Pubmed позволяет осуществлять поиск по ключевым словам, имени и инициалам одного или нескольких авторов, году публикации, названию журнала, а также по комбинации этих характеристик.
Pubmed предоставляет пользователям и ряд дополнительных возможностей. Перейдя по ссылке My NCBI, можно создать свой аккаунт, в котором можно завести и редактировать свою коллекцию ссылок, а также сохранять поиск с возможностью получать на электронную почту обновление его результатов. С помощью Pubmed можно сохранять ссылки в формате, позволяющем импортировать их в программы управления библиографической информацией (например, Bibus, JabRef, CiteULike и др.).
Кроме того, имеется текстовое и анимированное руководство по пользованию базой.
Основным неудобством Pubmed является то, что, в базе представлены только англоязычные источники или те, которые имеют перевод названия и резюме на английский.
BLAST (Basic Local Alighnment Search Tool) − это еще одна поисковая система, предоставляемая сайтом национального центра биотехнологической информации NCBI. База содержит нуклеотидные последовательности 1400 прокариотических геномов и 225 геном эукариот. С помощью BLAST можно осуществлять поиск конкретной нуклеотидной последовательности во всех или в выбранных геномах, представленных в базе. В таком случае пользователь получает информацию о том, в геноме каких организмов встречается искомая или схожая с ней последовательность, на какой хромосоме, в каком гене или межгенном участке она находится и каковы ее координаты, а также степень соответствия искомой и найденной последовательности. Также BLAST позволяет искать белковые молекулы по последовательности аминокислот или нуклеотидов и нуклеотидные последовательности (гены) по аминокислотной последовательности.
Кроме поиска нуклеотидных или аминокислотных последовательностей, BLAST предоставляет возможности для разработки ПЦР праймеров для определенной последовательности нуклеотидов; выравнивания 2х и более нуклеотидных последовательностей; поиска консервативных доменов в нуклеотидных последовательновтях и других операций.
Хотя для поиска последовательностей BLAST является одной из самых удобных и популярных он-лайн баз, дальнейший анализ последовательностей лучше осуществлять в геномных браузерах, так как они представляют последовательности в более наглядном, удобном и информативном виде (например, трудно выделить экзоны или какие-нибудь регуляторные элементы в последовательности гена).
Entrez cross-database search – объединяет в себе возможности сразу нескольких поисковых систем, в том числе и двух описанных выше. Используя ключевые слова (например, название гена, вид организма, функция или заболевание), можно соответствующие литературные источники, связанные с ключевыми словами нуклеотидные последовательности ДНК и РНК, аминокислотные последовательности и 3D-структуру белковых молекул, возможные вариации в соответствующих генах и много другой полезной информации. Из недостатков данной поисковой системы можно отметить то же, что и для BLAST – некоторое неудобство работы с нуклеотидными последовательностями.
Mitomap – специализированная база данных для работы с митохондриальным геномом человека. Позволяет просмотреть как весь митохондриальный геном целиком, так и любой его ген или некодирующий участок, аминокислотную последовательность того или иного белка, загрузить последовательность митохондриальной ДНК для работы в различных программах. Кроме того, с помощью Mitomap можно обнаружить описанные мутации различных типов и точки полиморфизма (и определить соответствующую им гаплогруппу) в любом участке митохондриального генома. Эта база является очень удобной в использовании и позволяет получить практически любую информацию, необходимую тем, кто работает с митохондриальной ДНК человека.
Sequence Manipulation Suite – интернет ресурс, позволяющий осуществлять различные операции с нуклеотидными и аминокислотными последовательностями. Например, пользуясь этим сайтом, можно изменять формат нуклеотидной последовательности, избавляться от символов, не встречающихся в ДНК и белках, разделять последовательности ДНК на триплеты, получать комлементарные молекулы ДНК, переводить однобуквенные обозначения аминокислот в трехбуквенные и обратно.
С помощью этого ресурса можно также выравнивать нуклеотидные и аминокислотные последовательности, переводить нуклеотидную последовательность в аминокислотную и наоборот, искать определенные домены, в том числе CpG островки и открытые рамки считывания в ДНК. Sequence Manipulation Suite предоставляет возможности вычисления молекулярной массы и изоэлектрической точки белковых молекул, построения рестрикционных карт молекул ДНК и разработки ПЦР праймеров. Этот сайт будет полезен любому молекулярному биологу для планирования экспериментов и простой обработки результатов. Главное преимущество ресурса – его многофункциональность. Однако для многих из предоставляемых функций существуют другие, более совершенные программы с большими возможностями.
ExPASy Proteomic tools – самое полное (из известных мне) собрание компьютерных инструментов для анализа аминокислотных последовательностей и протеомных данных, созданное Швейцарским Институтом Биоинформатики (SIB). Кроме программ, разработанных в самом SIB и хранящихся на сервере института, на сайте представлены и ссылки на программы других разработчиков. Здесь можно найти инструменты для анализа данных масс-спектрометрии и двумерного электрофореза, определения белка по аминокислотной последовательности, молекулярной массе и изоэлектрической точке, расчета молекулярной массы и изоэлектрической точки белка по его аминокислотной последовательности, в том числе с учетом посттрансляционных модификаций. Есть также группа программ для перевода нуклеотидной последовательности в аминокислотную и обратно; поиска сходства между определенной последовательностью и последовательностями, представленными в базах данных; предсказания вторичной, третичной и четвертичной структуры, сигналов внутриклеточной локализации, сайтов посттрансляционных модификаций белков; визуализации третичной и четвертичной структуры белков, сравнения аминокислотной последовательности и третичной структуры двух или более белковых молекул и многого другого.
Важной положительной характеристикой сайта является то, что представленные программы разделены на группы, в зависимости от выполняемых ими функций. Кроме того, рядом с каждой гиперссылкой есть краткое описание программы и области ее применения.
Таким образом, данный ресурс предоставляет максимально широкие возможности работы с белковыми молекулами. Этот сайт будет полезен практически любому биологу, занимающемуся молекулярно-биологическими исследованиями.
Primer3, по моему мнению, является наиболее удобной он-лайн программой для разработки ПЦР-праймеров к определенной последовательности ДНК. Она предлагает пары праймеров, удовлетворяющие параметрам, заданным пользователем. К числу варьируемых параметров относятся длина праймером, температура отжига, их расположение на введенной последовательности ДНК, размер ПЦР-продукта, содержание Г-Ц пар, степень самокоплементарности и комплементарности праймеров друг другу. Программа позволяет быстро и качественно подбирать праймеры для амплификации нужного участка ДНК.
http://vasilipankratov.narod.ru/
магистранта биологического факультета Панкратова В.С.
специальность биология
| Смежные специальности |
| 03.00.04 – биохимия |
| Макромолекулярная структура ДНК. Редупликация ДНК. ДНК-полимеразы. Функции ДНК. |
Основная специальность
| 03.00.15 – генетика |
| Мутагенез и антимутагенез. Мутагенез как многокомпонентный и поэтапный процесс возникновения мутаций. Нехромосомная наследственность. заимодействие ядерного и митохондриального геномов в процессе развития признаков. Полиморфизм хлоропластной и митохондриальной ДНК. Популяционная и эволюционная генетика. Медицинская генетика. Наследование признаков человека. Хромосомные мутации и наследственные болезни человека. |
Сопутствующие специальности
нет