«Применение ит в молекулярной генетике» (стр. 2 из 5)

По умолчанию, поисковая система PubMed автоматически производит картирование терминов введенных Вами в строку выражения для поиска. Картирование заключается в том, что программа ищет соответствие между терминами введенными пользователем, и терминами, которые являются стандартными и содержатся в нескольких справочниках или словарях PubMed. Поиск и сравнение происходит последовательно по четырем справочникам. Прежде всего – это словарь MESH, затем словарь названий журналов, затем словарь фраз и уже затем – индекс авторов.

Словарь MESH основан на языке UMLS (Единая система медицинского языка), который имеет синонимы или лексические варианты английского языка для стандартных медицинских терминов. В результате картирования, в окончательное выражение для поиска попадают не только введенные Вами термины, но и их синонимы и стандартные термины, а также термины, описывающие более частные детали, которые в древовидной структуре MESH ответвляются от заданного термина. Окно просмотра словаря MeSH (доступно через ссылку в левой части экрана) можно использовать для того, чтобы найти нужные Вам термины. Для того, чтобы просмотреть термин в окне просмотра MESH, введите его в поле для выражения поиска и кликните кнопку “Go”(Пуск). Если термина, или его синонимов нет в словаре, на экран будет выведен список возможных терминов. Если Ваш термин, или связанный с ним синоним, имеется в словаре, то Вам будут представлены следующие опции:

· определение термина,

· кнопка “Add” для добавления этого термина в поле выражения для поиска,

· древовидная структура терминов с выделением жирным шрифтом Вашего термина,

· список подразделов термина (например, осложнения, лекарственная терапия, хирургическое лечение),

· опция ограничения термина только основной темой,

· опция для выключения развертывания термина.

Базу данных журналов можно просмотреть путем выбора ссылки из меню находящегося в левой части экрана. При помощи этой ссылки Вы можете выбрать нужный журнал и рефераты в нем. Журнал можно найти по следующим признакам: полному названию журнала, международному стандартному серийному номеру (ISSN), сокращению названия, принятому в Medline, уникальному идентификационному номеру национальной медицинской библиотеки США – NLM ID. Для того, чтобы получить список журналов, имеющих полные тексты статей, доступные через Интернет, нужно выбрать ссылку "journals with links to publisher Web sites", которая находится в нижней части экрана. Этот список постоянно обновляется за счет новых журналов. Однако, следует иметь ввиду, что многие журналы требуют для доступа к статьям регистрацию, подписку и оплату. Краткое стандартное описание журнала в базе данных включает название журнала, сокращение, принятое в MEDLINE, NLM ID, сокращение принятое международной организацией стандартизации (ISO), ISSN, и меню ссылок.

Если при поиске слово не найдено ни в словаре MESH, ни в словаре названий журналов и ни в словаре фраз, то поиск ведется в словаре авторов в том случае, если после него стоят отдельно одна или две буквы. Если слово не будет найдено и в этом словаре, то поиск этого слова будет вестись по всем полям базы данных MedLine. Если введенная фраза не распознается программой PubMed должным образом, а слова фразы разделяются на отдельные термины, имеет смысл заключить ее в двойные кавычки. Это связано с тем, что поиск отдельных слов фразы в тексте, скорее всего, приведет к выводу ссылок на большое количество статей, не имеющих отношения к предмету поиска, тогда, как поиск фразы заключенной в кавычках будет осуществляться без изменения в индексе фраз всех статей PubMed. Если такая фраза действительно содержится в базе данных PubMed, результаты поиска будут значительно более точными. Если фраза не найдена ни в списке фраз, ни в индексе, то заданные кавычки просто игнорируются. Следует иметь в виду, что при использовании кавычек не происходит картирование терминов, которое во многих ситуациях может быть очень полезным. В связи с этим, иметь смысл попробовать провести поиск нужной информации с термином с использованием кавычек и без кавычек.

Если нужно найти публикации определенного автора, но известна только его фамилия, следует обязательно поместить после нее метку [au], что означает, что данное слово следует искать в поле фамилии автора. Если известен хотя бы первый инициал, то его указание после фамилии автора достаточно для того, чтобы программа искала эту фамилию в нужном поле. Также можно задавать для выражения поиска усеченные слова (truncate) с добавлением знака звездочки (*) с тем, чтобы поиск происходил по всем словам содержащим один корень. Такой метод поиска часто именуется также как “wildcard”. Однако, и здесь следует помнить, что введение слова в такой форме также отключает автоматическое картирование фраз. Знак замещения одной буквы (?), принятый в некоторых других поисковых системах, в PubMed не используется.

