После митрополита Петра, митрополию всея Руси унаследовал грек Феогност'. По всем данным митрополит Феогност был сторонником Паламы, хотя греческий историк Никифор Григора и утверждает обратное. Он сообщает, что митрополиту Феогносту, как и прочим архиереям, был прислан томос или определение Константинопольского Собора 1341 г., оправдавшего Григория Паламу и осудившего его врагов Варлаама и Акиндина. По словам Григоры, митрополит Феогност, прочитав томос, будто бы поверг его на землю и заткнув уши с великою поспешностью от злого слышания, а затем написал опровержение и укоризны Патриарху и епископам, называя их безбожными и крайне безстыдными... гонителями отеческих преданий, и анафематствуя их'. Этот рассказ не вяжется с другими историческими данными, хотя бы с тем обстоятельством, что не без влияния митрополита Феогноста Великий князь Симеон Иванович послал императору Иоанну Кантакузену, покровителю паламистов, большую сумму денег на обновление обрушившегося южного абсида св. Софии. А потому, надо считать, что митрополит Феогност не отверг томос, а подписал его. И, действительно, в московской синодальной библиотеке хранилась греческая рукопись XV в., содержащая томос 1341 г. с именами подписавших его. По описанию этой рукописи арх. Владимиром, среди подписавшихся находится и …………. Проф. Е. Голубинский полагает, что это наш русский митрополит в том случае, если произошла ошибка, или опечатка, т. к. здесь должно стоять не …… а …… .
Принадлежность митрополита Феогноста к партии православных паламистов косвенно подтверждает и еще одно обстоятельство, а именно, когда в Константинополе взяла верх враждебная партия, митрополит Феогност был урезан в своих владениях: была открыта особая митрополия в Галиче с подчинением ей всех епархий Волыни. Явствует, что митрополит Феогност не имел в это время никакого влияния. Но он был восстановлен в своих правах на Волыни, когда власть снова перешла к паламистам. Митрополиту Феогносту наследовал митрополит Алексий.
Святитель Алексий Митрополит Московский был сыном черниговского боярина Феодора Бяконта. В юности он "всем книгам извыче". Двадцати лет он уходит в Богоявленский монастырь, где и сблизился со старшим братом преп. Сергия -Стефаном. Здесь его наставником был инок Геронтий - "монах нарочит и честен и славен старец, духовным житием нарочит". Св. Алексий, находясь в монастыре, продолжает заниматься книжным самообразованием, чтением святоотеческих писаний. Слава о нем разнеслась повсюду. В 1340 г. он становится помощником престарелого Московского митрополита Феогноста. Ему поручено ведать судными делами епархии и митрополии. Он становится кандидатом в митрополиты. С этого момента святитель Алексий формальным образом принимает участие во всех внутренних делах Русской Митрополии, а также и во внешних сношениях с Константинопольской Патриархией. В течение этих 12 с лишком лет (1340 - 1353) он, по-видимому, основательно знакомится с греческим языком. Ему, по преданию, приписан драгоценный перевод на славянский язык греческого Евангелия.
В 1350 г. митрополит Феогност впал в тяжкую болезнь, и дни его были сочтены. Было послано в Константинополь посольство с прошением о возведении св. Алексия в митрополиты всея Руси после смерти митрополита Феогноста (+ 1353 г.). В том же году мы уже видим св. Алексия в Константинополе, где он пробыл два года: первый год на испытании, а второй год уже в сане митрополита. Рассказывая об интронизации св. Алексия, Никифор Григора, не будучи лично знаком с русским святителем, осыпает его клеветами. Откуда такая злоба? Проф. Е. Голубинский объясняет это ненавистью Григоры к императору Иоанну Кантакузену и Патриарху Филофею, возведших св. Алексия в сан митрополита, за их паламизм. Голубинский горячо выражает свое возмущение по этому поводу, называя Григору "безстыдным" и "недобросовестным историком". Естественно вытекает предположение, что, не будь святитель Алексий в полном единомыслии с Патриархом и императором, Григора не обратил бы на него внимания и не изливал бы на него столь лютую злобу.
Чем больше узнавал Патриарх Филофей святителя Алексия, тем больше последний выростал в глазах Патриарха. Патриарх Филофей был ярким и пламенным паламистом, составителем жития и службы св. Григорию Паламе. Если бы св. Алексий держался в вопросе паламизма нейтральной позиции, то не могло бы образоваться столь тесного сближения с Патриархом. Только единомыслие могло их сблизить. Сразу после прибытия св. Алексия в Константинополь, или еще до этого, из Новгорода приезжает посольство с жалобой против покойного митрополита Феогноста, который почему-то не хотел дать архиепископу Моисею крещатых риз после того, как дал их его предшественнику. На эту жалобу Патриарх Филофей ответил весьма милостивым посланием. В Новгородской летописи под 1354 г. сказано: "того же лета приидоша послове архиепископа новгородскаго владыки Моисиа от Царяграда и привезоша ему ризы хрестьчаты и грамоты с великим пожалованием от царя и патриарха и златою печатью". Но когда прошло время, и св. Алексий стал более известен Патриарху, то патриаршее послание к Новгородскому архиепископу написано уже в ином тоне: по случаю возведения Алексия в митрополиты всея Руси, Патриарх настоятельно и решительно приглашает новгородского владыку оказывать своему новому митрополиту безпрекословное и полное повиновение, при. этом предписывает ему обращаться в патриархию лишь с ведома и согласия св. Алексия, за исключением только одного случая, если бы последний отнял у него данные ему Патриархом крещатые ризы. "И не найдешь от нас совершенно никакой помощи, если, паче чаяния, явишься непослушным и непокорным к утвержденному митрополиту твоему".
