; и прежних би их прав, какови дани духовного и мирского чину людем от великих князей русских и королей полских не нарушить».
Документи судоводства Запорізької Січі, що дійшли до нас, свідчать про демократичний характер козацького суду. Широко використовувалися такі заходи, як взяття винуватця “на поруку” або зменшення покарання, враховуючи його сімейне становище.
Велика кількість джерел, у т.ч. й "Інструкція судам" гетьмана Д. Апостола, свідчить, що судові органи в Україні XVII-XVIII ст. (зокрема, Запорозької Січі) були колегіальними. До складу суду входила "деяка кількість чесних персон". Судді зазвичай обиралися населенням безпосередньо на радах чи призначалися вищою владною структурою. Вважалося за правильне, що обраний суддя має бути "людиною гідною, заслуженою, непідозріливою, совісною, грамотною, в правах винахідливою, із законного подружнього народження, чесного поводження, в словах і справах постійною, не молодшою 25 і не старшою 75 років" .
Обраний суддя складав присягу на вірність службі й суду, клявся розглядати справи по суті без будь-якого упередження, не допускаючи тяганини та "сприятельства", не ухиляючися від служби, керуючись законом, а якщо "право мовчало", тобто не регулювало конкретних відносин, - "совістю, прикладом інших прав християнських і прецедентом" . У спірних випадках він повинен був віддавати перевагу нормам з м'якшими санкціями. Суддя обирався для здійснення правосуддя на певній території, і тому його компетенція поширювалась лише на цей регіон, за винятком випадків, коли інші особи, за власною ініціативою, зверталися до даного суду з проханням розглянути їхню справу.
Під час судового засідання й ухвалення вироку у відповідному приміщенні мав бути порядок. "Ніхто не мав права до судової хати, не доповідаючи, вперто тиснутися" . На судовому засіданні обов'язково мав бути присутній судовий писар, який обирався на тих самих засадах, що й суддя. Він вів справи судової канцелярії, збирав докази про винуватість чи невинуватість кожної із позовних сторін, в т.ч. й злочинця, вів судовий реєстр, писав вироки суду.
"Розглядати справу без тяганини" , означало, насамперед - розглядати її в порядку надходження до суду (за винятком особливо важливих випадків). Суддя міг не з'явитися до суду лише тоді, коли хворів чи потрапляв у надзвичайну ситуацію, яка перешкоджала прибути на службу (поширення епідемії, чуми, стан війни, стихійне лихо тощо). Та й за цих обставин перерва не повинна була тривати більше тижня й повторюватися більше трьох разів. Причому вимагалося документальних підтверджень. Навіть тоді, коли суддя перебував у відпустці, він був зобов'язаний представити своїм колегам достовірне свідчення про це. За відсутності такого документа суддя підлягав покаранню.
У XVII ст. судові засідання відбувалися протягом усього року, тобто і в будні, і в свята. Під час зосередження людей у святкові дні на базарах та ярмарках деяких з них суд запрошував для участі при вирішенні справи як свідків та експертів. Проте вже у XVIII ст. у святкові дні й під час перебування судді у відпустці, судові засідання не проводилися, за винятком справ екстраординарного характеру.
Судові установи в країні у XVII-XVIII ст. складали певну ієрархічну систему. Відповідно до "Інструкції судам" гетьмана Д. Апостола, потерпілий, який не погоджувався з рішенням вищого суду, міг звертатися до полкового або генерального суду. Оскаржити рішення магістрацького суду дозволялося гетьману, його правлячій канцелярії чи генеральному суду. На рішення судів, заснованих гетьманом Розумовським, апеляційні скарги мали направлятися до генерального суду, а касаційні - гетьману. Судовій процедурі цього періоду вже тоді були властиві певні демократичні принципи, які мали свій подальший розвиток. А саме: принцип публічності, принцип безпосередності, усності та змагальності. Вони відображали демократичне зачинання Малоросії, її самобутність, схильність до свободи й справедливості. На судових засіданнях завжди було багатолюдно. Причому присутні не були пасивними спостерігачами. Вони брали активну участь у розгляді справ. Часто складалось враження, що судить не суд, а сама громадськість, хоча її присутність для суду не була обов'язковою. Присутні на суді із власної ініціативи могли бути свідками, експертами, мали право виступати з пропозиціями стосовно видів і строків покарання, захищати чи звинувачувати підсудного. Нерідко вони пропонували суду пом'якшити покарання, передати винного на поруки чи провести додаткове розслідування злочину. Такими ж правами користувалися й священики, а у XVIII ст. - і шляхетство.