При задании выражения для поиска можно использовать слова булевской логики (операторы), которые определяют взаимоотношения между фразами или терминами. Используют оператор AND (“И”), для отбора информации, которая содержит каждую из фраз, объединенных этим оператором. Этот оператор не накладывает условий на местоположение фраз, необходимо только, чтобы фразы находились где-нибудь в одном и том же документе. Используют оператор OR (“ИЛИ”) для отбора информации, которая содержит, по крайней мере, одну из фраз, объединенных этим оператором. Используют оператор NOT (“НЕ”), для отбора информации не содержащей фразы, перед которой поставлен этот оператор. Операторы должны быть всегда введены в верхнем регистре (заглавными буквами). Программа читает булевские выражения слева направо. Для смены последовательности действия операторов можно использовать скобки. Фразы, заключенные в скобки, оцениваются в первую очередь и рассматриваются как единое целое.

Используют предварительный просмотр (Preview / Index – опция в строке под полем для введения выражения запроса) для того, чтобы просмотреть только количество позиций отобранных в результате выполнения поиска, отработки стратегии поиска путем включения нескольких терминов одновременно, добавления терминов, которые должны искаться в определенных полях, выбора терминов из Индекса.

Отобранные статьи могут быть выведены на экран в нескольких форматах. На практике, наиболее часто используются следующие форматы: Citation (Цитирование), Abstract (Реферат), Brief (Краткий). Все они помимо названий и указания источника статьи, содержат ссылки на полные тексты статей (если они доступны через Интернет), ссылки на схожие по теме статьи, книги и базы данных. Форматы Citation и Abstract содержат рефераты статей, если они имеются в первоисточнике.

PubMed содержит ссылки на статьи опубликованные начиная с 1966 года. Существует два типа дат: Entrez Date – дата, когда ссылка была добавлена в PubMed. Можно задать ограничение на эту дату блочно в интервале от 30 дней до 10 лет. Publication Date - дата, когда статья была опубликована. Можно использовать поля "From" (начиная с …) и "To" (заканчивая по …) для указания интервала допустимых дат публикации.

Часто за поиском небходимой информации, в частности методик, данных об интересующем организме-объекте исследования, векторах, ферментах, наборах для проведения реакций, составах сред и компонентах той или иной реакции обрашаются к рускоязычным сайтам, таким как www.molbiol.ru и www.rusbiotech.ru. Сайт "molbiol.ru" - нейтральная русскоязычная территория для тех, кто связан с биологией или молекулярной биологией. Цель проекта - создать в интернете известное всем "профсоюзное место встречи". Организаторы проекта считают, что их задача только подготовить и обустроить информационную площадку, которая будет наполняться и поддерживаться всем русскоязычным биологическим сообществом. Материалы, размещённые на сайте сохраняют исходное авторство. Сайт molbiol.ru организован Алексеем Солдатовым и Татьяной Бородиной Max-Planck-Institut fur Molekulare Genetik (Берлин, лаборатория H.Lehrach). В 1999-2001г проект финансировался Российским Фондом Фундаментальных Исследований (РФФИ). В 2003-2005г года расходы по содержанию сайта оплачивались за счёт пожертвований посетителей. С 2005г. проект содержится за счёт размещения на нём рекламных материалов. У специалистов в области молекулярной биологии и генетики есть возможность ссылаться на материалы сайта. На сайте можно (и нужно) публиковать всё, что интересно коллегам-биологам, специалистам в области молекулярной биологии и генетики:

· общую интересную и доступную информацию — в колонке новостей на главной странице;

· справочную информацию;

· методики;

· дополнения или поправки к методикам или обзорам;

· можно завести собственный раздел или собственное отделение Форума;

· объявления о поиске работы / сотрудника / коллаботатора;

· объявления о школах, конференциях, семинарах;

· обзоры по темам, связанным с биологией;

Что касается авторства, то вся информация сохраняет исходное авторство и имеет гиперссылку на автора (по желанию mail, почтовый или web-адрес). Всё можно прислать по электронной почте по адресу redactor@molbiol.ru как прикреплённый файл (с материалом в текстовом, RTF или MS Word формате). Возможно также создание статьи в режиме online. Создают тему в каком либо форуме и пишут в ней свою статью (не обязательно одним блоком; можно вставлять файлы и рисунки). После связываются с модератором форума или администратором сайта, они могут превратить тему в постоянную страницу сайта. Если пользователь зарегистрирован на форуме, то в результате получит полный контроль как над темой форума, так и над материалом постоянной страницы и сможет их модифицировать в любое удобное время.