Во все время своего правления святитель Алексий пользовался поддержкой со стороны Патриарха Филофея. Например, Новгородский владыка Алексий, непокорный и своевольный, лишается Патриархом своей привилегии - крещатых риз и ему, кроме того, угрожает опасность лишиться сана (1370 г.). В том же году Патриарх Филофей пишет в грамоте русским князьям: "А посему, так как и вы имеете там вместо меня святейшего митрополита Киевского и всея Руси, мужа честного, благочестивого, добродетельного и украшенного всеми добрыми качествами, способного, по благодати Христовой, пасти народ, руководить его к приобретению спасения, утешать скорбные души и утверждать колеблющиеся сердца, как и вы сами знаете, изведав его достоинства и святость, то вы обязаны оказывать ему великую честь и благопокорность". Такова характеристика, которую дает Патриарх Филофей св. Алексию. Еще характернее его послание к князю Димитрию Донскому: "Ибо я, - пишет Патриарх, - как общий, свыше от Бога поставленный отец для христиан, находящихся по всей земле, по долгу своему, обязан и всгда стараюсь и забочусь о их спасении и молю за них Бога. Преимущественно же сие исполняю в отношении к вам потому, что среди вас именно обретаю народ Христов, который имеет в себе страх Божий, любовь и веру. Молюсь и люблю всех вас, повторяю, более других. Твое же благородство еще более люблю и молюсь за тебя, как за сына своего, за любовь и дружбу к нашей мерности, истинную веру во Святую Церковь Божию и искреннюю любовь и покорность к святейшему митрополиту Киевскому и всея Руси, возлюбленному во Св. Духе брату нашей мерности. Я знаю, что ты искренно расположен к нему, любишь его и оказываешь ему совершенную покорность и повиновение, как он сам писал ко мне, и тем более я возлюбил тебя и молюся о тебе. Поступай же, сын мой, точно так и вперед, дабы иметь молитву мою и на будущее время, и будешь иметь еще большие блага: и жизнь безпечную и царство несокрушимое в настоящей жизни, а в будущей наслаждение вечными благами"... Лично к митрополиту обращается Патриарх следующими словами: "Ты знаешь сам и притом хорошо любовь и благорасположение, которые питаю к священству твоему: я питаю к тебе любовь особенную и полное сочувствие, крепко люблю тебя и имею как близкого друга, и весьма желаю, чтобы ты писал, да знаем о тебе, о месте твоем, об управлении и великом стаде твоем. Знаю и вполне уверен, что и ты любишь меня и питаешь дружбу к нашей мерности. И если в чем нуждаешься, пиши о том с полной уверенностью, что я исполню". Так может писать исихаст только своему полному единомышленнику.
Теперь посмотрим, что можно почерпнуть из исторических сведений относительно отношений между митрополитом Алексием и преп. Сергием Радонежским. Начало их единения надо отнести к тому времени, когда св. Алексий подвизался в Богоявленском монастыре вместе со старшим братом Преподобного Стефаном. Их совместное пребывание в монастыре, по-видимому, не было продолжительно, но они сошлись, подружились. Епифаний говорит, что они находились в духовном общении и в церкви пели вместе на клиросе. Скоро оба они, монах Стефан и будущий святитель Алексий, становятся влиятельными людьми в Москве: Стефан, возведенный в игумены своего монастыря, делается великокняжеским духовником, а также и знатных бояр, Алексий же переходит к митрополиту Феогносту и становится его правой рукой. Игумен Стефан не прерывает сношений с Троицкой обителью. Он многократно посещает ее и даже живет там, о чем упоминается в житии преп. Сергия. В середине 50 гг. XIV в. посещает преп. Сергия и сам владыка митрополит Алексий. По этому случаю Епифаний присовокупляет: "Святитель сей всегда питал к преподобному особую любовь, состоял с ним в духовном общении и обо всем с ним советовался". Цель этого посещения - намерение создать монастырь в память своего спасения на море от потопления и просить преподобного отпустить своего ученика Андроника для основания сей обители в честь Всемилостивого Спаса. Преп. Сергий исполняет его просьбу и приходит сам к месту постройки монастыря, чтобы дать свое благословение. Постройка была закончена в 1361 г., а по другим данным - в 1358-1359 гг. Духовное единение между св. Алексием и св. Сергием не прерывалось и далее. Преп. Сергий исполняет поручения своего архипастыря. Будучи в интимно-близких отношениях с патриархом Константинопольским Филофеем, митрополит Алексий не мог не привлечь внимания Патриарха на своего друга преп. Сергия и не указать на него, как на их общего единомысленника. Поводом к этому было их общее, митр. Алексия и преп. Сергия, желание учредить в Троицком монастыре общежитие, вопреки недовольству некоторых из братии. Полагают, что митрополит Алексий обратился за решением этого вопроса к Патриарху. На это последовала милостивая грамота Кир-Филофея к преп. Сергию, в которой Патриах советовал и благословлял устройство общежития. "Слышахом убо еже по Бозе житие твое добродетельное и зело похвалихом и прославихом Бога" , говорится в этой грамоте преп. Сергию: так высоко ценит его Патриарх Филофей. В конце жизни митрополит Алексий желал видеть преп. Сергия своим заместителем, но не мог убедить его согласиться на это.